Discussion :

[tomaprice]

Bonjour à tous,
avant de poster j'ai effectuer une recherche a mon Pb et j'ai trouvé ce que je désirai à savoir ceci :

Code :

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echo preg_replace( '/('.implode('|', $words).')/i', '<span style="font-weight: bold;background-color:yellow;;">$1</span>'$sequence_br)

Le Pb est que lorsque ma chaine comporte un </br> entre les acides aminés recherchés et bien preg_replace ne trouve plus les motifs recherché
Un exemple:

Code :

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2
3
MKTFMANESTIQRKWYVVDAEGKTLGRLATVVASVLKGKHK<br/>P<span style="font-weight: bold;background-color:yellow;;">TYTP</span>HVDSGDYVIVINAEKIKLTGNKWNDKIYYKHSGYE<br/>SGL<span style="font-weight: bold;background-color:yellow;;">TETP</span>AKELVVKKPTALVEKAVKGMIPHTSLGRDMFRK<br/>LFVYAGPEHKHQAQQPESLEV
</td></tr><tr style='background-color:#CCCCFF'><td>Features</td><td>Go annotation <br/>Swiss prot</td></tr></table></table>	</div>
</div>

ils trouvent bien les motifs TYTP et TETP mais pas les motifs KHKPT et TPAK car il y a un <br> au milieu de ces motifs.
Or je ne peux pas enlever ces <br> car sinon la séquence s'écrit sur une seule ligne dans mon tableau .
Voila avez vous une solution pour mon Pb sachant que le but finale est de mettre en evidence des motifs(les mots clefs) dans la sequence d'acide aminé(ma chaine de caractères)

[Miaou le chat thon]

en fait si j'ai bien compris ton $words est un tableau qui contient tes séquences à surligner
le implode te sert à faire un "ou" dans ta regex ce qui te donne une regex du style : '/(TYTP|TETP|KHKPT|TPAK)/i' et tu vérifies si l'une de ces séquences existe dans la chaîne traitée par le preg_replace ? est-ce directement dans cette chaîne qu'il y a les <br/> ? pourrais-tu nous donner un exemple de chaîne d'origine ?
car si c'est le cas, je ne vois pas bien où se trouve le problème :/ le preg_match traite toute la chaîne comme si le <br> n'existait pas
et même si c'est pas le cas, les chaînes devraient être bien traitées quand même :/

[LoveAngel]

Bonjour,

Vu ce qu'il dis, je pense que oui, les <br/> sont dans la chaine d'origine .. mais les preg_* n'ont pas la capacité de les enlever par magie, pour lui c'est des caractères comme des autres ...
La solution serais de modifier la regexp ... ( Je viens de tester ça sur un testeur de regexp, donc elle est sensée marcher )

Code :

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2
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(TYTP|TETP|KHKPT|TPAK) # Version actuelle
(T(<br/>)?Y(<br/>)?T(<br/>)?P|T(<br/>)?E(<br/>)?T(<br/>)?P|K(<br/>)?H(<br/>)?K(<br/>)?P(<br/>)?T|T(<br/>)?P(<br/>)?A(<br/>)?K)
# Version à obtenir ( et j'utiliserais des # comme délimiteur pour ne pas avoir à échapper tous les /, avec toujours le i en modifier si tu veux )

En gros, tu lui dis qu'entre chaque lettre, il peux y'avoir un <br/> ou rien ... Pour faire ça je te conseille une fonction qui prends la chaine à trouver, qui parcours les lettres une par une et qui ajoute le (<br/>)? entre chaque. Puis un array_walk sur $words de cette fonction

Bonne journée.

[tomaprice]

Bonjour,

Vu ce qu'il dis, je pense que oui, les <br/> sont dans la chaine d'origine .. mais les preg_* n'ont pas la capacité de les enlever par magie, pour lui c'est des caractères comme des autres ...
La solution serais de modifier la regexp ... ( Je viens de tester ça sur un testeur de regexp, donc elle est sensée marcher )

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
(TYTP|TETP|KHKPT|TPAK) # Version actuelle
(T(<br/>)?Y(<br/>)?T(<br/>)?P|T(<br/>)?E(<br/>)?T(<br/>)?P|K(<br/>)?H(<br/>)?K(<br/>)?P(<br/>)?T|T(<br/>)?P(<br/>)?A(<br/>)?K)
# Version à obtenir ( et j'utiliserais des # comme délimiteur pour ne pas avoir à échapper tous les /, avec toujours le i en modifier si tu veux )

En gros, tu lui dis qu'entre chaque lettre, il peux y'avoir un <br/> ou rien ... Pour faire ça je te conseille une fonction qui prends la chaine à trouver, qui parcours les lettres une par une et qui ajoute le (<br/>)? entre chaque. Puis un array_walk sur $words de cette fonction

Bonne journée.

je viens de tester et ca à l'air de marcher même quand il y a des </br> au milieu des motis.
Et en effet ma chaine contient des <br> avant la recherche des motifs (mes words) car je recupère les séquences( ma chaine) sur une base de données et je n'ai trouvé aucune autres solutions que d'ajouter des <br> tous les 40 acides aminés sans cela ma séquence s'écrit sur une seule ligne.
Encore merci.