Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
# As a first step, you have to generate a Bio::Grep database out of your Fasta file in which you want to search.
# A Bio::Grep database consists of a couple of files and allows you to retrieve informations about the database
# as well as to perform queries as fast and memory efficient as possible. You have to do this only once for every file.
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::Grep;
use Win32::Symlink;
 
 
my $sbe = Bio::Grep->new('Vmatch');
# define the location of the suffix arrays
$sbe->settings->datapath('P:/Perl/scripts2/Files/BioGrep_DB/');
 
mkdir($sbe->settings->datapath); 
 
# now generate a suffix array. you have to do this only once.
# generate a Bio::Grep database out of your Fasta file in which you want to search
$sbe->generate_database({
        file => 'P:/Perl/scripts2/Files/mycoplasma2.cdna',
        description => 'mycoplasma_sequences',
});

Error setting junction for \??\P:\Perl\scripts2\Files\mycoplasma2.cdna: Accès refusé.


------------- EXCEPTION Bio::Root::IOException -------------
MSG: Can't symlink P:/Perl/scripts2/Files/mycoplasma2.cdna to P:\Perl\scripts2\Files\BioGrep_DB\mycoplasma2.cdna
STACK Bio::Grep::Backend::BackendI::_copy_fasta_file_and_create_nfo C:/Perl/site/lib/Bio/Grep/Backend/BackendI.pm:450
STACK Bio::Grep::Backend::BackendI::_prepare_generate_database C:/Perl/site/lib/Bio/Grep/Backend/BackendI.pm:779
STACK Bio::Grep::Backend::Vmatch::generate_database C:/Perl/site/lib/Bio/Grep/Backend/Vmatch.pm:164
STACK toplevel Bio_Grep_DB.pl:40

------------------------------------------------------------

Je ne comprends pas pourquoi l'accès au fichier est refusé. Comment puis-je avoir plus d'informations sur la cause du refus?

Win32Symlink ne fonctionne que sur les systèmes de fichiers NTFS et c'est bien le système que mon WindowsXP utilise.


Merci pour votre aide,

[Jasmine80]

symlink(OLDFILE,NEWFILE)
Creates a new filename symbolically linked to the old filename. Returns 1 for success, 0 otherwise. On systems that don't support symbolic links, produces a fatal error at run time. To check for that, use eval:

$symlink_exists = (eval 'symlink("","");', $@ eq '');

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $symlink_exists = (eval 'symlink("P:/Perl/scripts2/Files/mycoplasma2.cdna","P:/Perl/scripts2/Files/mycoplasma2.txt");', $@ eq '');

Me retourne la même erreur .

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $mode = (stat('P:/Perl/scripts2/Files/mycoplasma2.cdna'))[2];
print "mode : $mode\n";

[2] mode file mode (type and permissions)

mode : 33206

Où puis-je trouver la signification de cette valeur?


Merci,

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if (-r 'P:/Perl/scripts2/Files/mycoplasma2.cdna'){
	print "file is readable\n";
}
 
if (-w 'P:/Perl/scripts2/Files/mycoplasma2.cdna'){
	print "file is writable\n";
}

Je passe pourtant bien dans ces 2 boucles ...
Personne n'a d'idée sur la cause du refus d'accès?


Merci,

[djibril]

33206 => permission 666

[Jasmine80]

33206 => permission 666

Merci Djibril.

This is why it is common to set a script's permissions to 755 (which allows other users to read and execute the file) and its data-files to 666 (which allows them to read and write to the file)

Cela ne fait que confirmer les tests -r et -w

[djibril]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $mode = "33206";
print substr( sprintf("%o", $mode), 3);

=> 666

[Jasmine80]

Merci pour ce truc.


J'ai lu qu'un lien symbolique d'un fichier garde les droits du fichier d'origine ... pourquoi donc devrait-il être plus que -w et -r?

Error setting junction for \??\P:\Perl\scripts2\Files\mycoplasma2.cdna: Accès refusé.

Pourquoi y a-t-il des points d'interrogation et pourquoi un mélange d'anglais et de français dans ce message?

La suite du message est également étrange

MSG: Can't symlink P:/Perl/scripts2/Files/mycoplasma2.cdna to P:\Perl\scripts2\Files\BioGrep_DB\mycoplasma2.cdna

Pourquoi créer un symlink avec l'extension .cdna au lieu de .lnk

Merci,