Discussion :

[vinzzzz]

Hello,

J'ai cette superbe erreur qui apparait lors de l'execution de mon programme. Voici le bout de code a prioris concerné (réduit au minimum vital):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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int add_list_data(char *str_list_file, s_params *par) 
{
	FILE *f;
	int n,
	     nread = 0,
	     status ;
 
	char buf[150],
		apobuf[10],
		ligbuf[50],
		complexbuf[50];
 
	f = fopen(str_list_file, "r") ;
	if(f) {
		while(fgets(buf, 150, f)) {
			n = par->nfiles ;
			status = sscanf(buf, "%s %s %s", apobuf, complexbuf, ligbuf) ;
 
			if(status == 3) {
				nread += add_prot(apobuf, complexbuf, ligbuf, par) ;
			}
		}
	}
 
        // FLAG
	return(nread) ;
}

Voila en gros, le code s'arrete au FLAG, dans le sens ou je fait un printf avant le return ca fonctionne, mais dés que je retourne dans ma fonction appelante ca plante. Il termine donc correctement tout ce qu'il y a avant (a prioris).

En enlevant le sscanf, plus aucun problème. J'en ai déduit que ca venait donc du sscanf. Or je ne comprends pas pourquoi: tous mes buffers sont largements assez grands pour contenir mes diverses lectures (fichiers et colonnes). Bref je n'ai aucun problème, en théorie, de dépassement: Mon fichier de test contiens trois lignes ayant trois colonnes de chacunes exactement 5 caractères).

Voila si quelqu'un a une idée...
Merci d'avance

[|PaRa-BoL]

tous mes buffers sont largements assez grands

N'oublie pas que pour chaque buffer le \0 final est rajouté.

[acx01b]

salut

peut-être qu'on pourrait t'aider si tu postais le code en entier ?

[vinzzzz]

Ben le code en entier serait bien trop énorme...

Par ailleurs je sais bien que le \0 y est ajouté. D'ailleurs, j'affiche a la fin de la fonction (juste avant que ca plante) ma structure qui contiens les informations que j'ai récupéré dans le fichiers, et elles sont bien là... La structure est la suivante (je sais pas si ca peut vs etre utile...):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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typedef struct s_params
{
	char **fapo,
		 **fcomplex,
		 **fligan ;
 
	int nfiles ;
 
	float ashape_min_size,	
		  ashape_max_size ;	
 
} s_params ;

Ainsi la fonction add_prot ne fait qu'ajouter les 3 chaines de caractères trouvées dans les tableaux fapo, fcomplex, fligan... Donc quelques allocations rien de bien dangereux.

[|PaRa-BoL]

Donc quelques allocations rien de bien dangereux.

Si la preuve

[diogene]

Ainsi la fonction add_prot ne fait qu'ajouter les 3 chaines de caractères trouvées dans les tableaux fapo, fcomplex, fligan... Donc quelques allocations rien de bien dangereux.

Vu les déclarations

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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typedef struct s_params
{
	char **fapo,
		 **fcomplex,
		 **fligan ;
....

il vaudrait le coup de voir le code de add_prot

[vinzzzz]

Allons y alors:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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int add_prot(char *apo, char *complex, char *ligan, s_params *par) 
{
	FILE *f = fopen(apo, "r") ;
	int nm1 ;
	if(f) {
		fclose(f) ;
		f = fopen(complex, "r") ;
		if(f) {
			nm1 = par->nfiles ;
			par->nfiles += 1 ;
			par->fapo     = (char**) my_realloc(par->fapo, (par->nfiles)*sizeof(char*)) ;
			par->fligan   = (char**) my_realloc(par->fligan, (par->nfiles)*sizeof(char*)) ;
			par->fcomplex = (char**) my_realloc(par->fcomplex, (par->nfiles)*sizeof(char*)) ;
 
			par->fapo[nm1] = my_malloc((strlen(apo)+1)*sizeof(char)) ;
			par->fcomplex[nm1] = my_malloc((strlen(complex)+1)*sizeof(char)) ;
			par->fligan[nm1] = my_malloc((strlen(ligan)+1)*sizeof(char)) ;
 
			strcpy(par->fapo[nm1], apo) ;
			strcpy(par->fcomplex[nm1], complex) ;
			strcpy(par->fligan[nm1], ligan) ;
 
			fclose(f) ;
		}
		else return 0 ;
	}
	else return 0 ;
 
	return 1 ;
}

A noter l'utilisation de my_malloc et my_realloc, simplment car j'utilise un petit gestionnaire d'allocation. Mais j'ai testé avec les versions standard (malloc et realloc) et même problème.

[|PaRa-BoL]

Ca sent l'usine à gaz

Jamais tu vérifies le retour de tes allocations ? (Peux être que tes fonctions le font elles même)

Donc si je comprend bien à chaque ligne de ton fichier tu va appeler cette fonctions ?

Cela ne m'entonne pas que ta stack n'aime pas trop ça...

[diogene]

Donc si je comprend bien à chaque ligne de ton fichier tu va appeler cette fonctions ?
Cela ne m'entonne pas que ta stack n'aime pas trop ça...

Il n'y a pas à priori de problèmes de ce coté là.

vinzzzz :
Le code de cette fonction me semble correct (si tes fonctions my_malloc et my_realloc le sont)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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		while(fgets(buf, 150, f)) {
			n = par->nfiles ;
			status = sscanf(buf, "%s %s %s", apobuf, complexbuf, ligbuf) ;

Il faudrait vérifier le contenu de ces buffer: buf, apobuf, complexbuf et ligbuf

[|PaRa-BoL]

Il n'y a pas à priori de problèmes de ce coté là.

Je suis pas sûr si il y a 300 000 lignes dans le fichier

[vinzzzz]

Ca sent l'usine à gaz

Jamais tu vérifies le retour de tes allocations ? (Peux être que tes fonctions le font elles même)

Donc si je comprend bien à chaque ligne de ton fichier tu va appeler cette fonctions ?

Cela ne m'entonne pas que ta stack n'aime pas trop ça...

Je suis d'accord pr l'usine a gaz Mais les optimisations viendront quand j'aurai un code qui marchera, c'est comme ca que je procède... Et puis pour du redimentionnement de tableau, a part realloc ou les listes chainées, le choix est assez restreint. Remarque je pourrait aussi compter le nombre de lignes au début.. BREF là n'est pas le sujet

Sur un fichier de 5 lignes, si la pille se met a faire des seinnes, je sais plus quoi faire...

@ diogene: Le contenu de mes varaibles est a prioris bon, car si j'affiche le contenu de ma structure juste avant de quitter la fonction, le contenu de mon fichier est bien stocké dans les varaibles de ma structure... Vraiment je n'arrive pas a comprendre

[|PaRa-BoL]

le contenu de mon fichier est bien stocké dans les varaibles de ma structure

Ca ne veux pas dire que tu n'as pas un debordement quelque part.

[vinzzzz]

Oui certes, mais ce qui est bizard c'est qu'ici j'ai des buffers qui sont de taille nettement supérieur a ce que contient mon fichier...

(pr la vérification des allocation, elles sont encapsulées dans les fonctions de mon gestionnaire d'alloc)

[acx01b]

il faut que tu fasses un debug et que tu vois quand ton adresse de retour sur la pile est modifiée ou le base pointer...

si tu es sous un windows 32 bit tu pourrais faire ça (sans mettre d'optimisation -O -O2 -O3):

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#define TEST if((&eip)[-1] != ebp || (&eip)[-2] != eip) printf("erreur ligne %d : debordement dans la pile...", __LINE__)
 
int add_list_data(char *str_list_file, s_params *par) 
{
             int eip,ebp;
	FILE *f;
	int n,
	     nread = 0,
	     status ;
 
	char buf[150],
		apobuf[10],
		ligbuf[50],
		complexbuf[50];
 
             eip = (&eip)[-2];
             ebp = (&eip)[-1];
	f = fopen(str_list_file, "r") ; TEST;
 
	if(f) {
		while(fgets(buf, 150, f)) { TEST;
			n = par->nfiles ; TEST;
			status = sscanf(buf, "%s %s %s", apobuf, complexbuf, ligbuf) ; TEST;
 
			if(status == 3) {
				nread += add_prot(apobuf, complexbuf, ligbuf, par) ; TEST;
			}
		}
	}
             TEST;
        // FLAG
	return(nread) ;
}

[vinzzzz]

Je suis sous linux

[|PaRa-BoL]

gdb ? Cela dit ce que ta donné acx01b pourrai fonctionner sous Linux aussi

[acx01b]

ouai ben essaye quand même si sizeof(int) = sizeof (void*) ça te donnera peut être où est l'erreur

[vinzzzz]

J'ai essayé les TEST de acx01b, aucun affichage n'est apparu.

J'ai lancé gdb, voici la sorti de mon programme et de GDB (avec l'ajout de quelques affichages):

==============
Parameters of the program:
> Protein 1: 'data/2onj1.pdb', 'data/2onj1.pdb', 'AB'
> Protein 2: 'data/2onj2.pdb', 'data/2onj2.pdb', 'ABC'
> Protein 3: 'data/2onj3.pdb', 'data/2onj3.pdb', 'ABDDC'
> Protein 4: 'data/2onj4.pdb', 'data/2onj4.pdb', 'A'
> Minimum alpha sphere radius: 3.000000
> Maximum alpha sphere radius: 4.000000
==============
*** stack smashing detected ***: /home/ecniv/Desktop/projet_long/cur_release/bin/pvalid terminated

Program received signal SIGABRT, Aborted.
0xffffe410 in __kernel_vsyscall ()
(gdb) where
#0 0xffffe410 in __kernel_vsyscall ()
#1 0xb7deedf0 in raise () from /lib/tls/i686/cmov/libc.so.6
#2 0xb7df0641 in abort () from /lib/tls/i686/cmov/libc.so.6
#3 0xb7e249bb in ?? () from /lib/tls/i686/cmov/libc.so.6
#4 0xbfaf4d8c in ?? ()
#5 0x00000000 in ?? ()

L'affichage entre les ==== affiche simplement le contenu de ma structure... J'appele une fonction qui s'en charge, juste avant le return...

[Montag]

Salut,

Comme tu es sous linux, tu pourrais essayer valgrind, c'est un outil puissant qui permet de faire du profiling et du debuggage.

[souviron34]

est-ce normal que tes buffers de stockage totalisent 110 bytes (50 + 50 ++ 10) et ton buffer de lecture 150 ?

sinon je n'ai pas le courage de passer à travers tout, mais je crois que tu va être contraint aux méthodes de debug que l'on a mentionné dans le thread à ce sujet

En particulier, je pense que dans ton cas le plus rapide et efficace sera d'encadrer des parties de code par des #ifdef pour les mettre en commentaires..