Discussion :

[Lyuna]

Bonjour à tous !

Je suis confrontée à un parsing de fichier XML que je fais avec SAX.
SAX se refuse à parser : erreur "org.xml.sax.SAXParseException: Premature end of file."

J'ai donc affiché ce que je parsais et je n'obtenais qu'un très beau fichier xml.
J'ai donc stocké ce fichier dans un file pour voir s'il y avait des bytes en trop...

Et là surprise !! Le fichier est incomplet, le code xml s'arrête en plein milieu ! Ca fait deux jours que j'essaye de voir d'où vient ce problème et très franchement je n'y arrive pas !

Je vous fournis le code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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InputStream is; //il est rempli par la suite
 
result = new BufferedReader(new InputStreamReader(is)); //C'est ce que je dois traiter
 
String line = null;
 String test = "";
 InputStream in = null;
 
            try {
                while ((line = result.readLine()) != null) {
                    if (!line.equals("")) {  //J'enlève les lignes vides                    
                        test += line + "\n";
                    }
                }
            } catch (IOException ex) {
                Logger.getLogger(BlastManager.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
            }
            try {
                in = new ByteArrayInputStream(test.getBytes("UTF-8"));
            } catch (UnsupportedEncodingException ex) {
                Logger.getLogger(BlastManager.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
            }
 
 
  BufferedReader bouf = new BufferedReader(new InputStreamReader(in));
   BufferedWriter writetest = null;
 
            try {
                writetest = new BufferedWriter(new FileWriter("hem.txt"));
            } catch (IOException ex) {
                Logger.getLogger(BlastManager.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
            }
 
           line = null;
            try {
                while ((line = bouf.readLine()) != null) {
                        System.out.println(line); // Ca affiche le fichier XML COMPLET
                        writetest.write(line); // Créé un fichier avec le fichier XML INCOMPLET !!
                }
            } catch (IOException ex) {
                Logger.getLogger(BlastManager.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
            }
 
            BlastParser parser = new BlastParser();
            parser.parse(in);

Voilà... J'espère que vous pourrez m'aider.

A savoir que le premier inputStream ne peux pas passer dans le parser, c'est une erreur interne au code BlastParser qui utilise la librairie Biojava, il faudrait que je corrige la librairie, j'ai un peu la flemme maintenant.

Merci de votre temps

[OButterlin]

Il faut soit :

- fermer le flux : close()
- vider le buffer : flush()

sur ton fichier en sortie...

[Lyuna]

J'ai ajouté :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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try {
                bouf.close();
 
            } catch (IOException ex) {
                Logger.getLogger(BlastManager.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
            }

A la fin.

Mais ça n'a rien changé, le fichier est quand même incomplet.

[Pill_S]

ouaich normal...

il faut fermer TOUS les flux, et SURTOUT ceux qui écrivent (dans ton cas, writetest et pas bouf)...

[Lyuna]

Merci, le fichier est maintenant niquel !

Mais il me fait toujours ma SAXException

[Fatal Error] :1:1: Premature end of file.
org.xml.sax.SAXParseException: Premature end of file.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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BlastParser parser = new BlastParser();
parser.parse(in);

Il y a quelque chose à savoir ou à faire sur l'InputStream avant de le passer en paramètre du parser SAX ? Ça commence à être désespérant... J'ai regardé comment est créée l'exception mais ça ne me parle pas trop.


EDIT : Oui c'est normal c'est un code de test. Pour l'indentation c'est à cause du copier coller sur le forum.
Pour la boucle, c'est comme ça qu'on nous a appris à le faire (tous nos profs font comme ça)

Et je ne connaissais pas le try {} {} finally ! Merci je vais y jeter un oeil


Pour le but : j'envoie les résultats d'un formulaire à un serveur web http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Doc/urlapi.html

Les objets qui s'en occupent, récupèrent ensuite le résultat XML et le stock dans l'inputStream qui je traite ici.
Je veux parser ce fichier XML spécifique (il s'agit d'un résultat BLAST pour ceux qui font de la bio) à l'aide de la librairie biojava qui utilise SAX pour ce faire.

Mais je ne comprends pas pourquoi j'ai cette erreur parce que le fichier est bon...

[adiGuba]

Salut,



Désolé mais le code est affreux :

1. Une indentation et des déclarations dans tous les sens
2. Des try/catch un peu partout pour une gestion des exceptions catastrophiques : en cas d'erreur tu loggues mais tu continues le traitement
3. Une concaténation de String dans une boucle : il n'y a rien de mieux pour plomber les perfs...
4. Aucun close()
5. Une double lecture du fichier que je ne comprend pas.

Donc :

1. Présentes ton code correctement afin qu'il soit plus lisible.
2. Utilises un seul et unique try/catch qui englobe TOUT ton traitement. Si tu n'arrives pas à lire le fichier source cela ne sert à rien de continuer...
3. Pour concaténer des chaines, il faut utiliser la classe StringBuilder !
4. Chaque ouverture d'un flux doit être suivi d'un try/finally pour refermer ce fichier proprement et au plus tôt (lire : Comment libérer proprement les ressources ?)
5. Expliques un peu l'objectif de tout cela, car c'est tout sauf clair

a++