Discussion :

[aline70]

Bonjour,
je voulais savoir comment on peut récupérer dans un fichier de sortie le pourcentage de similitude entre deux séquences de protéines avec le programme ClustalW2 téléchargé à l'adresse suivante : http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html .
Est-ce que quelqu'un pourrait m'indiquer quel choix (avec les commandes en chiffre) prendre dans le menu pour obtenir le score?
Merci beaucoup.
Aline70

[MaliciaR]

Salut et bienvenue

J'ai une question : pourquoi choisir un logiciel d'alignement multiple pour faire l'alignement de 2 séquences? De même, on ne peut absolument pas te dire quelles valeurs mettre : ça dépend de la question que tu poses au départ
Si tu veux, donne-nous un peu plus d'infos et on essayera de t'aider au mieux.

[aline70]

Merci de m'avoir répondu et de vouloir m'aider...En faite je voudrais obtenir le pourcentage de similitude entre deux séquences protéiques dans un fichier multifasta. Pour cela je pensais utiliser ClustalW2 car apparemment ce logiciel peut effectuer un alignement seulement avec deux séquences...Le seul problème c'est que j'ai pas trouvé comment il le fait!!
En gros j ai un fichier fasta de la sorte :

>prot1 | taille1
AFPKLRGSWAALLMMTTTAT
RGSWAAGGSWAWAWAMTG
>prot2 | taille2
AFPKLRSWAALLMTTTTATT
GSWAGGSWAWAWWWMM

ClustalW2 doit pouvoir me prendre ce fichier et me faire l'alignement des deux séquences et donc ensuite j aimerai qu'il me donne un fichier où je puisse récupérer le score entre ces deux séquences. Car c'est ce score que j'ai besoin par la suite...
Voila j'espère que c'est plus clair...Encore merci pour l'aide!!
Aline70

[MaliciaR]

Salut,

Merci de m'avoir répondu et de vouloir m'aider...En faite je voudrais obtenir le pourcentage de similitude entre deux séquences protéiques dans un fichier multifasta.

J'ai compris ce que tu recherchais En revanche, le fichier multifasta, j'connais pas Tu veux dire que tu vas donner au logiciel des séquences au format fasta et tu voudras une sortie contenant les scores.

Pour cela je pensais utiliser ClustalW2 car apparemment ce logiciel peut effectuer un alignement seulement avec deux séquences...Le seul problème c'est que j'ai pas trouvé comment il le fait!!
En gros j ai un fichier fasta de la sorte :

>prot1 | taille1
AFPKLRGSWAALLMMTTTAT
RGSWAAGGSWAWAWAMTG
>prot2 | taille2
AFPKLRSWAALLMTTTTATT
GSWAGGSWAWAWWWMM

Donc, ClustalW2 est un logiciel d'alignement multiple, càd de plus de 2 séquences. Si tu veux faire de l'alignement de 2 séquences, tu peux utiliser bl2seq (c'est un algo de NCBI) ou needle. Le truc est que tu dois utiliser le logiciel selon la question que tu poses. En fait, BLAST fait de l'alignement local (il trouve les meilleures correspondances localement) alors que needle fait de l'alignement global (cherche à trouver comment faire correspondre les deux séquences sur leur totalité). ClustalW fait de l'alignement global aussi. C'est à prendre en compte pour savoir si c'est approprié à ce que tu cherches Tu peux l'utiliser pour un alignement de 2 séquences, mais si tu considères que son algo y est adapté.
Alors, tu as des endroits pour rentrer tes séquences. Tu les rentres dans le format FASTA (comme tu les as indiquées ici) et ensuite, tu ajustes les fameux critères.

ClustalW2 doit pouvoir me prendre ce fichier et me faire l'alignement des deux séquences et donc ensuite j aimerai qu'il me donne un fichier où je puisse récupérer le score entre ces deux séquences. Car c'est ce score que j'ai besoin par la suite...
Voila j'espère que c'est plus clair...Encore merci pour l'aide!!
Aline70

Beh quand il aura fini de bosser, il te sort des fichiers de résultats. Si je ne trompe, Clustal sort et un fichier .txt, et un fichier .html, donc y a de quoi faire. Mais attention à ce que tu récupères comme résultats : pense à bien jouer avec les différents paramètres d'alignement et à choisir le bon outil, sinon tu te retrouveras avec un truc pas forcément valable pour ta question biologique.

N'hésite pas si tu as d'autres questions

[Jasmine80]

Coucou,


Pour ce qui est de répondre à ta question

Envoyé par aline70 Voir le message
ClustalW2 doit pouvoir me prendre ce fichier et me faire l'alignement des deux séquences et donc ensuite j aimerai qu'il me donne un fichier où je puisse récupérer le score entre ces deux séquences. Car c'est ce score que j'ai besoin par la suite...

Tu peux dévier la sortie à l'écran dans un fichier texte :
http://www.developpez.net/forums/d57...crire-fichier/

Code :

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
 
 
close STDOUT;
open STDOUT, '>', "P:/Perl/scripts2/Files/test_score.txt"
  or die "...";
 
 
my $file = "P:/Perl/scripts2/Files/test.txt";
my $out_file = "P:/Perl/scripts2/Files/test_ali.fsa";
my @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM',  'outfile' => $out_file,);
 
my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
 
$factory->executable("C:/Clustalw/clustalw2.exe");
my $aln = $factory->align($file);

Voici ce que je j'obtiens avec tes 2 protéines (fichier test_score.txt)

CLUSTAL W 2.0 Multiple Sequence Alignments


Sequence format is Pearson
number of seqs is: 2
Sequence 1: prot1 38 aa
Sequence 2: prot2 36 aa

Start of Pairwise alignments

Aligning...

Sequences (1:2) Aligned. Score: 83
Guide tree file created: [D:\DOCUME~1\Minguet\LOCALS~1\Temp\KYYk5CQ0Ct\55mtbzi9Tb.dnd]

Guide tree file created: [D:\DOCUME~1\Minguet\LOCALS~1\Temp\KYYk5CQ0Ct\55mtbzi9Tb.dnd]
There are 1 groups
Start of Multiple Alignment

Aligning...
Group 1: Sequences: 2 Score:474
Alignment Score -16

Sequences (1:2) Aligned. Score: 83
83 est-il bien le score que tu veux récupérer?

[aline70]

Oui, en faite j'avais réussi à le faire j'ai fais exactement cette méthode car c'est la seule qui m'était venue à l'esprit et comme ça marchait je l'ai laissé comme ça. C'est un peu long car si je fais ça avec un jeu de séquences plus important ça ralenti ...Mais bon ça marche!!!Du coup avec ça j'ai pu récupérer même les deux noms des deux séquences et leur taille donc c'était plutôt sympa!!!et utiliser enfin mes scores
Donc je vous remercie de m'avoir aider ... Merci beaucoup