Discussion :

[HammerK]

Bonjour,

J'essaie en vain depuis plusieurs heures d'installer une librairie libudunits dont le logiciel R a besoin pour installer un package RNETCDF.

Voici l'erreur que j'ai en voulant installer le package RNETCDF :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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checking for main in -lnetcdf... yes
checking for main in -ludunits... no

configure: error: udunits library not found

Les packages téléchargés sont dans
	‘/tmp/RtmpJ8PnRu/downloaded_packages’
> q ()

ERREUR : configuration failed pour le package ‘RNetCDF’
* Removing ‘/home/raphael/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.9/RNetCDF’
Warning message:
In install.packages(pkgs = c("RNetCDF"), lib = "/home/raphael/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.9",  :
  l'installation du package 'RNetCDF' a eu un statut de sortie non nul

Qlq'un saurait comment et ou trouver cette librairie. J'ai chercher mais tout ce que j'ai trouvé, c'est une libudunits2 qui dont la compilation génère :

libudunits2.a libudunits2.so libudunits2.so.0.0.0
libudunits2.la libudunits2.so.0

Je connais pas ubuntu, je travail normalement sous windows ou l'installation du package RNetCDF ne m'a posé aucun problème. (je suis obligé de passé sous unix car on m' filé des données à traitier non formaté pour windows)

Merci pour votre aide.

[pitipoisson]

Bonjour,

J'ai le même problème et je serais très intéressé par une solution.

Je précises que je suis sous Ubuntu 9.10 en architecture 64bits et que j'avais réussi à installer le package R RNetCDF dans la précédente version (9.04).

J'ai testé avant de tenter l'installation de RNetCDF d'installer le package R udunits. Mais il ne trouve pas la librairie libudunits.a. Le problème pour RNetCDF pourrait être similaire.

Apparemment, le problème vient du passage à la librairie udunits2. L'ancienne est toujours disponible ici http://www.unidata.ucar.edu/software/udunits/ mais pas moyen de la compiler. Si tu y parviens, je suis intéressé par des retours.

J'ai également tenté de faire un lien physique libudunits.a --> libudunits2.a mais la rétro-compatibilité ne semble pas assurée.

Je crains qu'il ne faille attendre une mise à jours de RNetCDF et udunits pour R. J'ai par ailleurs également l'impression que les librairies de développement NetCDF de la distribution sont dans une ancienne version (3.6.qqch) qui ne supporte pas encore udunits2 (cf. les release notes de NetCDF sur http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/ ). Une piste peut-être...

[denis_f]

Bonjour,

Même problème : je suis sur Ubuntu Jaunty, je cherche à installer le paquet RNetCDF.
Pour info, et pour ceux que ça pourrait aider, j'avais déjà eu un problème avec la librairie précédente dans l'installation (soit netcdf) qui a pu être résolu en installant libnetcdf-dev

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sudo apt-get install libnetcdf-dev

Pour la libraire udunits, j'ai vu sur le forum d'ubuntu (http://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=285632) que quelqu'un avait trouvé une solution avec un paquet .deb, mais le post ne donne pas la solution !!

Si quelqu'un a réussi à installer RNetCDF sur Ubuntu, je suis preneur de la solution !

Merci d'avance,

Denis

[pitipoisson]

Bonsoir,

Bon, finalement, j'ai réussi à installer RNetCDF. Pour ça j'ai fais dans un terminal

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ sudo ln /usr/lib/libudunits2.so /usr/lib/libudunits.so
$ sudo ln /usr/lib/libudunits2.a /usr/lib/libudunits.a

(faut bien entendu avoir installé les paquets Ubuntu "udunits2*")

Puis l'installation du paquet dans R

Code $ sudo R :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

> install.packages("RNetCDF", dependecies=TRUE)

Aucune garantie, en revanche, qu'il fonctionne correctement après ça.

[denis_f]

Salut pitipoisson et félicitations !

Une question cependant : où a tu trouvé le paquet udunits2 pour ubuntu ? as-tu des dépôts que je n'ai pas ? Est-ce hors dépôts ?

Merci d'avance !

Denis

[pitipoisson]

Une question cependant : où a tu trouvé le paquet udunits2 pour ubuntu ? as-tu des dépôts que je n'ai pas ? Est-ce hors dépôts ?

Il me semble que c'était dans des dépôts (mais j'ai également tenté la compilation, et celle-ci se passe bien, contrairement à la version 1.*).

Pour l'instant je ne suis pas chez moi, mais j'essaierais d'identifier sur lequel cet après-midi.