Discussion :

[Mydriaze]

bonjour à tous,

J'essaye de telecharger des fichiers sur un serveur ftp qui contient des .fna (texte) et/ou des .fna.tgz.
Mon code se connecte , et telecharge les fichiers .fna sans probleme mais pas les .fna.tgz ...

Voici ce que je fais :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import fnmatch
from fnmatch import fnmatch
import ftplib
from ftplib import *
ftp = FTP('ftp.ncbi.nih.gov') 
ftp.login()
rlist=ftp.nlst('genomes/HUMAN_MICROBIOM/Bacteria/Staphylococcus_aureus_USA300_TCH959/' )
print rlist
for f in rlist :
    f, type(f)
    p = 'RETR ' + f
    if fnmatch(f, "*.fna"):
        tt = "toto_" + f[-13:-4] + "_fna"
        tt # affiche par exemple  'toto_NC_010066_fna'
        toto_fna = open(tt,"w")
        ftp.retrbinary(p , toto_fna.write)
        toto_fna.close()
 
for f in rlist :
    f, type(f)
    p = 'RETR ' + f
    if fnmatch(f, "*.fna.tgz"):
        tt = "toto_" + f[-30:-8] + "_fna_tgz"
        tt # affiche par exxemple  'toto_Z_AASB00000000.contigs_fna_tgz'
        toto_fna_tgz = open(tt, "w")
        ftp.retrbinary(p , toto_fna_tgz.write)
        toto_fna_tgz.close()

J'ai testé le code en utilisant mon ftp free et j'ai le meme resultat, donc ça ne vient pas du serveur mais de l'extension .tgz...
Pourtant retrbinary me paraissait assez polyvalent pour s'appliquer aussi aux .tgz..
Si quelqu'un avait la gentillesse de me depanner , je lui en serait gréé ...
merci d'avance

[pacificator]

essaye en utilisant le mode binaire pour ton fichier toto_fna_tgz:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

toto_fna_tgz = open(tt, "wb")

[Mydriaze]

Merci pour votre reponse

Bon ,ça yest j'ai compris d'où vient mon erreur !

il y avait 1 l'archive de 860ko , et 1fichier à l'interieur : 2.9Mo et je ne pouvais pas decompresser :

Une erreur s'est produite lors de l'extraction des fichiers.

(null)

et pareil avec "wb"

et en fait c'est parce que je n'avais pas mis d'extension .tgz à mon fichier toto. On m'avait dit de ne pas en mettre pour le traiter comme fichier binaire ...
Grave erreur ... lol
Avec .tgz l'archive est composée de plusieurs fichiers à l'interieur et se decompresse normalement


MERCI POUR LE COUP DE MAIN !!!!