Discussion :

[loula427]

Comme le titre l'indique j'ai des problemes avec l'utilisation du module
Scalar::Util 'dualvar'.

Lorsque que je cherche a utiliser le module Scalar::Util 'dualvar' j'ai le message suivant :

PERL> use Scalar::Util 'dualvar'
is only avaliable with the XS version at (eval 2) line 1
BEGIN failed--compilation aborted at (eval 2) line 2.

Ok cela signifie qu'il faut que j'installe une version plus recente de Scalar::Util qui supporte 'dualvar' ...
Le probleme est que j'ai fait l'installation de cette nouvelle version !!!
Mais que perl ne semble pas aller chercher le "bon" module c-a-d le nouveau.

Lorsque je fait un perl -V j'ai le message suivant :

@INC:
/share/supported/lib/perl5/5.8.5
/share/supported/perl_modules/bioperl-semi-live/i386-linux-thread-multi
/share/supported/perl_modules/bioperl-semi-live
/share/supported/perl_modules/lab
/share/supported/perl_modules/DBI-1.43/i386-linux-thread-multi/DBI
/share/supported/perl_modules/GD-2.15/i386-linux-thread-multi
/share/supported/apps/ogmp/lib/perl/ogmp
/share/supported/perl_modules/IO-String-1.07
/share/supported/perl_modules/IO
/share/supported/perl_modules/i386-linux-thread-multi
/share/supported/perl_modules/DBD-Pg-1.43
/usr/lib/perl5/5.8.3/i386-linux-thread-multi
/usr/lib/perl5/5.8.3
/usr/lib/perl5/site_perl/5.8.3/i386-linux-thread-multi
/usr/lib/perl5/site_perl/5.8.3
/usr/lib/perl5/site_perl
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.3/i386-linux-thread-multi
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.3
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.2/i386-linux-thread-multi
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.2
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.1/i386-linux-thread-multi
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.1
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.0
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.6.1
/usr/lib/perl5/vendor_perl

Une de mes questions y a t'il possibilité de savoir qu'elle module perl va chercher. Car le module que je veux utiliser ce situe la :
/usr/lib/perl5/5.8.3

Lorsque je fait cela :

use lib "/usr/lib/perl5/5.8.3/Scalar 'dualvar'"
perl semble être d'accord avec moi et ne pose pas de probleme seulement je ne suis pas sur que ca fonctionne.

OK en admettant que cela fonctionne, mon but réel n'est pas d'utiliser Scalar::Util 'dualvar' mais IO::Socket::SSL

Je teste donc le code suivant :

PERL> use lib "/usr/lib/perl5/5.8.3/Scalar 'dualvar'"

PERL> use IO::Socket::SSL
is only avaliable with the XS version at /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.0/IO/Socket/SSL.pm line 30
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.0/IO/Socket/SSL.pm line 30.
Compilation failed in require at (eval 5) line 2.
BEGIN failed--compilation aborted at (eval 5) line 2.

Donc il n'est pas d'accord avec moi a cause de la ligne 30 de /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.0/IO/Socket/SSL.pm

Donc je regarde :
la ligne 30 de SSL.pm :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# non-XS Versions of Scalar::Util will fail
BEGIN{
        eval { use Scalar::Util 'dualvar'; dualvar(0,'') };
        die "You need the XS Version of Scalar::Util for dualvar() support" 
                if $@;
}

Ok je me dit que c'est le probleme de Scalar::Util 'dualvar'....
Je remplace donc le code precedent par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# non-XS Versions of Scalar::Util will fail
BEGIN{
        eval { use lib "/usr/lib/perl5/5.8.3/Scalar 'dualvar'"; dualvar(0,'') };
        die "You need the XS Version of Scalar::Util for dualvar() support" 
                if $@;
}

Bah oui on c'est jamais d'ici a ce que ca fonstionne !!!

Bah non malheuresement ca fonctionne pas
J'ai le message suivant d'erreur :

PERL> use IO::Socket::SSL
You need the XS Version of Scalar::Util for dualvar() support at /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.0/IO/Socket/SSL.pm line 31.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.0/IO/Socket/SSL.pm line 33.
Compilation failed in require at (eval 2) line 2.
BEGIN failed--compilation aborted at (eval 2) line 2.

Donc voila je ne sais pas trop comment m'en sortir....

Merci a ce qui son arrivé à ce niveau du message .

Loula

[djibril]

Déjà installe le.

ppm install Scalar::Util

[loula427]

J'avais deja fait l'instalallation de Scalar::Util via MCPAN ...

Et je n'est pas ppm sur cette machine.


Une solution a priori, modifier IO::Socket::SSL pour le forcer a utiliser le module Scalar::Util installer localement :

J'ai donc modifier O::Socket::SSL en ajoutant la ligne
use lib "/usr/lib/perl5/5.8.3";

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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package IO::Socket::SSL;
 
use IO::Socket;
use Net::SSLeay 1.21;
use Exporter ();
use Errno qw( EAGAIN ETIMEDOUT );
use Carp;
use strict;
use lib "/usr/lib/perl5/5.8.3";
 
# from openssl/ssl.h, should be better in Net::SSLeay
use constant SSL_SENT_SHUTDOWN => 1;
use constant SSL_RECEIVED_SHUTDOWN => 2;
 
# non-XS Versions of Scalar::Util will fail
BEGIN{
        eval { use Scalar::Util 'dualvar'; dualvar(0,'') };
        die "You need the XS Version of Scalar::Util for dualvar() support" 
                if $@;
}

Merci pour l'aide, si j ai d'autre remarque je viens poster .

[50Nio]

J'aurais plutôt fait le changement au niveau système (env du user, ou en spécifiant le binaire Perl) car là si tu change ta version de Perl tu dois revoir tout tes scripts.
Maintenant si tu as "peu" de script ce n'est pas forcément plus couteux, donc c'est au choix. :-)

[loula427]

J'aurais plutôt fait le changement au niveau système (env du user, ou en spécifiant le binaire Perl) car là si tu change ta version de Perl tu dois revoir tout tes scripts.

Oki pour le env du User je comprend ce que tu me suggere je ne veux pas le faire car j'ai beaucoup de script perl .... qui tourne avec les lib qui sont installe sur le /share.

Par contre je ne comprend pas ce que tu entend par modifier le binaire de perl ?

Tu dit que je change ma version de perl .... oui je la change mais seulement dans le module IO::Socket::SSL enfin si je ne me trompe pas cela n'affecte pas mes autre module... est ce que quelqu'un peut confirmer ?

Car effectivement ma bidouille fonctionne mais j'aimerais que ce soit quelques choses de costaud ...

[Jedai]

Car effectivement ma bidouille fonctionne mais j'aimerais que ce soit quelques choses de costaud ...

Pourquoi ne pas changer la config de CPAN pour qu'il installe dans les bons répertoires en priorité. Ou changer PERLLIB pour placer les répertoires gérés par cpan en premier ?

--
Jedaï

[loula427]

Pourquoi ne pas changer la config de CPAN pour qu'il installe dans les bons répertoires en priorité.

Parce que je ne sais pas le faire mais c'est effectivement une bonne idee...

Pour ta seconde suggestion j'y avais aussi penser mais je ne prefere pas car le resultat me fait peur !!!

[loula427]

Petite question comment on fait pour specifier les repertoire ou on desire que le CPAN fasse l'install du module ?


Je continue avec mes questions !!!

La facon de faire que j ai utiliser ne me conviens pas reellement car je trouve ca tres peu sur/stable... enfin pas top quoi !!!

Je viens de tester d'autres chose et la je ne comprend pas trop mon programme principal commence par les appels aux librairies.
Jai donc essayer differentes manipulations.


Si mon appel au librairies ce fond dans l'ordre suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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require 5.00;
use strict;
use Term::ANSIColor qw(:constants);
$Term::ANSIColor::AUTORESET = 1;
use PirObject qw( LinStruct RNAPredictionList RNAfinderFileForMenu AllerpinResult AnnotPairCollection);
use IO::File;
use File::Basename;
use Cwd;
use Net::SMTP::SSL;
use Bio::Tools::CodonTable;
use vars qw( $VERSION $RCS_VERSION );
use lib    ( "./lib" );
use POSIX qw{strftime};
use Sys::Hostname;

Je n'ai pas de probleme par contre si je fait ca dans cette ordre :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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require 5.00;
use strict;
use Term::ANSIColor qw(:constants);
$Term::ANSIColor::AUTORESET = 1;
use PirObject qw( LinStruct RNAPredictionList RNAfinderFileForMenu AllerpinResult AnnotPairCollection);
use IO::File;
use File::Basename;
use Cwd;
use Bio::Tools::CodonTable;
use Net::SMTP::SSL;
use vars qw( $VERSION $RCS_VERSION );
use lib    ( "./lib" );
use POSIX qw{strftime};
use Sys::Hostname;

J'ai ma fameuse erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 Mon Nov 02 nbeck /home/nbeck/WorkCVS/unix-utils/RNAweasel => perl RNAfinder
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /share/supported/lib/perl5/5.8.5/Scalar/Util.pm line 28.
 is only avaliable with the XS version at /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.0/IO/Socket/SSL.pm line 31
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.0/IO/Socket/SSL.pm line 31.
Compilation failed in require at RNAfinder line 134.
BEGIN failed--compilation aborted at RNAfinder line 134.

Quelqu'un pourrait-il m'expliquer d'ou cela peu venir et comment resoudre cela ?

[loula427]

Bah voila j'ai trouver, enfin une amie ma donner un debut de solution et j'ai verifier.

Le truc c'est que les 2 librairies font appels a Scalar::Util ....