Discussion :

[Mistervanhalen]

Bonjour,

Voila j'ai des milliers de fichier de ce format :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
blabalbal 4.236523 12.56
blaplerel  5.325 5.32
blebelbelbel 4.23666 45.23

et j'aimerais les trier selon la 2eme colonne en ordre decroissant donc :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
blaplerel  5.325 5.32
blebelbelbel 4.23666 45.23
blabalbal 4.236523 12.56

J'ai donc lu le man de sort et tenter la commande:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sort +1nr file

mais ça trie mal j'ai des erreurs de trie dedans je comprends pas pourquoi ?
Avez vous une solution ???


Merci pour votre attention,
Mister

[ripat]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sort -k 2r,2 fichier

[Mistervanhalen]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sort -k 2r,2 fichier

Merci pour ta réponse toutefois, cette commande ne prend pas en compte les nombres négatifs. Existe t il un commande pour tenir compte des négatifs ?

Merci beaucoup en tout cas,

Mister

[ripat]

Oui, avec l'option --numeric sort:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sort -k 2nr,2 ton-fichier

[Mistervanhalen]

Oui, avec l'option --numeric sort:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sort -k 2nr,2 ton-fichier

non ça marche pas


sort -k 2nr,2 1A2K1.sort | head
/tmp/1A2K1_struct/Complex_103g.pdb 5.94647 20.759
/tmp/1A2K1_struct/Complex_10g.pdb 5.65807 16.536
/tmp/1A2K1_struct/Complex_154g.pdb 5.44294 13.562
/tmp/1A2K1_struct/Complex_224g.pdb 5.12877 21.744
/tmp/1A2K1_struct/Complex_241g.pdb 5.85960 19.849
/tmp/1A2K1_struct/Complex_275g.pdb 5.71539 20.362
/tmp/1A2K1_struct/Complex_5g.pdb 5.96212 15.983
/tmp/1A2K1_struct/Complex_700g.pdb 5.06020 16.988
/tmp/1A2K1_struct/Complex_728g.pdb 5.52281 19.407
/tmp/1A2K1_struct/Complex_87g.pdb 5.06673 1.445

La deuxieme colonne n'est pas trier par order décroissant et meme n'est pas tier du tout...
C'est normal ?

Mister

[ripat]

Non, ce n'est pas normal. Voici ce que ça donne chez moi:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
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5
6
7
8
9
10
11
jeanluc@ibm:~/scripts/test$ sort -k 2nr,2 fichier
/tmp/1A2K1_struct/Complex_5g.pdb 5.96212 15.983
/tmp/1A2K1_struct/Complex_103g.pdb 5.94647 20.759
/tmp/1A2K1_struct/Complex_241g.pdb 5.85960 19.849
/tmp/1A2K1_struct/Complex_275g.pdb 5.71539 20.362
/tmp/1A2K1_struct/Complex_10g.pdb 5.65807 16.536
/tmp/1A2K1_struct/Complex_728g.pdb 5.52281 19.407
/tmp/1A2K1_struct/Complex_154g.pdb 5.44294 13.562
/tmp/1A2K1_struct/Complex_224g.pdb 5.12877 21.744
/tmp/1A2K1_struct/Complex_87g.pdb 5.06673 1.445
/tmp/1A2K1_struct/Complex_700g.pdb 5.06020 16.988

Version sort: sort (GNU coreutils) 5.97

[Mistervanhalen]

Non, ce n'est pas normal. Voici ce que ça donne chez moi:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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10
11
jeanluc@ibm:~/scripts/test$ sort -k 2nr,2 fichier
/tmp/1A2K1_struct/Complex_5g.pdb 5.96212 15.983
/tmp/1A2K1_struct/Complex_103g.pdb 5.94647 20.759
/tmp/1A2K1_struct/Complex_241g.pdb 5.85960 19.849
/tmp/1A2K1_struct/Complex_275g.pdb 5.71539 20.362
/tmp/1A2K1_struct/Complex_10g.pdb 5.65807 16.536
/tmp/1A2K1_struct/Complex_728g.pdb 5.52281 19.407
/tmp/1A2K1_struct/Complex_154g.pdb 5.44294 13.562
/tmp/1A2K1_struct/Complex_224g.pdb 5.12877 21.744
/tmp/1A2K1_struct/Complex_87g.pdb 5.06673 1.445
/tmp/1A2K1_struct/Complex_700g.pdb 5.06020 16.988

Version sort: sort (GNU coreutils) 5.97

Bin mince alors pourtant j'ai une version récente :
COPYRIGHT
Copyright © 2008 Free Software Foundation, Inc. License GPLv3+: GNU
GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>
This is free software: you are free to change and redistribute it.
There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.
GNU coreutils 6.9.92.4-f088d-dirtJanuary 2008

Comment je peux faire ? J'ai testé sur ma machine avec une debian Lenny et sur mon lieux de travail avec une RedHat et j'ai exactement la meme chose... Existe t il une alternative ? Est ce que la taille des fichiers peut impliquer ce genre d'erreur car ce sont de fichiers de 10 000 lignes ?

Mister

[pschmidtke]

c'est un soucis de . ou , certainement. Tu dois avoir un Linux français, et un sort français qui ne reconnait pas les chiffres avec un . en tant que chiffre ! Remplace les . par des, et teste de nouveau.

[ripat]

ou bien force la locale sur C:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$ LC_ALL=C sort -k 2nr,2 fichier

[Mistervanhalen]

C'était bien une histoire de version française qui ne prend pas en compte les points mais les virgules.

J'ai procédé à un query replace du coup. Je note ta commande ripat pour tester.


Merci beaucoup en cas pour votre aide !!!


Mister