Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
my $seq = '..............AGCT...TGT.AAGTCG...TTTT.......';
my ($depart, $fin) = ($seq =~ /^(\.*)[A-Z].*[A-Z](\.*)$/i);
my $index_depart = length($depart);
my $index_fin = length($seq) - length($fin) - 1;
print "$depart => $index_depart\n $fin => $index_fin\n\n";
 
my @array_seq = split ('', $seq);
my $premier_nuc = $array_seq[$index_depart];
my $dernier_nuc = $array_seq[$index_fin];
print "premier nucléotide = $premier_nuc\ndernier nucléotide = $dernier_nuc\n\n";

J'aimerais récupérer la position du premier et du dernier nucléotide de ma séquence. N'y aurait-il pas moyen d'améliorer mon code?
En tenant compte du fait que mes séquences font environ 5000 caractères (points compris), cette façon de procéder est-elle la meilleure?

Je me demandais aussi au niveau temps de calcul de l'expression régulière si je mets [A-Z] le programme va t'il devoir faire 26 tests ou y a-t'il un code spécial dans l'écriture binaire des lettres permettant de directement voir si c'est une lettre? Peut-être est ce mieux que je mette [ATCGN] vu que je sais qu'aucune autre lettre n'est présente dans mes séquences.


Merci pour vos conseils,

[witch]

Bonjour Jasmine

Une notation spéciale "\w" au lieu de [A-Z] sinon?

[Jasmine80]

\w? Penses-tu que c'est mieux? \w teste si le caractère est un caractère alphanumérique ou un underscore, pourquoi serait-ce mieux?

[Jedai]

Tous les tests de classes de caractères sont compilés pour ne prendre qu'une instruction, ne vous inquiétez pas, ils sont très performants.

Quant à la question initiale, j'aurais plutôt fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my ($first_nuc, $last_nuc) = ($seq =~ m/^ \.* ([ATCGN]) .* ([ATCGN]) \.* $/x);
my ($first_pos, $last_pos) = ($-[1], $-[2]);

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Jedaï

[Jasmine80]

Je ne connaissais pas $-[2] et $-[1].
Je vais essayer d'en comprendre le fonctionnement. Merci.

[Jasmine80]

Cela fonctionne très bien merci.
J'ai lu que x permettait de mettre des commentaires et des espaces entre les expressions régulières afin de les rendre plus lisibles
Comment met-on des commentaires à l'intérieur de l'expression régulière?

Merci pour votre aide.