Bonjour,
J'aimerais utiliser le module Bio-PrimerDesigner.
http://search.cpan.org/~smckay/Bio-P...merDesigner.pm
Néanmoins, en allant sur le site de Primer3, j'ai vu qu'il était disponible pour Windows XP. Je l'ai donc téléchargé et l'exécutable se trouve dans C:\Program Files\primer3\bin\primer3_core.exeDESCRIPTION
Bio-PrimerDesigner provides a low-level interface to the primer3 and epcr binary executables and supplies methods to return the results. Because primer3 and e-PCR are only available for Unix-like operating systems, Bio-PrimerDesigner offers the ability to accessing the primer3 binary via a remote server. Local installations of primer3 or e-PCR on Unix hosts are also supported.
J'ai ensuite installé le module Bio-PrimerDesigner qui était disponible via l'interface tk de ppm ... n'est-ce pas la preuve qu'il est sensé fonctionner sous Windows?
Lorsque j'exécute le script suivant
J'obtiens l'erreur
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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36 #usr/perl/bin/ use warnings; use strict; use Bio::PrimerDesigner; my $pd = Bio::PrimerDesigner->new; # # Define the DNA sequence, etc. # my $dna = "CGTGCTTCGC"; my $seqID = "sequence 1"; # # Define design parameters (input aliases) # native primer3 syntax # my %params = ( num => 2, # PRIMER_NUM_RETURN id => $seqID, # PRIMER_SEQUENCE_ID seq => $dna, # SEQUENCE sizerange => '500-600' # PRIMER_PRODUCT_SIZE ); # # Design primers # my $results = $pd->design( %params ) or die $pd->error; # Can't execute local binary '/usr/local/bin/primer3' at test.pl line 33.
Il y a donc un problème à la dernière ligne du script quand Perl essaie de trouver l'exécutable ... est-ce un problème de nom? Mon exécutable se nomme primer3_core.exe et Perl semble attendre un primer3.exe.Can't execute local binary '/usr/local/bin/primer3' at test.pl line 33.
Est-ce un problème de localisation? Tous les sous-répertoires 'bin' situés dans 'Program Files' sont-ils répertoriés dans /usr/local/bin/?
Comment cela fonctionne-t'il?
Merci,
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