Discussion :

[Inf0phile]

Bonsoir,

Je possède un tableau de caractères qui représente une séquence d'ADN, par exemple u=GTAGCTAACA. On dira que v est une sous séquence de u si par exemple v=GTAC car u=GTAGCTAACA. Autrement dit on retrouve la séquence v dans u en conservant l'ordre des lettres.

On veut alors écrire une Fonction EstSousSeq qui teste si la séquence v de longueur m est sous-séquence de u de longueur n.

Voilà mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Program genome;
 
uses dos,crt;
 
Type Seq=array[1..20] of char;
 
Procedure EstSousSeq(n,m:integer; var u,v : Seq)
 
var i,j:integer;
 
begin
 
for i:=1 to m do
 
    begin
    j:=i;
    while v[i]<>u[j] do j:=j+1;
    if j<>n then write(u[j]) else write('v n est pas une sous séquence de u');
    end;
 
end;
 
begin
 
end.

En compilant j'obtiens une erreur "Expected but VAR found" à la ligne "var i,j:integer;". Par ailleurs j'aimerai savoir si la structure de mon algorithme est bonne car je n'ai pas su utiliser une fonction (qui renverrait je suppose un booleen).

Merci beaucoup !

[droggo]

Fio,

Il manque un ; (point-virgule) sur la ligne définissant l'en-tête de la procédure

Procedure EstSousSeq(n,m:integer; var u,v : Seq);

[Inf0phile]

Bonsoir

Effectivement l'erreur venait de là merci ! Cela dit mon programme n'est pas opérationnel... une idée ?

[Inf0phile]

S'iouplait

[droggo]

Dio,

Bonsoir

Effectivement l'erreur venait de là merci ! Cela dit mon programme n'est pas opérationnel... une idée ?

Ben, si le code est celui posté plus haut + correction, il ne va pas faire grand chose, puisque tu ne lui donne rien à faire.

[Inf0phile]

Bonsoir,

J'ai deux problèmes : le premier c'est que je ne sais même pas si ma procédure permet effectivement de vérifier si v est une sous-séquence de u ; et le deuxième c'est que je ne sais pas générer une liste de caractère aléatoirement, ou même demander à l'utilisateur de les rentrer lui-même pour pouvoir lui appliquer la procédure.

Excusez moi je débute en Pascal

Merci pour vos réponses !

[droggo]

Fio,

Bonsoir,

J'ai deux problèmes : le premier c'est que je ne sais même pas si ma procédure permet effectivement de vérifier si v est une sous-séquence de u ; et le deuxième c'est que je ne sais pas générer une liste de caractère aléatoirement, ou même demander à l'utilisateur de les rentrer lui-même pour pouvoir lui appliquer la procédure.

Excusez moi je débute en Pascal

Merci pour vos réponses !

Alors, il faut apprendre les bases.

[droggo]

Gie,

Bonsoir,

Je possède un tableau de caractères qui représente une séquence d'ADN, par exemple u=GTAGCTAACA. On dira que v est une sous séquence de u si par exemple v=GTAC car u=GTAGCTAACA. Autrement dit on retrouve la séquence v dans u en conservant l'ordre des lettres.

Dans ton message, je vois que tu sembles accepter qu'on peut rechercher la séquence même s'il y a un nucléotide qui s'y insère.

Est-ce volontaire ou une erreur ?

Si c'est volontaire, quelles sont les limites des insertions acceptées (une insertion de 1 ou plusieurs nucléotides, plusieurs insertions de 1 ou plusieurs nucléotides) ?

L'algorithme va évidemment dépendre de ces valeurs.

[Loceka]

Pour faire de l'aléatoire, il faut utiliser la fonction random, que l'on initialise avec randomize (voir la FAQ).

Le résultat te donnant un entier (si tu affectes le résultat d'un random à un entier), il faut que tu fasses toi-même le lien avec les caractères. Tu peux par exemple utiliser un tableau de 4 cases contenant tes caractères et l'entier que tu tires correspondra à un index du tableau.

Pour les interactions avec l'utilisateur, le plus simple est d'utiliser la fonction readln. Exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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program interaction;
uses crt;
 
var
  s : string;
begin
  writeln("tapez quelque chose au clavier.");
  readln(s);
  write("vous avez ecrit : ",s);
end.

Après tu peux faire des boucles sur les entrées/sorties pour répéter un traitement.

[Inf0phile]

Bonjour à tous, et merci pour vos réponses !

droggo > Oui on peut insérer des bases entre, on dit que v est une sous séquence de u si on retrouve les bases qui composent v dans u avec le même ordre.

Du coup il me semble que la fonction d'Alcatiz ne colle pas à cette définition non ? J'ai l'impression en le lisant qu'on aurait une sous séquence uniquement si on retrouve v dans u tel quel. En tout cas je le remercie pour l'effort et je vais tâcher de tenir compte de ses conseils !

Et merci aussi à Loceka je vais me renseigner sur cette fonction random.

[droggo]

Voi,

droggo > Oui on peut insérer des bases entre, on dit que v est une sous séquence de u si on retrouve les bases qui composent v dans u avec le même ordre.

Mais il doit bien y avoir une limite sur les insertions admises, sinon, si la séquence est assez longue, on a de bonnes chances de retrouver une sous-séquence de longueur notablement inférieure.

[Inf0phile]

Je ne comprends pas bien, un exemple sera peut-être plus parlant :

u = GACTGATTCGT et v = GGACT

On a bien v qui est une sous-séquence de u car on retrouve ces lettres dans le même ordre à l'intérieur de u :

u = GACTGATTCGT

Et on n'a pas obligatoirement unicité de la sous-séquence dans u.

Et en lisant la fonction d'Alcatiz j'ai l'impression qu'elle tente de retrouver le "bloc" GGACT dans u, c'est le cas ?

Merci beaucoup !