Discussion :

[bioinfornatics]

Bonjour,
J'ai une classe qui notament parse un fichier afin de récupérer les tokens. La compilation marche bien. Mais l'éxécutable me mange toute ma ram et fini par dire:

terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'
what(): std::bad_alloc
Abandon (core dumped)

Pourtant le fichier a parser et minuscule (pour l'instant je fais des test)

R1,(R2 R3),(R4 R5),(R6 R7),(R8 R9),R16,(R18 R12),(R23 -R11),R10,R13,R14,R15,R17,R19,R20,R21,R22,

La classe posant problème!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include "Reaction.hpp"
 
namespace tools
{
	Reaction::Reaction(std::wstring newPath) : path(newPath)
	{
		// Create flow
		std::wifstream file(toANSI(path).c_str(), std::ios::in);
 
		// Current line
		std::wstring line;
 
		// typedef for a better readable code
		typedef boost::tokenizer< boost::char_separator<wchar_t>, std::wstring::const_iterator, std::wstring > tokenizer;
 
		// The separator
		boost::char_separator<wchar_t> separator( L"," );
 
 
		// If open file success
		if (file)
		{
			while (std::getline(file, line))
			{
				// While string is not empty
				while (!line.empty())
				{
					// Personal tokeniser
					tokenizer tokens( line, separator );
 
					//std::copy( tokens.begin(), tokens.end(), std::back_inserter(reactions) );
					for (tokenizer::iterator tokenIterator = tokens.begin(); tokenIterator != tokens.end(); ++tokenIterator)
					{
						reactions.push_back(*tokenIterator);
					}
				}
			}
			file.close();
		}
		else
		{
			std::wcerr << "Error! Can not open file: " << path << std::endl;
			exit(EXIT_FAILURE);
		}
	}
 
	Reaction::~Reaction()
	{
 
	}
 
	std::wstring Reaction::getPath() const
	{
		return path;
	}
 
	std::vector<std::wstring> Reaction::getReactions() const
	{
		return reactions;
	}
 
	std::wstring Reaction::getReactions(int index) const
	{
		return reactions.at(index);
	}
 
}

En plus boost::tokenizer n'est pas multi threadé c'est facheux ça me prend qu'un seul proc en entier! Quel gachis

En vous remerciant de votre aide

[Arzar]

Ben oui,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while (!line.empty())
{
  // blabla
}

est toujours vrai, donc boucle infinie. (A quoi sert ce while d'ailleurs !?)

[camboui]

Il a probablement voulu mettre if.

[Arzar]

Oui, bien vu, ça doit être ça.
Ceci-dit, bioinfornatics, le if ne servirait à rien non plus
Le code suivant suffit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while (std::getline(file, line))
{
   // Personal tokeniser
   tokenizer tokens( line, separator );
   reactions.insert(reactions.end(), tokens.begin(), tokens.end());
}

Si line est vide, tokens sera vide aussi et insert() ne fera rien.

[bioinfornatics]

ah oki, grand merci a vous j'aurais jamais trouvé.
Très grand merci

Et peut on connaitre le numéro du token ?
Par exemple c'est le 2ème token trouvé dans la ligne? etc...

je me répond

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while (std::getline(file, line))
{
     // Personal tokeniser
     tokenizer tokens( line, separator );
 
     for (tokenizer::iterator tokenIterator = tokens.begin(); tokenIterator != tokens.end(); ++tokenIterator)
     {
         std::string tempString = *tokenIterator;
         matrix(column, row) = atoi( tempString.c_str() );
         column++;
      }       
      row++;
}

[guillaume07]

utilise BOOST_FOREACH plutôt que for+iterator c plus light