Discussion :

[circe]

Bonjour!

J'utilise la fonction

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my_linear_model <- lm(...)

pour ajuster une régression linéaire. En utilisant la fonction

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

summary()

les p-values pour les coefficients sont renvoyées. Y a-t-il un moyen d'accéder à ces p-values? (Je ne sais pas s'il existe quelque chose comme my_linear_model$pval.)

Merci d'avance!

[balap]

premièrement, pour voir la structure d'un objet utiliser

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 str()

Sinon je pense pas qu'on puisse récupérer directement la p-value, mais on peut récurer la statistique du test.
De là, on peut calculer la p-value soit même.
Dans le cas d'une Anova, la p-value est retrouvée de la manière suivante

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my_lm <- summary(lm(...))
1-pf(my_lm$fstatistic[1],my_lm$fstatistic[2],my_lm$fstatistic[3])

[manoir]

Bonjour,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

summary(res.lm)[[4]][,4]

J'espère t'avoir aidé

Bien à toi

Manoir

[balap]

Personnellement, je pense pas que passer par les indices des listes soit une bonne chose pour ce genre d'objet, je recommande chaudement l'utilisation de str(), qui donne la structure exacte des objets.
Dans ce cas, ça donne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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List of 11
 $ call         : language lm(formula = weight ~ group)
 $ terms        :Classes 'terms', 'formula' length 3 weight ~ group
  .. ..- attr(*, "variables")= language list(weight, group)
  .. ..- attr(*, "factors")= int [1:2, 1] 0 1
  .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. ..$ : chr [1:2] "weight" "group"
  .. .. .. ..$ : chr "group"
  .. ..- attr(*, "term.labels")= chr "group"
  .. ..- attr(*, "order")= int 1
  .. ..- attr(*, "intercept")= int 1
  .. ..- attr(*, "response")= int 1
  .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv> 
  .. ..- attr(*, "predvars")= language list(weight, group)
  .. ..- attr(*, "dataClasses")= Named chr [1:2] "numeric" "factor"
  .. .. ..- attr(*, "names")= chr [1:2] "weight" "group"
 $ residuals    : Named num [1:20] -0.862 0.548 0.148 1.078 -0.532 ...
  ..- attr(*, "names")= chr [1:20] "1" "2" "3" "4" ...
 $ coefficients : num [1:2, 1:4] 5.032 -0.297 0.198 0.28 25.374 ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : chr [1:2] "(Intercept)" "groupTrt"
  .. ..$ : chr [1:4] "Estimate" "Std. Error" "t value" "Pr(>|t|)"
 $ aliased      : Named logi [1:2] FALSE FALSE
  ..- attr(*, "names")= chr [1:2] "(Intercept)" "groupTrt"
 $ sigma        : num 0.627
 $ df           : int [1:3] 2 18 2
 $ r.squared    : num 0.0586
 $ adj.r.squared: num 0.00635
 $ fstatistic   : Named num [1:3] 1.12 1 18
  ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "value" "numdf" "dendf"
 $ cov.unscaled : num [1:2, 1:2] 0.1 -0.1 -0.1 0.2
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : chr [1:2] "(Intercept)" "groupTrt"
  .. ..$ : chr [1:2] "(Intercept)" "groupTrt"
 - attr(*, "class")= chr "summary.lm"

En faisant is(lm$coefficients) (ou lm[[4]]), on s'aperçoit que c'est une matrice, et on peut sélectionner les valeurs que l'on veut

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

lm[[4]][2,4]

Perso je savais pas que la p-value était là, mais c'est une manière pour trouver les valeurs que l'on veut dans n'importe quel objet R.