Discussion :

[jobim08]

Bonjour à tous et toutes,

Avez vous utilisé module Blast sous perl? J'ai d'un fichier (fasta) qui contient une centaine de séquences et je veux faire blast avec perl? Avez vous une idée pour lancer le programme Blast sous perl? Est-ce que vous avez également le script?

Merci d'avance pour votre aide!
Jobim

[Jasmine80]

Pour récupérer tes séquences utilise le module Bio::SeqIO
http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.4/Bio/SeqIO.pm

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $in_tot  = Bio::SeqIO->new(-file => "chemin/infile.fsa" , '-format' => 'Fasta');
 
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
   my $sequence = $seq->primary_id ;
   my $identifiant = $seq->seq;
}

Tu veux donc faire un blast en ligne par séquence?
Bio::Tools::Run::RemoteBlast - Object for remote execution of the NCBI Blast via HTTP
http://search.cpan.org/~birney/biope...RemoteBlast.pm

Je l'ai utilisé sous Windows et il fonctionne très bien.