Discussion :

[chong]

Bonjour !

En fait j'ai un souci pour rendre une séquence entrée par l'utilisateur insensible à la casse lors d'une recherche :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while ( my $seq = $in->next_seq()){
    if($seq->desc=~ /$tag/){
        $garde->write_seq($seq);
    }
    else{
        $keep->write_seq($seq);
    }

j'ai essayé de mettre /$tag/i, m/$tag/i, /(i?)$tag/... rien n'y fait ..
Est-ce à cause du module BioPerl?

J'ai un autre souci concernant l'accession du primary_id, je souhaite le modifier :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while ( my $seq = $in1->next_seq()) {
 
				my $primary_id = $seq->primary_id();
				my $new_primary_id = "$comment".$primary_id;		
				$seq->primary_id($new_primary_id);
 
				$out1->write_seq($seq);		}

Je voudrais rajouter le mot contenu dans $comment à l'identification d'entrée pour obtenir

>gi|22212273|gb|AAM92877.1| type II hair-specific keratin [Homo sapiens]

=>

>mot_gi|22212273|gb|AAM92877.1| type II hair-specific keratin [Homo sapiens]

Merci d'avance à qui pourra m'aider !

[Jasmine80]

Bonjour,

J'ai testé sur un objet de type

$VAR1 = bless( {
'primary_id' => 'gi|22212273|gb|AAM92877.1|',
'primary_seq' => bless( {
'display_id' => 'gi|22212273|gb|AAM92877.1|',
'primary_id' => 'gi|22212273|gb|AAM92877.1|',
'desc' => 'type II hair-specific keratin [Homo sapiens]',
'seq' => 'atgtcgtgtacgtagtaaccgtagtac',
'alphabet' => 'dna'
}, 'Bio:rimarySeq' )
}, 'Bio::Seq' );
gi|22212273|gb|AAM92877.1|

Pour rendre la recherche insensible à la casse, le fonctionne très bien.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    if($seq->desc=~ /$tag/i){
        ...
    }

Pour ce qui est de modifier l'identifiant

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $out = FileHandle->new(">chemin.txt");
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => 'chemin fichier', '-format' => 'Fasta');
my $comment = 'commentaire';
while ( my $seq = $in->next_seq()) {
      print  $out ">".$comment.$seq->primary_id().$seq->desc()."\n".$seq->seq()."\n";
}

Remarque

Les doubles quotes sont inutiles dans ton expression

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $new_primary_id = "$comment".$primary_id;

[chong]

Merci Jasmine !!

En fait pour le i, c'est juste que j'avais regardé dans des fichiers où certaines séquences n'étaient pas bien délimitées (primary_id collé à la desc) du coup il ne le voyait pas... Je pensais que ça venait du i... Merci pour m'avoir orienté dans la bonne direction !

Pour la modif de l'identifiant, ça marche super bien mais une fois dans mon script complet, il y un problème de "IO::Handle bad open mode"... Je vais continuer à chercher d'où ça vient...

Merci pour tes réponses

[Jasmine80]

Tu dois utiliser le module FileHandle

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use FileHandle;
...
my $out = FileHandle->new(">chemin.txt");

ou sinon directement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $out = "test.txt";
open(OUT, ">".$out);	# Ouvre en écriture
print OUT...;
close(OUT);

[chong]

Oui oui j'ai ajouté le module ! Du coup le petit script marche bien seul, mais pas quand je l'intègre à mon application en Tk....
Ma version d'avant avec juste Bio::SeqIO fonctionne bien mais ne donne pas ce que j'attends comme nouvel id ...
Je suis vraiment perdue... Je vois pas d'où ça peut venir, le problème se situe bien à la ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $out = FileHandle->new(">chemin.txt");

même avec le module...

Ou alors ça vient du fait que je laisse l'utilisateur choisir le nom du fichier via Tk, et que je stocke ça dans une variable :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $out = FileHandle->new(-file => ">$NomFinal");

je sais pas....

EDIT

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $out1 = $NomFinal;
		my $in1 = Bio::SeqIO->new(-file => "$Source1", -format => "Fasta");
 
 
		while ( my $seq = $in1->next_seq()) {
 
			open (OUT, ">".$out1)
			print  OUT ">".$seq->primary_id().$seq->desc()."\n".$seq->seq()."\n\n";
 
			print  OUT ">".$comment.$seq->primary_id().$seq->desc()."\n".$seq->seq()."\n\n";
 
			close (OUT);
 
			}

Là il est pas d'accord à cause du > après print OUT, j'ai essayé '>' idem ...

[Jasmine80]

C'est incorrect

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $out = FileHandle->new(-file => ">$NomFinal");

Ecris

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $out = FileHandle->new(">$NomFinal");

Tu devrais vérifier que l'extension du fichier est bien introduite sinon cela ne fonctionnera pas.

Ou alors, tu demandes à l'utilisateur un nom sans extension et tu l'ajoutes

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $out = FileHandle->new(">$NomFinal".'.txt');