Discussion :

[Jasmine80]

Voici mon script. J'aimerais savoir si il y a moyen de directement récupérer le résultat de la commande system() dans une variable sans passer par un fichier?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use FileHandle;
 
 
 
# données pour primer3_core.exe
my $data = 'PRIMER_SEQUENCE_ID=example
SEQUENCE=GTAGTCAGTAGACNATGACNACTGACGATGCAGACNACACACACACACACAGCACACAGGTATTAGTGGGCCATTCGATCCCGACCCAAATCGATAGCTACGATGACG
TARGET=37,21
PRIMER_OPT_SIZE=18
PRIMER_MIN_SIZE=15
PRIMER_MAX_SIZE=21
PRIMER_NUM_NS_ACCEPTED=1
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=75-100
PRIMER_FILE_FLAG=1
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_EXCLUDED_REGION=37,21
PRIMER_EXPLAIN_FLAG=1
=
';
 
# création du fichier contenant les données
my $data_fh = FileHandle->new('>P:/Files/primer3_data.txt');
print $data_fh $data;
close $data_fh;
 
# passage du fichier contenant les données et création du fichier contenant le résultat
system('"C:/Program Files/primer3/bin/primer3_core.exe" < P:/Files/primer3_data.txt > P:/Files/primer3_result.txt') and print $!;
 
# récupération du résultat dans une variable
my $result_file = 'P:/Files/primer3_result.txt';
my $result = do {
  local $/;
  open my($file), '<', $result_file or die "Can't open $result_file : $!\n";
  <$file>
};
 
 
# destruction du fichier contenant les données
unlink('P:/Files/primer3_data.txt');
# destruction du fichier contenant le résultat
unlink('P:/Files/primer3_result.txt');
 
 
print $result."\n";

Merci pour votre aide,

[djibril]

Dans ce cas, fais ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $Resultat = `"C:/Program Files/primer3/bin/primer3_core.exe" < P:/Files/primer3_data.txt > P:/Files/primer3_result.txt'`;

[Jasmine80]

Dans ce cas, fais ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $Resultat = `"C:/Program Files/primer3/bin/primer3_core.exe" < P:/Files/primer3_data.txt > P:/Files/primer3_result.txt'`;

ça ne fonctionne pas ... il ne manque pas quelque chose afin de dire à Perl qu'il doit envoyer ça au système?

Y a pas moyen de dire que STDOUT est une variable?

[danathane]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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system($Resultat);

??? j'ai le lu le poste en vitesse donc si ca se trouve je dis n'importe quoi

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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system($Resultat);

??? j'ai le lu le poste en vitesse donc si ca se trouve je dis n'importe quoi

Non, j'ai aussi essayé, ça ne va pas.

[djibril]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $Resultat = `"C:/Program Files/primer3/bin/primer3_core.exe" < "P:/Files/primer3_data.txt" > "P:/Files/primer3_result.txt"`;

[Jasmine80]

Voila, j'ai enlevé le fichier de sortie et les doubles quotes autour du fichier d'entrée et maintenant cela fonctionne.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $Resultat = `"C:/Program Files/primer3/bin/primer3_core.exe" < P:/Files/primer3_data.txt`;

Merci pour votre aide.

[djibril]