Bonjour,


J'aimerais utiliser le module Bio-PrimerDesigner.

http://search.cpan.org/~smckay/Bio-P...merDesigner.pm

DESCRIPTION

Bio-PrimerDesigner provides a low-level interface to the primer3 and epcr binary executables and supplies methods to return the results. Because primer3 and e-PCR are only available for Unix-like operating systems, Bio-PrimerDesigner offers the ability to accessing the primer3 binary via a remote server. Local installations of primer3 or e-PCR on Unix hosts are also supported.
Néanmoins, en allant sur le site de Primer3, j'ai vu qu'il était disponible pour Windows XP. Je l'ai donc téléchargé et l'exécutable se trouve dans C:\Program Files\primer3\bin\primer3_core.exe

J'ai ensuite installé le module Bio-PrimerDesigner qui était disponible via l'interface tk de ppm ... n'est-ce pas la preuve qu'il est sensé fonctionner sous Windows?

Lorsque j'exécute le script suivant
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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#usr/perl/bin/
 
use warnings;
use strict;
 
use Bio::PrimerDesigner;
 
 
 
my $pd = Bio::PrimerDesigner->new;
 
#
# Define the DNA sequence, etc.
#
my $dna   = "CGTGCTTCGC";
my $seqID = "sequence 1";
 
#
# Define design parameters (input aliases)	# native primer3 syntax
#
my %params = ( 
	num                 => 2,		# PRIMER_NUM_RETURN
	id                  => $seqID,		# PRIMER_SEQUENCE_ID
	seq                 => $dna,		# SEQUENCE
	sizerange           => '500-600'	# PRIMER_PRODUCT_SIZE
);
 
 
 
#
# Design primers
#
my $results = $pd->design( %params ) or die $pd->error;
 
 
# Can't execute local binary '/usr/local/bin/primer3' at test.pl line 33.
J'obtiens l'erreur
Can't execute local binary '/usr/local/bin/primer3' at test.pl line 33.
Il y a donc un problème à la dernière ligne du script quand Perl essaie de trouver l'exécutable ... est-ce un problème de nom? Mon exécutable se nomme primer3_core.exe et Perl semble attendre un primer3.exe.
Est-ce un problème de localisation? Tous les sous-répertoires 'bin' situés dans 'Program Files' sont-ils répertoriés dans /usr/local/bin/?
Comment cela fonctionne-t'il?


Merci,