Dans un premier temps, tu peux mettre les requêtes base de données dans le contrôleur mais il serait mieux de prévoir une classe pour centraliser les opérations sur une table ou sur une "entité" logique. On parle de DAO.
Pour la création des connexions DB, il est préférable de centraliser la création dans une classe via un méthode abstraite ce qui permettra d'y faire référence partout. En cas de besoin, je pourrai t'expliquer de manière détaillée le mécanisme.
Voilà, quelques conseilles pour débuter...

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