Discussion :

[Jasmine80]

Voici ma requête

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT * FROM fungi2 
WHERE  sequence REGEXP 'CACATTG.*GTCGCA' 
AND organism NOT IN (SELECT DISTINCT(organism) FROM fungi2_consensus 
WHERE linking_consensus LIKE 'Alternaria_alternata') 
AND organism NOT LIKE 'Alternaria alternata'

375 entrées (traitement: 0.4401 sec)


Par contre pour (ou seul 'SELECT DISTINCT(organism)' ne change)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT DISTINCT(organism) FROM fungi2 
WHERE  sequence REGEXP 'CACATTG.*GTCGCA' 
AND organism NOT IN (SELECT DISTINCT(organism) FROM fungi2_consensus 
WHERE linking_consensus LIKE 'Alternaria_alternata') 
AND organism NOT LIKE 'Alternaria alternata'

Cela ne fonctionne plus, MySQL tourne pendant plusieurs minutes et puis affiche un écran blanc.


Peut-être pourrais-je optimiser mes requêtes.
Fungi2_consensus est une sous-tables provenant de Fungi2 et possède la même PK id liées entre elles par une FK.
J'ai également un index sur le champ Fungi2.organism

Au lieu de faire un SELECT DISTINCT(organism) FROM fungi2_consensus WHERE linking_consensus like 'Alternaria_alternata' serait-il préférable de travailler sur la liste complète des id? Mais, cela allongerait la liste du NOT IN. A moins que je ne crée des index dans la table Fungi_consensus sur les champs organism et linking_consensus.

J'ai aussi essayé de remplacer le LIKE de linking_consensus LIKE 'Alternaria_alternata' par un = mais j'obtiens un résultat différent!

Merci pour vos conseilles.

[Antoun]

Hello Jasmine,

Peux-tu nous donner tes CREATE TABLE ?

Sinon, tu peux simplifier ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

WHERE  sequence REGEXP 'CACATTG.*GTCGCA'

en :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

WHERE  sequence LIKE '%CACATTG%GTCGCA%'

ainsi que ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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linking_consensus LIKE 'Alternaria_alternata') 
AND organism NOT LIKE 'Alternaria alternata'

en ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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linking_consensus = 'Alternaria_alternata') 
AND organism != 'Alternaria alternata'

[ced]

Bonjour,

Première remarque, l'utilisation du LIKE ne sert ici à rien, puisqu'il n'y a pas de caractère de substitution dans la chaîne comparée (pas de %).
Donc, tu peux les remplacer par <> ou = selon le cas. Je ne sais pas si ça jouera sur les perfs, mais ça peut...

Surtout, pour améliorer les performances, tu peux remplacer les sous-requêtes par des jointures à gauche. Et là, c'est sûr que ça doit changer les choses .
Pour la première requête, ça donne quelque chose comme :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT * 
FROM fungi2 f
LEFT JOIN fungi2_consensus fc ON f.organism = fc.organism AND fc.linking_consensus = 'Alternaria_alternata'
WHERE  sequence REGEXP 'CACATTG.*GTCGCA' 
AND organism <> 'Alternaria alternata'
AND fc.organism IS NULL

Je n'ai pas testé, mais ça doit à peu près faire la même chose (en plus vite).

ced

[Jasmine80]

Merci pour vos conseils.

Première remarque, l'utilisation du LIKE ne sert ici à rien, puisqu'il n'y a pas de caractère de substitution dans la chaîne comparée (pas de %).
Donc, tu peux les remplacer par <> ou = selon le cas.

J'ai essayé de remplacer par = mais cela provoque une erreur de syntaxe, ce qui est étrange car je l'ai dégà utilisé auparavant sans problème dans des requêtes plus simples.

Je voudrais récupérer dans ma table fungi2 les séquences reconnues par l'expression régulière mais dont l'organisme n'est ni Alternata alternaria ni un des organismes de fungi2_consensus lié à Alternaria alternata.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT * 
FROM fungi2 f
LEFT JOIN fungi2_consensus fc ON f.organism = fc.organism AND fc.linking_consensus = 'Alternaria_alternata'
WHERE  sequence REGEXP 'ACATTG.*GTCGCA' 
AND organism <> 'Alternaria alternata'
AND fc.organism IS NULL

Si j'ai bien compris, on lie les organismes de f et fc pour lesquels fc.linking_consensus est 'Alternaria alternata'.
Ensuite on recherche les séquences contenant la REGEXP, dont l'organisme n'est pas Alternaria alternata et pour lesquels fc.organism est NULL, ce qui signifie donc qu'il n'a pas été pris en compte dans le JOIN.
... MySQL rame et n'affiche rien. L'organisme n'est pas unique à chaque entrée, je suppose donc que MySQL s'enmelle les pinceaux.

Si je lie sur l'id au lieu de l'organisme

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT * 
FROM fungi2 f
LEFT JOIN fungi2_consensus fc ON f.id = fc.id AND fc.linking_consensus = 'Alternaria_alternata'
WHERE  f.sequence LIKE '%ACATTG%GTCGCA%' 
AND f.organism <> 'Alternaria alternata'
AND fc.id IS NULL

cela rame également ... il tourne pendant 10 minutes puis affiche une page toute blanche.

WHERE sequence REGEXP 'CACATTG.*GTCGCA'
WHERE sequence LIKE '%CACATTG%GTCGCA%'

C'est vrai que le LIKE devrait être plus rapide.

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT * FROM fungi2 
WHERE  sequence REGEXP 'ACATTG.*GTCGCA' 
AND organism NOT IN (SELECT DISTINCT(organism) FROM fungi2_consensus WHERE linking_consensus = 'Alternaria_alternata') 
AND organism NOT LIKE 'Alternaria alternata'

528 entrées (traitement: 2.7611 sec)


Optimisation 1 de la requête

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT * FROM fungi2 
WHERE  sequence LIKE '%ACATTG%GTCGCA%' 
AND organism NOT IN (SELECT DISTINCT(organism) FROM fungi2_consensus WHERE linking_consensus = 'Alternaria_alternata') 
AND organism NOT LIKE 'Alternaria alternata'

528 entrées (traitement: 0.1863 sec)


Optimisation 2 de la requête

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT * FROM fungi2 f 
LEFT JOIN fungi2_consensus fc ON f.id = fc.id AND fc.linking_consensus = 'Alternaria_alternata'
WHERE  sequence LIKE '%ACATTG%GTCGCA%' 
AND f.organism NOT LIKE 'Alternaria_alternata' 
AND  fc.id IS NULL

528 entrées (0,1210 sec)


Ce qui ne fonctionnait pas, c'était d'essayer d'utiliser != ou <> au lieu de NOT LIKE. Merci pour vos conseils.

[Jasmine80]

Si j'utilise != ou <> dans une requête, MySQL cherche pendant longtemps puis affiche un écran blanc. Par contre, la même requête exécutée via un programme et donc sans passer par l'interface graphique fonctionne sans le moindre problème.

[Antoun]

Quelle est donc cette terrible interface graphique ?