Discussion :

[Cehune]

bonjour à tous ....

comme le dit le sujet je voudrais faire une animation qui serait une succéssion de fichier vtk qui sont déjà en ma possession ....

Maleureusement je ne sais pas comment faire car je n'arrive pas à acceder au doc que je trouve sur le net !

Je vaudrais faire une routine matlab qui récupère ces fichiers et qui les colle les uns aux autre avec un délai d'environ 3~4 secondes entre chaque !

Ainsi ma question est double !
Est-ce que vous pensait que cela est possible ? Si oui comment ?

Merci par avance !

[Cehune]

petite correction les fichier sont en vtu !!!
Je ne connais pas la différence !

[Jerome Briot]

Tu pourrais attacher 2 ou 3 fichier vtu à un message.

Met les dans une archive zip ou rar

[Cehune]

voilà les vtu

[Jean Dumoncel]

Salut,

petite correction les fichier sont en vtu !!!
Je ne connais pas la différence !

La différence se situe dans la présentation des données. Les fichiers vtu utilisent
le format xml qui permet de décrire plus de chose que le format vtk.
pour plus d'info sur les formats définit par vtk :
http://www.vtk.org/VTK/img/file-formats.pdf

Ouvres un de tes fichiers, tu verras qu'il est constitué de champs délimités par des balises :
tu as :
les coordonnées de tes points,
des cellules définis par 3 points
une valeur scalaire asociée à chaque cellule (qui définit généralement la couleur)
une valeur 5 pour chaque cellule car tes cellules sont des triangles (cf doc citée plus haut)
une valeur pour chacun de tes triangles (la variable se nomme U, donc j'imagine que c'est une grandeur physique?)

je n'ai pas trouvé de script tout fait qui te permette de lire de tel fichier, mais ça ne doit pas être compliqué en utilisant les fonctions de lecture de fichiers (par exemple dans la faq pour passer un certain nombre de ligne : http://matlab.developpez.com/faq/?pa...#fileio_entete )

Je vaudrais faire une routine matlab qui récupère ces fichiers et qui les colle les uns aux autre avec un délai d'environ 3~4 secondes entre chaque !

Qu'est ce que tu appelles : "les colle les uns aux autres"?
C'est bien un affichage que tu veux faire?

rmq : si c'est un affichage, pourquoi ne pas utiliser un logiciel comme par exemple paraview qui est entre autre dédié à ce type de fichier?

[Jerome Briot]

Un début de réponse avec la XML Toolbox : Gestion des fichiers XML avec la XML toolbox

Code :

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d = dir('*.vtu');
 
figure
p = patch('vertices',[nan nan],'faces',nan, ...
    'facevertexcdata',nan,'cdatamapping','scaled', ...
    'facecolor','interp');
 
for n = 1:numel(d)
 
    V = xml_parseany(fileread(d(n).name));
 
    Position = str2num(V.UnstructuredGrid{1}.Piece{1}.Points{1}.DataArray{1}.CONTENT);
    connectivity = str2num(V.UnstructuredGrid{1}.Piece{1}.Cells{1}.DataArray{1}.CONTENT)+1;
    U = str2num(V.UnstructuredGrid{1}.Piece{1}.PointData{1}.DataArray{1}.CONTENT);
 
    set(p,'vertices',Position,'faces',connectivity, ...
        'facevertexcdata',U);
 
    title(sprintf('Pas : %d',n))
    drawnow
    pause(4)
 
end

C'est l'idée...

Si tu veux en faire une animation AVI :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

doc avifile

[Cehune]

Merci megalan pour la doc vtu !

La variable se nomme U, donc j'imagine que c'est une grandeur physique?

En effet, je travaille sur la modélisation des thermométries dans un réservoir pétrolier axisymétrique dans le but de mieux comprendre le comportement des fluides et de la matrice rocheuse pendant la production.

Nous avons déjà utiliser la commande 'patch' mais le rendu n'est pas très agréables de plus les cartographies de pression et de température sont souvent incomplètes... aussi nous avons décidé de passer par un affichage avec paraview ... dont le rendu est bien plus plaisant (avis personnel bien sur !)

Qu'est ce que tu appelles : "les colle les uns aux autres"?
C'est bien un affichage que tu veux faire?

Oui je voudrais faire une vidéo qui affiche pas à pas les différents pas de temps.... je vais essayer de voir avec la doc avifile !

[Jean Dumoncel]

aussi nous avons décidé de passer par un affichage avec paraview ... dont le rendu est bien plus plaisant (avis personnel bien sur !)

Tout à fait d'accord avec toi!

[Jerome Briot]

C'est l'idée...

Arf... je n'avais pas vu que les noeuds apparaissaient plusieurs fois... le rendu n'était donc pas optimale

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d = dir('*.vtu');
 
for n = 1:numel(d)
 
    V = xml_parseany(fileread(d(n).name));
 
    Position = str2num(V.UnstructuredGrid{1}.Piece{1}.Points{1}.DataArray{1}.CONTENT);
    connectivity = str2num(V.UnstructuredGrid{1}.Piece{1}.Cells{1}.DataArray{1}.CONTENT)+1;
    U = str2num(V.UnstructuredGrid{1}.Piece{1}.PointData{1}.DataArray{1}.CONTENT);
 
    [vertices{n},a,b] = unique(Position,'rows');
    faces{n} = b(connectivity);
    fvcdata{n} = U(a);
 
end
 
r = [min(min([fvcdata{:}])) max(max([fvcdata{:}]))];
 
figure
 
p = patch('vertices',[nan nan],'faces',nan, ...
    'facevertexcdata',nan,'cdatamapping','scaled', ...
    'facecolor','interp');
 
set(gca,'clim',r)
colorbar
 
for n=1:numel(vertices)
 
    set(p,'vertices',vertices{n},'faces',faces{n}, ...
        'facevertexcdata',fvcdata{n});
    drawnow
    title(sprintf('Pas : %d',n))
    pause(1)
 
end

[Cehune]

J'ai un petit soucis avec ton code Dut ....
Aurait tu une idée sur le problème ?

Code :

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??? Undefined function or method 'xml_parseany' for nput arguments of type
'char'.
 
Error in ==> dut at 7
    V = xml_parseany(fileread(d(n).name));