Discussion :

[manoir]

Bonjour à tous,

J'essaie de faire tourner un programme pour calculer le FDR, mais je ne comprends pas le message d'erreur qui sort, en sachant qu'avec un autre vecteur le programme fonctionne! le code est:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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bh <- function(x, fdr) {
  thresh <- F;
  crit<-0;
  len<-length(x)
  answer <- array(len);
  first <- T;
  for(i in c(len:0)) {
    crit<-fdr*i/len;
    if (x[i] < crit || thresh == T) {
      answer[i]<-T
      thresh <- T
      if (first) {
        cat(i ,"genes selected at FDR =", fdr ,"\n")
        first = F;
      }
    } else {
      answer[i]<-F
    }
  }
  answer
}

le message d'erreur est :

Error in if (x[i] < crit || thresh == T) { :
missing value where TRUE/FALSE needed

Merci d'avance

[pitipoisson]

Bonjour,

À tous les coups c'est parce que les indices en R commencent à 1

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  for(i in len:1) {                 # l'opérateur ":" est prioritaire sur tous les autres, inutile de protéger
    crit<-fdr*i/len;
    if (x[i] < crit | thresh) {     # détails : 1 "|" suffit, tresh == TRUE est inutile puisque déjà un "vecteur" logique

Une petite remarque : éviter T et F pour TRUE et FALSE.
Que se passerait-il si un petit malin s'amusait à faire (c'est tout à fait possible)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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T <- FALSE
F <- TRUE

alors que

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> TRUE <- FALSE
Erreur dans TRUE <- FALSE : 
  membre gauche de l'assignation (do_set) incorrect