références de hash

**Jasmine80** · 18/02/2010, 11h44

Bonjour à tous,

Voici la partie de mon script qui pose problème :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my %hash_result;
 
my $i = 0;
 
while (my $line =<$fh>){
 
	chomp $line;
 
        if ( $line =~ m/^.+?\s+\w+\s+versus\s+.+?\s+\w+$/ ){ 
		$hash_result{'Dimer'} = $line;
        }
	elsif ($line =~ m/score =\s+(\d+)/){
		$hash_result{'Score'} = $1;
	}
	elsif ($line =~ m/^[ATCGN]+$/){
		$hash_result{'Pattern'} = $line;
	}
	elsif ($line =~ m/est. tm =\s+([\d,]+)/){
		my $tm = $1;
		$tm =~ s/,/\./;
		$hash_result{'Tm'} = $tm;
	}
	elsif ($line =~ m/DeltaG 370 degrees/){
		$hash_result{'DeltaG'} = $line;
	}
	elsif ($line =~ m/DeltaG 370 degrees/){
		$hash_result{'DeltaG'} = $line;
	}
	elsif ($line =~ m/[|x]+/){
		$hash_result{'Pipes'} = $line;
	}
	elsif ($line =~ m/[35]'-[A-Z]*-[35]'/){
 
		if ($i == 0){
			$hash_result{'Seq1'} = $line;
			$i = 1;
		}
		else {
			$hash_result{'Seq2'} = $line;
 
			push @array_result, \%hash_result ;
 
			# dernière ligne de résultat, on vide les variables
			$i = 0;
			%hash_result = ();
		}
	}	
}
 
close $fh;

L'erreur vient de la fin :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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			push @array_result, \%hash_result ;
 
			# dernière ligne de résultat, on vide les variables
			$i = 0;
			%hash_result = ();

Vu que je vide mon hash pour le cycle suivant, je perds toutes les valeurs. Quand je veux récupérer mes valeurs après la fermeture du fichier, mon @array_result est vide. Je voudrais un hash de array. Comment faire afin de résoudre ce problème?

Une solution serait d'incrémenter une variable servant d'indice à @array_result et d'y ajouter successivement les clés correspondantes mais ça ne me parait pas très propre.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print Dumper @array_result;

$VAR1 = {};
$VAR2 = $VAR1;
$VAR3 = $VAR1;
$VAR4 = $VAR1;
$VAR5 = $VAR1;
$VAR6 = $VAR1;
$VAR7 = $VAR1;
$VAR8 = $VAR1;
$VAR9 = $VAR1;
$VAR10 = $VAR1;

Merci pour votre aide.

**Mr6** · 18/02/2010, 11h58

Si tu travailles directement sur ton tableau, tu peux faire comme ca :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $j=0;
while[....]
		$array_result[$j]{'Dimer'} = $line;
[....]
          $j++;
}

Comme ca tu te crées un tableau de hash.
C'est bien ce que tu cherches à faire ?

@+
Mr6

**Jasmine80** · 18/02/2010, 12h30

Envoyé par Mr6

Si tu travailles directement sur ton tableau, tu peux faire comme ca :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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7
 
my $j=0;
while[....]
		$array_result[$j]{'Dimer'} = $line;
[....]
          $j++;
}

Comme ca tu te crées un tableau de hash.
C'est bien ce que tu cherches à faire ?

Oui, c'est ce que je cherche à faire et c'est à cette solution que je pensais quand j'ai écrit

Envoyé par jasmine80

Une solution serait d'incrémenter une variable servant d'indice à @array_result et d'y ajouter successivement les clés correspondantes mais ça ne me parait pas très propre.

Le $j++; devrait se faire dans le else (quand $i == 1) et si jamais il y a un problème dans le fichier et qu'on ne passe pas parce cette partie du programme, ça mélangera les valeurs de 2 résultats différents (un résultat étant un groupe de lignes successives pour lesquelles je recherche les valeurs Dimer, Tm, DeltaG ...).

**Mr6** · 18/02/2010, 12h46

Je ne comprends pas trop la manoeuvre justement.
Tu renseignes seq1 et tu incrémentes i, ou tu renseignes seq2 et tu remets i à 0 tout en vidant ton hash.
Tu peux m'en dire plus sur cette partie ?

@+
Mr6

**Mr6** · 18/02/2010, 12h48

Je suis en train de relire ton code. En fait tu cherches seq1 et seq2 (qui sont de même motif), et tu ne passeras a l'élément suivant qu'après avoir eu seq2. Ton pb est qu'entre temps tu peux avoir de nouvelles valeurs pour les autres motifs, c'est ca ?

**Jasmine80** · 18/02/2010, 12h53

Merci pour ton aide, voici un exemple de résultat dont je veux récupérer toutes les lignes afin d'analyser les différentes valeurs :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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16SALL-FOR_1 GCGAAATAAGCATGCAAGT versus 16SALL-FOR_2 AGGCCTTTCACATGCAAGT
Matches = 7
Score = 4
NCNTGCANGT
est. tm =  11,4 oC
DeltaG 370 degrees =  greater than zero
 
                   3'-TGAACGTACACTTTCCGGA-5'
                      x|x||||x||
          5'-GCGAAATAAGCATGCAAGT-3'

La valeur de la clé Seq1 est 3'-TGAACGTACACTTTCCGGA-5' et celle de Seq2 5'-GCGAAATAAGCATGCAAGT-3'. Une fois cette dernière récupérée, je sais que la ligne suivante recommencera un nouveau 'résultat' ayant exactement la même structure (une ligne vide entre chaque résulta). Il serait d'ailleurs envisageable de récupérer ces valeurs simplement en comptant les lignes : résultat1 lignes de 1 à 11, résultat2 lignes de 13 à 23, résultat3 lignes de 25 à 35. Est-ce plus clair ainsi?

**Mr6** · 18/02/2010, 12h59

Ok, toutes tes infos se suivent, donc pas de risque d'ecrasement entre seq1 et seq2. Tu as donc juste à remplacer ton push par $j++.

Ca nous donne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @array_result;
my $i=0;
my $j=0;
 
while (my $line =<$fh>){
 
	chomp $line;
 
        if ( $line =~ m/^.+?\s+\w+\s+versus\s+.+?\s+\w+$/ ){
		$array_result[$j]{'Dimer'} = $line;
        }
	elsif ($line =~ m/score =\s+(\d+)/){
		$array_result[$j]{'Score'} = $1;
	}
	elsif ($line =~ m/^[ATCGN]+$/){
		$array_result[$j]{'Pattern'} = $line;
	}
	elsif ($line =~ m/est. tm =\s+([\d,]+)/){
		my $tm = $1;
		$tm =~ s/,/\./;
		$array_result[$j]{'Tm'} = $tm;
	}
	elsif ($line =~ m/DeltaG 370 degrees/){
		$array_result[$j]{'DeltaG'} = $line;
	}
	elsif ($line =~ m/DeltaG 370 degrees/){
		$array_result[$j]{'DeltaG'} = $line;
	}
	elsif ($line =~ m/[|x]+/){
		$array_result[$j]{'Pipes'} = $line;
	}
	elsif ($line =~ m/[35]'-[A-Z]*-[35]'/){
		if ($i == 0){
			$array_result[$j]{'Seq1'} = $line;
			$i = 1;
		}
		else {
			$array_result[$j]{'Seq2'} = $line;
			$i = 0;
			$j++;
		}
	}
}
 
close $fh;

@+
Mr6

**Jasmine80** · 18/02/2010, 13h07

Envoyé par Mr6

Ok, toutes tes infos se suivent, donc pas de risque d'ecrasement entre seq1 et seq2. Tu as donc juste à remplacer ton push par $j++.

Oui, je vais essayer de cette façon ça reste la meilleure solution. Merci pour tes conseils.

**Philou67430** · 19/02/2010, 00h34

Ne peux-tu pas simplement pas remplacer

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

push @array_result, \%hash_result ;

par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

push @array_result, { %hash_result };

Ainsi, tu crées une copie de %hash_result dans une nouvelle référence (anonyme cette fois).

**Jasmine80** · 19/02/2010, 08h48

Envoyé par Philou67430

Ne peux-tu pas simplement pas remplacer

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

push @array_result, \%hash_result ;

par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

push @array_result, { %hash_result };

Ainsi, tu crées une copie de %hash_result dans une nouvelle référence (anonyme cette fois).

Merci, c'est exactement ce que je cherchais à faire. Ce sont donc les crochets qui permette de créer cette référence anonyme. Il n'y a pas grand chose dans la FAQ perl au sujet des références anonymes, as-tu une lecture à me conseiller autre que perlref afin d'approfondir mes connaissances?

Dans perlref on dit :

1. @list = (\$a, \@b, \%c);
2. @list = \($a, @b, %c); # same thing!

As a special case, \(@foo) returns a list of references to the contents of @foo , not a reference to @foo itself. Likewise for %foo , except that the key references are to copies (since the keys are just strings rather than full-fledged scalars).

{ %hash_result } est-il l'équivalent à \( %hash_result )?

Merci

**Philou67430** · 19/02/2010, 11h04

Envoyé par Jasmine80

Merci, c'est exactement ce que je cherchais à faire. Ce sont donc les crochets qui permette de créer cette référence anonyme. Il n'y a pas grand chose dans la FAQ perl au sujet des références anonymes, as-tu une lecture à me conseiller autre que perlref afin d'approfondir mes connaissances?

Je crois que l'essentiel des références anonymes se trouve dans perlref et :

Envoyé par perldoc

perlreftut Perl references short introduction
perldsc Perl data structures intro
perllol Perl data structures: arrays of arrays

{ %hash_result } est-il l'équivalent à \( %hash_result )?

Non, je ne pense pas, car dans le cas particulier de \( ... ), la référence s'applique au contenu et pas à la liste. Ainsi, les clés et les valeurs seront des références, ce que je pense, tu ne souhaites pas.

Les références anonymes sont à la base de toutes les structures de données imbriquées en perl. Data::Dumper est d'ailleurs bien utile pour visualiser les différentes références d'une structure complexe.

**Jasmine80** · 19/02/2010, 11h18

Philou, merci pour tes explications.

Envoyé par Philou67430

Non, je ne pense pas, car dans le cas particulier de \( ... ), la référence s'applique au contenu et pas à la liste. Ainsi, les clés et les valeurs seront des références, ce que je pense, tu ne souhaites pas.

J'ai du mal avec les références, ce n'est pas très clair. Donc, si je ne me trompe, la référence indique une localisation dans la mémoire du PC où est stockée notre information. Si au lieu de copier notre tableau on utilise une référence, cela équivaut à un pointeur qui indique l'adresse en mémoire où est stocké son contenu. Le contenu du tableau n'est donc pas dupliqué dans la mémoire.

Ce que tu veux donc dire, c'est qu'avec \( ... ) on créerait une référence par clé et par valeur tandis que {...} ne créerait qu'une seule référence pointant vers l'entièreté tableau. Est-ce bien cela?

Si je voulais un array de array, je ferais donc un

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

push @array_result, { @array_result_2 };

Merci,

**Philou67430** · 19/02/2010, 12h20

Envoyé par Jasmine80

J'ai du mal avec les références, ce n'est pas très clair. Donc, si je ne me trompe, la référence indique une localisation dans la mémoire du PC où est stockée notre information. Si au lieu de copier notre tableau on utilise une référence, cela équivaut à un pointeur qui indique l'adresse en mémoire où est stocké son contenu. Le contenu du tableau n'est donc pas dupliqué dans la mémoire.

Oui, une référence est un pointeur.
D'ailleurs, tu vois cette adresse lorsque tu tentes de l'imprimer :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $toto = { tutu => 1, titi => 2 };
print "$toto"; # HASH(0x10023ad8)

Ce que tu veux donc dire, c'est qu'avec \( ... ) on créerait une référence par clé et par valeur tandis que {...} ne créerait qu'une seule référence pointant vers l'entièreté tableau. Est-ce bien cela?

Oui, le référencement d'une liste "distribue" le référencement à ses éléments (donc les clés et les valeurs).

Si je voulais un array de array, je ferais donc un

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

push @array_result, { @array_result_2 };

Non, tu écrirais :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

push @array_result, [ @array_result_2 ];

Car les accolades { } servent à référencer anonymement des HASH, alors que les crochets [ ] servent à référencer anonymement des ARRAY.
Exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $struct = { name => "Bond", firstname => [ "James", "007" ], ... };

**Jasmine80** · 19/02/2010, 12h23

Un super grand merci pour ta patience et tes explications

.

références de hash

Langage Perl

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