Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

Lorsque j'essaie d'effectuer une mise à jour via l'interface Tk, celle-ci commence bien mais s'arrête et affiche un message d'erreur pour me dire qu'un fichier a déjà été installé auparavant. Pourriez-vous m'expliquer comment y remédier?

Installing package failed

ERROR: File conflict for 'C:/Perl/html/site/lib/Bio/Factory/EMBOSS.html'.
The package bioperl-run has already installed a file that package bioperl
wants to install.

Dans ce cas-ci, il s'agit de bioperl. Il y a également autre chose que je ne comprends pas. Ce package est indiqué comme non mis à jour (avec une petite étoile verte), pourtant la version installée est la 1.4 et celle proposée pour la mise à jour, la 1.2.3.




Merci

[djibril]

tu as une vielle version de bioperl.
Desinstaller les tous (les bioperl) et ensuite install la 1.5.2_100

[Jasmine80]

Je viens d'enlever le bioperl. J'ai déjà un package nommé bioperl-run version 1.5.2_100 est-ce la même chose qui faisait double emploi?
Pour enlever tous les autres bioperl, si il y en a, dois-je passer par le ppm dans le shell? Dans mon interface Tk, j'ai aussi bundle-bioperl-core et bundle-bioperl-run


Merci pour votre aide,

[djibril]

A ta place, je desintallerais via la fenetre de ppm :
- bioperl
- bioperl-db
- bioperl-gui
- bioperl-run
- bioperl-network

Une fois que tout est desinstallé, tu installes bioperl 1.5_2.100 et les autres de même version si tu en as besoin. Mais normalement bioperl devrait te suffire.

En tout cas, c'est ainsi sur ma machine.

Voilà

[Jasmine80]

J'ai trouvé bioperl 1.5_2.102 sur le CPAN, je vais essayer de l'installer via le shell.

Merci pour les conseils,

[djibril]

comment ça sur le CPAN? tu n'a pas le repository de bioperl?
Si non, dis le moi et je te le donne