Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# REGEXP
# $1 =>  $for_length_e5 nucléotides, suivi du motif $for_e3
# $2 =>  motif $rev_e3 suivi de $rev_length_e5 nucléotides
$row[2] =~ /([A-Z]{0,$for_length_e5})$for_e3.*$rev_e3([A-Z]{0,$rev_length_e5})/

Je récupère 2 valeurs que je dois analyser en couple. L'ennui est que je peux avoir plusieurs fois ce couple le long de $row[2].

si j'utilise

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if(my @list = ($row[2] =~ /([A-Z]{0,$for_length_e5})$for_e3.*$rev_e3([A-Z]{0,$rev_length_e5})/g)){
    # traitement couple par couple
}

Tous mes couples se suivent et je dois les extraire 1 à 1.


Ou alors, je ne récupère qu'une valeur mais je dois alors ensuite la découper en 2 ... ce qui est stupide, car je refais deux fois le même travail.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	if (my @list = ($row[2] =~ /([A-Z]{0,$for_length_e5}$for_e3.*$rev_e3[A-Z]{0,$rev_length_e5})/)){
 
		foreach my $db_seq (@list){ 
			my ($db_seq_for, $db_seq_rev) = ($db_seq =~ /([A-Z]{0,$for_length_e5})$for_e3.*$rev_e3([A-Z]{0,$rev_length_e5})/);
			...

Quelle est la meilleure façon de procéder? Merci.

[Jasmine80]

J'ai trouvé la solution. Je vais utiliser un while au lieu du if

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

while($row[2] =~ /([A-Z]{0,$for_length_e5})$for_e3.*?$rev_e3([A-Z]{0,$rev_length_e5})/g){