Discussion :

[Zwiter]

Bonjour,
Je recherche depuis hier comment selectionner toutes ls features d'un type donné, pour une sequence annoté (format genbank actuellement). Le but est d'ensuite de rechercher des oligo dans des séquences d'interet (genome entier, CDS, exons...) d'un ou plusieurs génomes.
La doc de bioperl etant assez pauvre, j'ai reussi a me concocté le sript suivant, qui ne me satisfait pas.
Je pense être passé a coté d'une méthode qui permetrait de tout selectionner d'un coup, par exemple tous les CDS.

Voici mon code, qu'en pensez vous ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while (my $seq = $seqio->next_seq) {
	print "$seq->accession\n";
	my @features = $seq->get_all_SeqFeatures;
	foreach my $feat (@features) {
		if ($feat->primary_tag eq 'CDS') {
			print "\t", $feat->primary_tag, "\n";
		}
	}
}

Z.

[50Nio]

La doc parle bien d'une fonction qui ne prend aucun argument:
http://search.cpan.org/~cjfields/Bio...ll_SeqFeatures
Et on ne retrouve aucune autre méthode dans cet objet, donc effectivement l'implémentation que tu cherches ne doit pas exister.

Ta solution me semble donc bonne.

[Jasmine80]

Je pense que ta solution est correcte. Voici l'exemple utilisé sur le CPAN SeqFeatureI