Discussion :

[radiadad]

Bonjour,

je suis nouvelle sur ce forum, je remercie tout le monde pour la contribution.

je souhaite faire des traitement sur des images 3D, j'en ai telechargé sur brainweb sous *.minc.
je voudrais savoir comment les ouvrir avec Matlab, est ce qu'il faut les convertir? si oui, en utilisant quel outil?

Merci.

[Jerome Briot]

D'après cette précédente discussion : http://www.developpez.net/forums/sho...d.php?t=235610, il est possible d'utiliser le logiciel brainsuite pour enregistrer les images minc sous un format lisible par MATLAB

[radiadad]

Bonjour,

Merci de votre réponse, mais j'avais deja cette précédente discussion.
je possede brainsuite, il peut me les convertir en .img, mais je ne sais pas comment lire ce type d'images avec Matlab.

je souhaite savoir comment convertir du .minc vers le DICOM par exemple, ca me faciliterai bien les choses.

Merci

[Jerome Briot]

As-tu essayer EMMA ?

[larimoise]

Salut,
tu peux aussi utiliser Mricro , pour convertir les images au format Analyze 7.5; et les lire avec Matlab, il y'a une commande "readAnalyze75" je crois,mais je ne sais pas si elle disponible dans toutes les versions de Matlab.
je vais essayer de vérifier.
A+

[Jerome Briot]

il y'a une commande "readAnalyze75" je crois,mais je ne sais pas si elle disponible dans toutes les versions de Matlab.

=> Formats de fichiers supportés

[larimoise]

Oui Dut ,
Moi qui me demandais ou j'avais vu cette fonction, et c'était dans ton tuto, en tous les cas bravo encore.

[kmaniche]

Bonsoir,

Entre autres, tu peut aussi utiliser ImageJ ou MRIcro pour les enregistré sous format Analyze, et par la suite d'utiliser la fonction analyze75read pour charger l'image 3D. Notement il est possible d'installer SPM pour faire les premiers traitement sur ton image comme correction du bais, recalage, réorientation et normalisation et bien plus encore.

[radiadad]

Bonjour,
Merci tout le monde, je vais essayer ce que vous avez dit.

[radiadad]

Bonjour,

j'ai utilisé brainsuite pour transformer mon image .minc en Analyze. ensuite j'ai utilisé readanalyze.m (Merci Dut ) afin de la lire avec Matlab. j'ai obtenu une matrice 3D.

Pour EMMA , je pense qu'elle offre un outil rtres interessant, mais je n'ai pas su comment l'utiliser, je n'ai pas compris comment la telecharger.

Apres avoir ouvert l'image sous une matrice 3D, je voudrais savoir comment la visualiser avec Matlab, soit sous forme d'une image 3D soit sous forme de plusieurs coupes (pour plusieurs coupes, ca ne doit pas etre difficile, je vais essayer de diviser la matrice et afficher plusieurs matrices 2D)

Merci de vos reponses.

[kmaniche]

Apres avoir ouvert l'image sous une matrice 3D, je voudrais savoir comment la visualiser avec Matlab, soit sous forme d'une image 3D soit sous forme de plusieurs coupes (pour plusieurs coupes, ca ne doit pas etre difficile, je vais essayer de diviser la matrice et afficher plusieurs matrices 2D)

Utilise donc SPM2.

Sinon, pour visualiser une coupe :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
 
% Numéro de la coupe à afficher  
NumCoue = 50 ; 
 
% Soit Img3D1 la matrice 3D
imshow(Img3D1(:,:,NumCoupe)) ;

[larimoise]

Salut,
pour afficher en 2D tu peux par exemple faire:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
 
vol=analyze75read('nomfichier.img');
im=vol(:,:,90);
imshow(im);

ça permet de visualiser la coupe 90.
Bonne chance.

[kmaniche]

Si tu as SPM2 (sous matlab) ;

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
 
>> spm pet
% tu choisi Display, tu aurra toutes les coupes selon les trois projections

Sinon, pour visualiser une coupe :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
 
% Numéro de la coupe à afficher  
NumCoupe = 50 ; 
 
% Soit Img3D1 la matrice 3D
imshow(Img3D1(:,:,NumCoupe)) ;

[kmaniche]

Oups !!

[larimoise]

salut,
pour rester toujours dans le sujet ( et éviter d'ouvrir une nouvelle discussion sur le même sujet), en affichant avec imshow j'ai remarqué qu'on obtient pas la même chose que Mricro, en vérifiant les valeurs des pixels on peut voir que les valeurs dépassent largement 255, mais ce problème peut être en normalisant les valeurs entre 0 et 255 ceci d'une part, d'autre part la coupe est inversée par rapport à Mricro .
Est ce qu'il y'a une instruction Matlab qui permet d'inverser l'image volumique? Parce que s' il faut passer par toutes les coupes , normaliser les niveaux de gris et inverser les coupes, l'exécution va prendre beaucoup de temps

Merci d'avance

[kmaniche]

salut,
pour rester toujours dans le sujet ( et éviter d'ouvrir une nouvelle discussion sur le même sujet), en affichant avec imshow j'ai remarqué qu'on obtient pas la même chose que Mricro, en vérifiant les valeurs des pixels on peut voir que les valeurs dépassent largement 255, mais ce problème peut être en normalisant les valeurs entre 0 et 255 ceci d'une part, d'autre part la coupe est inversée par rapport à Mricro .
Est ce qu'il y'a une instruction Matlab qui permet d'inverser l'image volumique? Parce que s' il faut passer par toutes les coupes , normaliser les niveaux de gris et inverser les coupes, l'exécution va prendre beaucoup de temps

MRICro lis et l'orientation et les valeurs de normalisation à partir du fichier d'entete (le .hdr).

Pour la question consernant l'inversion ou la symétrie, regarde ceci il ya la partie 3D.

[larimoise]

kamaniche a dit:
MRICro lis et l'orientation et les valeurs de normalisation à partir du fichier d'entete (le .hdr).

Et Matlab n'utilise pas le fichier .hdr?
Pour la symétrie je vais tester ça.
Merci

[radiadad]

Salut les amis,
je n'ai toujours pas résolu mon probleme : ouvrire une image .minc avec Matlab et l'afficher.
Bon, je l'ai converti en analyze grace à readanalyze.m. j'ai obtenu trois données a,b,c dont la premiere représente une matrice 3D de type double. Les valeurs de a dépassent 255.
je souhite afficher l'iame soit en 2D soit en 3D. j'ai essayé avec imshow, mais ca ne marche pas, j'obtien n'importte quoi.
pouvez vous m'aider ...

[kmaniche]

Bon, je l'ai converti en analyze grace à readanalyze.m. j'ai obtenu trois données a,b,c dont la premiere représente une matrice 3D de type double. Les valeurs de a dépassent 255.
je souhite afficher l'iame soit en 2D soit en 3D. j'ai essayé avec imshow, mais ca ne marche pas, j'obtien n'importte quoi.

Je ne vois pas comment lire tes images MINC avec la fonction readanalyze. Tes problèmes peutêtre viennent de là.

si non regarde ceci

[larimoise]

Salut

radiadad a dit:
Les valeurs de a dépassent 255.

c' est ce que j'ai dit un peu plus haut, il faut normaliser les valeurs entre 0 et 255, pour pouvoir afficher correctement l'image avec imshow.
par exemple, si A est la matrice a normaliser:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
A=double(A);
minimum = min(A(:));
maximum = max(A(:));
B=uint8(255*(A-minimum)/(maximum-minimum));

A+