Discussion :

[Buide]

Bonjour à tous!

Je travaille sur un projet de visualisation de pathway biochimique. J'ai découvert la fonction biograph qui me semble correspondre à mes attentes. Celle-ci permet via une matrice et des identifiants de visualiser une cascade biochimique.

Cet outil de visualisation a pour but dans un premier temps de pouvoir visualiser le pathway et en double cliquant sur le nom d'un gène ou d'un élément de visualiser un certain nombre d'infos. Et c'est là que le bât blesse...

J'ai compris qu'on pouvait affecter des callbacks sur les noeuds (node) du graph. Ce callback peut appeler une fonction de mon choix. Jusqu'à présent ça va encore. Mon problème est que j'aimerais beaucoup pouvoir récupérer une info du node double-cliquer. Simplement son ID. J'ai réussi après plusieurs test à récupérer le node complet (je crois... je l'ai copié dans un variable a et laisser l'affichage et j'ai eu comme affichage: "a = [1x1 biograph.node]") Pourtant dès que j'essaie d'accèder à a.ID j'ai une erreur me disant que "Attempt to reference field of non-structure array."...

Est-ce possible de récupérer l'ID du node clique ou non ? Si oui comment ?

Je colle ci-dessous mes deux codes...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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HXK1Fasta = fastaread('HXK1.txt');
PGI1Fasta = fastaread('PGI1.txt');
GlycolysisGene = struct('name','HXK1','header',HXK1Fasta.Header,'sequence', HXK1Fasta.Sequence);
GlycolysisGene(2)= struct('name','PGI1','header',PGI1Fasta.Header,'sequence', PGI1Fasta.Sequence);
GlycolysisCompound = struct('name','glucose','cofactor','ATP');
GlycolysisCompound(2) = struct('name','glucose-6-P','cofactor','none');
GlycolysisCompound(3) = struct('name','fructose-6-P','cofactor','ATP');
 
id = {GlycolysisCompound(1).name;GlycolysisGene(1).name;GlycolysisCompound(2).name;GlycolysisGene(2).name;GlycolysisCompound(3).name};
matrice =[0 1 0 0 0; 0 0 1 0 0; 0 0 0 1 0; 0 0 0 0 1; 0 0 0 0 0];
bg = biograph(matrice, id,'NodeCallback', @(id)test(id));
h = view(bg);

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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function[]= test(varargin)
a = varargin
b = a.ID

Merci d'avance de votre aide.

[Caro-Line]

a étant un objet tu dois pouvoir accéder à ses méthodes/propriétés de la façon suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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methods(a)
properties(a)

En fouillant tu devrais trouver ce que tu cherches.

[Buide]

Salut,

Merci de ta réponse. J'ai essayé de voire le propriétés (y en a pas apprement...) et j'ai aussi regardé les méthodes de cet objet. Il ne semble pas qu'il y ait de méthode get pour récuprer l'ID du node... (Une telle méthode existe pour récupérer les IDs de tout les nodes)

J'ai essayé de transformer ce cell en struct... Mais rien n'y fait je n'arrive toujours pas à avoir accès aux différents fields...
En fait dans mon cell2struct je ne peux mettre qu'un field et celui devient mon node.biographe.

Je me demandais si ça n'avait pas quelque chose à voir avec l'appel de la fonction. Si mon callback est juste ou non ? Si je devrais pas essayer quelque chose d'autres (mais quoi?)??

Merci d'avance
Buide

[duf42]

Bonjour,

As-tu essayé un simple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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get(a,'ID')

Voir simplement:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
 
get(a)

Pour avoir toutes les propriétés dans une structure.

Bon courage,
Duf

[Buide]

J'ai (ou plutôt un bon copain a trouvé la solution) ...
Il suffit de faire un appel à a{1}.ID...
Comme quoi des fois c'est tout bête mais ça prends quand même trois jours pour trouver la solution

Merci beaucoup quand même!

[duf42]

Pour simplifier la chose, tu aurais aussi pu écrire:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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function[]= test(obj, varargin)
b = obj.ID