Discussion :

[mapotam]

J ai encore une petit soucis, cette fois-ci dans une boucle for.

Donnees:
- le fichier texte 'allstat_overlap.txt'allstat_overlap.txt
- le code suivant

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
# Specify pat and seg
 
# test
#
# Return the atlas number for which the highest overlap is computed
#
 
 
# Inputs
fimgs="`seq 0 7`"
strs="Ao"
 
 
# Functions
function getAtlasNb()
{	
	argexitcode=65
	pat="undefined"
	seg="undefined"
	while getopts "p:s:" argje
	do
	  case $argje in
		p) pat="$OPTARG";;
		s) seg="$OPTARG";;
		*) echo "ERROR: Wrong arguments!"; exit $argexiterror;;
	  esac
	done
 
	if [ "$pat" = "undefined" ]
	then
	  echo "ERROR_pat: Not enough arguments!"; exit $argexitcode  
	fi
	if [ "$seg" = "undefined" ]
	then
	  echo "ERROR_seg: Not enough arguments!"; exit $argexitcode  
	fi
 
	file='allstat_overlap.txt'
 
	cpt=1;
	# cpt=1 : transform
	# cpt=2 : overlap
	# cpt=2p+1: pxxxpyyy
	# cpt=2p: 0.abcdef
	header=2;
 
	start=$(($header+$pat*7*2))
	overlap=0;
 
	# Read each expression in each line
	for line in $(cat $file); 
		do 
		# Only look at the part we are interested in
		if [ $cpt -gt $start ] && [ $cpt -lt $(($start+2*8-1)) ]
			then
			if [ $(expr $cpt % 2) -eq 1 ]
				then
				temp=$line;
				comb=${temp:$((${#temp}-1)):1};
			fi
 
			if [ $(expr $cpt % 2) -eq 0 ]
				then
				#echo 
				ov=$line
				# Test to find the atlas which gives the highest overlap
				if [ $(expr $ov \> $overlap) -eq 1 ]
					then
					overlap=$ov;
					atlas=$comb;
				fi
			fi
		fi
		cpt=$(($cpt + 1))
	done
	return $atlas
	exit 0;
}
 
 
# Processing
for fimg in $fimgs
	do
	echo fimg $fimg
	for str in $strs
		do
		echo -e "\tseg: "$str
		getAtlasNb -p $fimg -s $str
		echo -e "\tatlas selection:" $? "\n"		# $? : value returned by getAtlasMb fonction
	done
done

Mon probleme se situe dans la boucle for de la partie #Processing.
A la premiere iteration, pas de probleme, la fonction getAtlasNb lit bien les parametres d entree, et me renvoie une valeur correcte. Mais des la seconde iteration, j ai l erreur suivante:

ERROR_pat: Not enough arguments!

ce qui signifie que l argument d entree de la fonction getAtlasNb n est pas pris en compte.
Et je ne comprends malheureusement pas pourquoi...

Merci de votre aide.

[N_BaH]

Bien sûr, tu as ce message parce que tu redéfinis les variables pat et seg au début de la fonction getAtlasNb !

[mapotam]

Oui, effectivement.
Je definie les variables pat et seg (qui sont propres a la fonction) au debut de celle-ci

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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pat="undefined"
seg="undefined"

mais c est purement et simplement pour les initialiser. Dans tous les cas, leur valeur sera mise a jour par la boucle

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	while getopts "p:s:" argje
	do
	  case $argje in
		p) pat="$OPTARG";;
		s) seg="$OPTARG";;
		*) echo "ERROR: Wrong arguments!"; exit $argexiterror;;
	  esac
	done

qui assigne alors a ces variables pat et seg, les valeurs $fimg et $str (getAtlasNb -p $fimg -s $str).

Seulement si il n y a pas d'argument, pat et seg resteront a la valeur "undefined", et le programme s arrete (boucle if).

Ce qu il se passe, c est que lors de la seconde iteration, meme si j ai bien la ligne de commande avec les 2 arguments d entrees, il ne passe pas par la boucle while.
C est ca le probleme. Ca ne vient pas du fait que je redefinis les variables locales au debut de ma fonction.

[N_BaH]

Pourtant le message d'erreur exprime bien qu'à un moment pat ou seg vaut undefined...

Je les ai commentées, ce qui laisse faire la boucle while; mais on peut obtenir le même résultat en les définissant à l'aide de la commande interne locale

à bientôt.