Lecture de fichier vtu

**Cehune** · 18/08/2009, 15h13

bonjour à tous ....

comme le dit le sujet je voudrais faire une animation qui serait une succéssion de fichier vtk qui sont déjà en ma possession ....

Maleureusement

je ne sais pas comment faire car je n'arrive pas à acceder au doc que je trouve sur le net !

Je vaudrais faire une routine matlab qui récupère ces fichiers et qui les colle les uns aux autre avec un délai d'environ 3~4 secondes entre chaque !

Ainsi ma question est double !
Est-ce que vous pensait que cela est possible ? Si oui comment ?

Merci par avance !

**Cehune** · 18/08/2009, 16h39

petite correction les fichier sont en vtu !!!
Je ne connais pas la différence !

**Jerome Briot** · 18/08/2009, 16h41

Tu pourrais attacher 2 ou 3 fichier vtu à un message.

Met les dans une archive zip ou rar

**Cehune** · 18/08/2009, 16h56

voilà les vtu

**Jean Dumoncel** · 18/08/2009, 22h08

Salut,

Envoyé par Cehune

petite correction les fichier sont en vtu !!!
Je ne connais pas la différence !

La différence se situe dans la présentation des données. Les fichiers vtu utilisent
le format xml qui permet de décrire plus de chose que le format vtk.
pour plus d'info sur les formats définit par vtk :
http://www.vtk.org/VTK/img/file-formats.pdf

Ouvres un de tes fichiers, tu verras qu'il est constitué de champs délimités par des balises :
tu as :
les coordonnées de tes points,
des cellules définis par 3 points
une valeur scalaire asociée à chaque cellule (qui définit généralement la couleur)
une valeur 5 pour chaque cellule car tes cellules sont des triangles (cf doc citée plus haut)
une valeur pour chacun de tes triangles (la variable se nomme U, donc j'imagine que c'est une grandeur physique?)

je n'ai pas trouvé de script tout fait qui te permette de lire de tel fichier, mais ça ne doit pas être compliqué en utilisant les fonctions de lecture de fichiers (par exemple dans la faq pour passer un certain nombre de ligne : http://matlab.developpez.com/faq/?pa...#fileio_entete )

Je vaudrais faire une routine matlab qui récupère ces fichiers et qui les colle les uns aux autre avec un délai d'environ 3~4 secondes entre chaque !

Qu'est ce que tu appelles : "les colle les uns aux autres"?
C'est bien un affichage que tu veux faire?

rmq : si c'est un affichage, pourquoi ne pas utiliser un logiciel comme par exemple paraview qui est entre autre dédié à ce type de fichier?

**Jerome Briot** · 18/08/2009, 23h31

Un début de réponse avec la XML Toolbox : Gestion des fichiers XML avec la XML toolbox

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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d = dir('*.vtu');
 
figure
p = patch('vertices',[nan nan],'faces',nan, ...
    'facevertexcdata',nan,'cdatamapping','scaled', ...
    'facecolor','interp');
 
for n = 1:numel(d)
 
    V = xml_parseany(fileread(d(n).name));
 
    Position = str2num(V.UnstructuredGrid{1}.Piece{1}.Points{1}.DataArray{1}.CONTENT);
    connectivity = str2num(V.UnstructuredGrid{1}.Piece{1}.Cells{1}.DataArray{1}.CONTENT)+1;
    U = str2num(V.UnstructuredGrid{1}.Piece{1}.PointData{1}.DataArray{1}.CONTENT);
 
    set(p,'vertices',Position,'faces',connectivity, ...
        'facevertexcdata',U);
 
    title(sprintf('Pas : %d',n))
    drawnow
    pause(4)
 
end

C'est l'idée...

Si tu veux en faire une animation AVI :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

doc avifile

**Cehune** · 19/08/2009, 10h00

Merci megalan pour la doc vtu !

La variable se nomme U, donc j'imagine que c'est une grandeur physique?

En effet, je travaille sur la modélisation des thermométries dans un réservoir pétrolier axisymétrique dans le but de mieux comprendre le comportement des fluides et de la matrice rocheuse pendant la production.

Nous avons déjà utiliser la commande 'patch' mais le rendu n'est pas très agréables de plus les cartographies de pression et de température sont souvent incomplètes... aussi nous avons décidé de passer par un affichage avec paraview ... dont le rendu est bien plus plaisant (avis personnel bien sur !)

Qu'est ce que tu appelles : "les colle les uns aux autres"?
C'est bien un affichage que tu veux faire?

Oui je voudrais faire une vidéo qui affiche pas à pas les différents pas de temps.... je vais essayer de voir avec la doc avifile !

**Jerome Briot** · 19/08/2009, 10h25

Envoyé par Dut

C'est l'idée...

Arf... je n'avais pas vu que les noeuds apparaissaient plusieurs fois... le rendu n'était donc pas optimale

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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d = dir('*.vtu');
 
for n = 1:numel(d)
 
    V = xml_parseany(fileread(d(n).name));
 
    Position = str2num(V.UnstructuredGrid{1}.Piece{1}.Points{1}.DataArray{1}.CONTENT);
    connectivity = str2num(V.UnstructuredGrid{1}.Piece{1}.Cells{1}.DataArray{1}.CONTENT)+1;
    U = str2num(V.UnstructuredGrid{1}.Piece{1}.PointData{1}.DataArray{1}.CONTENT);
 
    [vertices{n},a,b] = unique(Position,'rows');
    faces{n} = b(connectivity);
    fvcdata{n} = U(a);
 
end
 
r = [min(min([fvcdata{:}])) max(max([fvcdata{:}]))];
 
figure
 
p = patch('vertices',[nan nan],'faces',nan, ...
    'facevertexcdata',nan,'cdatamapping','scaled', ...
    'facecolor','interp');
 
set(gca,'clim',r)
colorbar
 
for n=1:numel(vertices)
 
    set(p,'vertices',vertices{n},'faces',faces{n}, ...
        'facevertexcdata',fvcdata{n});
    drawnow
    title(sprintf('Pas : %d',n))
    pause(1)
 
end

**Cehune** · 19/08/2009, 11h41

J'ai un petit soucis avec ton code Dut ....
Aurait tu une idée sur le problème ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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??? Undefined function or method 'xml_parseany' for nput arguments of type
'char'.
 
Error in ==> dut at 7
    V = xml_parseany(fileread(d(n).name));

**Jerome Briot** · 19/08/2009, 11h43

Envoyé par Cehune

J'ai un petit soucis avec ton code Dut ....

Il faut télécharger la XML Toolbox et ajouter ensuite le chemin d'accès du dossier où tu as décompressé l'archive zip dans le path MATLAB avec la fonction ADDPATH

**Jean Dumoncel** · 19/08/2009, 14h50

Envoyé par Cehune

aussi nous avons décidé de passer par un affichage avec paraview ... dont le rendu est bien plus plaisant (avis personnel bien sur !)

Tout à fait d'accord avec toi!

**Cehune** · 19/08/2009, 14h52

le code tourne malheureusement il m'affiche uniquement les valeurs contenu dans le premier vtu

Sinon est-il possible d'attenuer ou de suprimer les traits du maillage ?

**Jerome Briot** · 19/08/2009, 15h02

Envoyé par Cehune

le code tourne malheureusement il m'affiche uniquement les valeurs contenu dans le premier vtu

Bizarre...

Envoyé par Cehune

Sinon est-il possible d'attenuer ou de suprimer les traits du maillage ?

Tu mets la valeur interp ou none dans la propriété EdgeColor de l'objet Patch :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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p = patch('vertices',[nan nan],'faces',nan, ...
    'facevertexcdata',nan,'cdatamapping','scaled', ...
    'facecolor','interp','edgecolor','none');