Discussion :

[Jasmine80]

J'ai une série de noms de fichiers que j'aimerais afficher par ordre du numéro commençant chaque nom.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
 
 
my @fasta_files = qw [
	38_ATGTGTCGTGCGTTTATGCC_GTGTCGTAATGTCGTATGCGTA_456.fsa
	39_TTGTCGTGAATATACTGTCTATGGTAC_TTGCCAGAGGATGTGCCGTT_818.fsa
	6_TTGCGTTAACGGTGGCGCTC_TGTCATGTCACTGTCGAT_1397.fsa
	93_GGCGTGATACAGAGGGGTCA_TCTCATATGCGTGTCATACTCCTGT_912.fsa
];
 
my %h_cles;
my $organisme  = 'Escherichia_coli';
 
 
# Schwartzian Transform
my @out = sort {
	$a =~ /^(\d+)_/;
	$b =~ /^(\d+)_/;
	$a <=> $b;
} @fasta_files;
 
foreach my $file (@out){
	if($file =~ /(\d+)_([A-Z]+_[A-Z]+)_\d+/){
		$h_cles{$1."_".$organisme}= $2;
		print "\t\'".$1."_".$organisme."\' => \'".$2."\',\n";
	}
}

... il me semble qu'il existe une façon plus simple de procéder, mais je ne me souviens plus laquelle Pourriez-vous m'aider?


Merci,

[Jedai]

Je ne dirais pas "plus simple", mais plus efficace (probablement) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @out = map { $_->[1] } 
  sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
  map { /^(\d+)_/; [ $1, $_ ] } @fasta_files;

Mais en fait, si tu désactives le warning numérique, tu peux faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my @out = do { no warnings "numeric"; sort { $a <=> $b } @fasta_files };

Remarque que c'est exactement ce que tu faisais (sauf que tu extrayais le nombre mais tu ne l'utilisais pas) mais tu avais probablement des warnings, non ?

--
Jedaï

[Jasmine80]

mais tu avais probablement des warnings, non ?

Oui, tout à fait. Je vais utiliser ta seconde proposition avec le no warnings.

Je ne comprends pas la première

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @out = map { $_->[1] } 
  sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
  map { /^(\d+)_/; [ $1, $_ ] } @fasta_files;

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

map { /^(\d+)_/; [ $1, $_ ] } @fasta_files

Le $1 contient le chiffre récupéré et $_ la valeur entière du nom de fichier.
que fait [ $1, $_ ] ? Il récupère le chiffre qu'il associe au nom dans un array anonyme.

Ensuite on fait un tri numérique

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sort { $a->[0] <=> $b->[0] }

$a et $b se rapporte donc au $1 précédent vu l'indice [0]

Mais que fait ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

map { $_->[1] }

Met-il dans @out le tri récupéré? $_->[1]
car dans map { /^(\d+)_/; [ $1, $_ ] }, $1 correspond à $_->[0] et $_ à $_->[1]
Comment ce map équivaut-il à un puch @out?



Merci beaucoup pour ton aide

[Jasmine80]

j'ai un problème étrange

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @out = do { no warnings "numeric"; sort { $a <=> $b } @fasta_files };  
 
 
foreach my $file (@out){
	if($file =~ /(\d+)_([A-Z]+_[A-Z]+)_\d+/){
		$h_cles{$1."_".$organisme}= $2;
		print "\t\'".$1."_".$organisme."\' => \'".$2."\',\n";
	}
}

Ce code fonctionne parfaitement si je lui donne 'manuellement' l'array @fasta_files.

Par contre si je récupère @fasta_files via un readdir ... le tri ne se fait plus correctement !!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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		opendir(DIR, $rep);
		my @fasta_files = grep { !/^\.\.?$/ } readdir(DIR);
		closedir(DIR);
 
		my @out = do { no warnings "numeric"; sort { $a <=> $b } @fasta_files };  
 
 
		foreach my $file (@out){
			if($file =~ /(\d+)_([A-Z]+_[A-Z]+)_\d+/){
				$h_cles{$1."_".$organisme}= $2;
				print "\t\'".$1."_".$organisme."\' => \'".$2."\',\n";
			}
		}

Comment est-ce possible?

Parce que si je fais dans ce code précédent un map{"$_\n"} @fasta_files ... en ayant récupérer les données via readdir, puis que je crée manuellement l'array @fasta_files par un qw[copier-coller], je réexécute le code et il fonctionne ... le tri est bien numérique.


Merci beaucoup,