Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'ai un problème avec ClustalW. Pourriez-vous m'aider?

CLUSTAL W (1.83) Multiple Sequence Alignments


Error: unknown option /align

------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------
MSG: Clustalw call (C:\Clustalw\clustalw.exe align -infile=D:\DOCUME~1\LOCALS~1\Temp\sFR2xvUuHp\7DEHP7RQAj -output=gcg -ktuple=4 -type=dna -outfile=P:/Perl/testClustal.fsa) crashed: 256

STACK: Error::throw
STACK: Bio::Root::Root::throw C:/Perl/site/lib/Bio/Root/Root.pm:359
STACK: Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::_run C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm:556
STACK: Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::align C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm:472
STACK: P:\Perl\scripts\ClustalW\RUNCLU~1.PL:44
-----------------------------------------------------------

Merci beaucoup,


Jasmine,

[Jasmine80]

Il y a aussi un second problème.

Quand j'effectue la commande sleep, c'est comme si elle s'effectuait avant l'écriture dans mon fichier de sortie.

while (@row1=$sth1->fetchrow_array)
{
my $Id = $row1[0];
my $Acc = $row1[1];
my $Seq = $row1[2];
print $OutFileTXT ">$Id\n$Seq\n";
print $OutFileAcc "$Id\t$Gn\t$Acc\n";
}

sleep(100);
exec();

my @params = ('ktuple' => 4, 'type' => 'dna', 'outfile' => "P:/Perl/scripts/Files/FungiDB/".$Gn."_align.msf");
my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
my $aln = $factory->align($OutFileTXT);

Et donc, ClustalW me dit que mon fichier n'est pas valide.


Merci,

Jasmine,

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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sub align {
 
    my ($self,$input) = @_;
    my ($temp,$infilename, $seq);
    my ($attr, $value, $switch);
 
    $self->io->_io_cleanup();
# Create input file pointer
    $infilename = $self->_setinput($input);
    if (!$infilename) {$self->throw("Bad input data (sequences need an id ) or less than 2 sequences in $input !");}
 
# Create parameter string to pass to clustalw program
    my $param_string = $self->_setparams();
 
# run clustalw
    my $aln = $self->_run('align', $infilename,$param_string);
}

Pourtant la sous routine existe bien dans
C:\Perl\site\lib\Bio\Tools\Run\Alignment\Clustalw.pm

Merci,


Jasmine,

[Gardyen]

ce n'est pas un problème de routine inexistante, au contraire elle démarre bien, tu le vois dans le stacktrace.

apparemment l'erreur est dans l'executable lui meme...

As tu essaye de lancer la commande

C:\Clustalw\clustalw.exe align -infile=D:\chemin\vers\fichier.test -output=gcg -ktuple=4 -type=dna -outfile=P:/Perl/testClustal.fsa

a la main ?

pour ton 2e problème, par défaut les écritures ne sont pas effectuées a chaque appel de la fonction print. Pour activer l'auto_flush, ajoute

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$| = 1;

avant de commencer a écrire.

Enfin par curiosité, a quoi sert le exec() apres le sleep ?

[Jasmine80]

Bonjour,

Merci de m'aider.

Pour le exec, ici cela ne sert à rien, cela est utiliser afin de lancer un autre programme après la pause.

Je n'arrive pas à lancer clustalw via la console.
Je vais via le shell, dans le répertoire où se trouve clustal.exe et j'écris "clustalw.exe align -infile=D:\chemin\vers\fichier.test -output=gcg -ktuple=4 -type=dna -outfile=P:\Perl\testClustal.fsa " mais clustal.exe n'est pas reconnu en tant que programme executable. Pourtant il est bien présent dans ce répertoire .

Merci,

Jasmine,

[Gardyen]

première vérification: est ce clustalw2 ou clustalw que tu as dans ton répertoire ?

(j'ai voulu tester et je me suis heurté au message "is not recognized", avant de lister mon répertoire... )

ensuite si tu as clustalw il ne reconnaît pas align comme option (comme dans ton premier message d'erreur) mais en revanche il reconnaît /align
dans ce cas il faudra modifier un peu le fichier Clustalw.pm (la methode _run plus precisement) et ajouter un "/" devant la commande (ligne 551 normalement)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $commandstring = $self->executable." /$command"." $instring".
	" -output=$output". " $param_string";

(mais j'avoue ne pas aimer ce genre de bidouille )

si c'est clustalw2 il reconnaît les 2 formes. Dans ce cas la tout ce que tu as à faire c'est de redéfinir le chemin vers l'exécutable

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
$factory->executable("C:\Clustalw\clustalw2.exe");
my $aln = $factory->align($OutFileTXT);

Mais le package Clustalw.pm n'a été testé avec la version 2 ...

Bon courage !