Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour à tous,

Est-il possible d'utiliser un WHERE sur un COUNT ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT gene, count(gene) FROM `kp_pairwise_alignments` 
WHERE count(gene) > 1
GROUP by gene

Serait-il possible d'y ajouter des jointures?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT kp.gene, count(kp.gene), kp.Identity,
  k.sequence AS kpneu_seq, k.id AS kpneu_id, k.seq_length AS kpneu_length,
  e.sequence AS Ecol_seq, e.id AS Ecol_id, e.seq_length AS Ecol_length
FROM test.kp_pairwise_alignments kp
JOIN test.e_coli_complete_genomes e
ON kp.Compared_Orga_ID = e.id
JOIN test.k_pneumoniae_complete_genomes k
ON kp.K_pneum_ID = k.id
WHERE count(kp.gene) > 1
ORDER BY kp.Identity ASC

Comment puis-je procéder?


Merci,

[Maljuna Kris]

Saluton,

Est-il possible d'utiliser un WHERE sur un COUNT ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT gene, count(gene) FROM `kp_pairwise_alignments` 
WHERE count(gene) > 1
GROUP by gene

Ben, non il faut le mettre dans un HAVING après le GROUP BY. HAVING est à GROUP BY ce que WHERE est à FROM.

Serait-il possible d'y ajouter des jointures?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT kp.gene, count(kp.gene), kp.Identity,
  k.sequence AS kpneu_seq, k.id AS kpneu_id, k.seq_length AS kpneu_length,
  e.sequence AS Ecol_seq, e.id AS Ecol_id, e.seq_length AS Ecol_length
FROM test.kp_pairwise_alignments kp
JOIN test.e_coli_complete_genomes e
ON kp.Compared_Orga_ID = e.id
JOIN test.k_pneumoniae_complete_genomes k
ON kp.K_pneum_ID = k.id
WHERE count(kp.gene) > 1
ORDER BY kp.Identity ASC

L'important est de garder la cohérence des résultats, un COUNT sans GROUP BY essayera de compter sur l'ensemble des lignes résultant de la jointure, si ça n'a pas de sens tu risques un message d'erreur et/ou un résultat incohérent. Outre une engueulade de ma part(non, je rigole )

[Jasmine80]

Merci beaucoup pour ton aide, la requête fonctionne bien maintenant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT kp.gene, count(kp.gene), kp.Identity, k.id AS kpneu_id, k.seq_length AS kpneu_length, e.id AS Ecol_id, e.seq_length AS Ecol_length
FROM test.kp_pairwise_alignments kp
JOIN test.e_coli_complete_genomes e
ON kp.Compared_Orga_ID = e.id
JOIN test.k_pneumoniae_complete_genomes k
ON kp.K_pneum_ID = k.id
GROUP BY gene
HAVING count(kp.gene) > 1
ORDER BY kp.gene ASC

Néanmoins, ce n'est pas exactement ce que je veux. J'aimerais récupérer les informations des gènes présents en double mais récupérer toutes leurs valeurs et pas juste une seul. Le regroupement devrait donc se faire pour connaître les gènes à récupérer mais il faudrait récupérer toutes les occurrences possibles de ces gènes.

[Maljuna Kris]

A partir du moment ou tu fais un GROUP BY, il faut que l'ensemble des colonnes du SELECT garde une cohérence sur chaque ligne regroupée.
Si certaines colonnes peuvent avoir des valeurs multiples au sein d'un GROUP, tu peux éventuellement utiliser GROUP_CONCAT, pour les rassembler dans une seule colonne.

[Jasmine80]

A partir du moment ou tu fais un GROUP BY, il faut que l'ensemble des colonnes du SELECT garde une cohérence sur chaque ligne regroupée.
Si certaines colonnes peuvent avoir des valeurs multiples au sein d'un GROUP, tu peux éventuellement utiliser GROUP_CONCAT, pour les rassembler dans une seule colonne.

L'ennui est qu'elles peuvent toutes avoir des valeurs multiples, je devrais donc utiliser GROUP_CONCAT sur tous les autres champs récupérer.

J'avoue, j'ai un peu triché, mais j'ai réussi à récupérer la liste des gènes dont count(kp.gene) est > 2 via un programme en Perl, cela va simplifier ma requête.


Merci beaucoup pour ton aide,