Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'ai un problème avec ClustalW. Pourriez-vous m'aider?

CLUSTAL W (1.83) Multiple Sequence Alignments


Error: unknown option /align

------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------
MSG: Clustalw call (C:\Clustalw\clustalw.exe align -infile=D:\DOCUME~1\LOCALS~1\Temp\sFR2xvUuHp\7DEHP7RQAj -output=gcg -ktuple=4 -type=dna -outfile=P:/Perl/testClustal.fsa) crashed: 256

STACK: Error::throw
STACK: Bio::Root::Root::throw C:/Perl/site/lib/Bio/Root/Root.pm:359
STACK: Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::_run C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm:556
STACK: Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::align C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm:472
STACK: P:\Perl\scripts\ClustalW\RUNCLU~1.PL:44
-----------------------------------------------------------

Merci beaucoup,


Jasmine,

[Jasmine80]

Il y a aussi un second problème.

Quand j'effectue la commande sleep, c'est comme si elle s'effectuait avant l'écriture dans mon fichier de sortie.

while (@row1=$sth1->fetchrow_array)
{
my $Id = $row1[0];
my $Acc = $row1[1];
my $Seq = $row1[2];
print $OutFileTXT ">$Id\n$Seq\n";
print $OutFileAcc "$Id\t$Gn\t$Acc\n";
}

sleep(100);
exec();

my @params = ('ktuple' => 4, 'type' => 'dna', 'outfile' => "P:/Perl/scripts/Files/FungiDB/".$Gn."_align.msf");
my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
my $aln = $factory->align($OutFileTXT);

Et donc, ClustalW me dit que mon fichier n'est pas valide.


Merci,

Jasmine,

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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sub align {
 
    my ($self,$input) = @_;
    my ($temp,$infilename, $seq);
    my ($attr, $value, $switch);
 
    $self->io->_io_cleanup();
# Create input file pointer
    $infilename = $self->_setinput($input);
    if (!$infilename) {$self->throw("Bad input data (sequences need an id ) or less than 2 sequences in $input !");}
 
# Create parameter string to pass to clustalw program
    my $param_string = $self->_setparams();
 
# run clustalw
    my $aln = $self->_run('align', $infilename,$param_string);
}

Pourtant la sous routine existe bien dans
C:\Perl\site\lib\Bio\Tools\Run\Alignment\Clustalw.pm

Merci,


Jasmine,

[Gardyen]

ce n'est pas un problème de routine inexistante, au contraire elle démarre bien, tu le vois dans le stacktrace.

apparemment l'erreur est dans l'executable lui meme...

As tu essaye de lancer la commande

C:\Clustalw\clustalw.exe align -infile=D:\chemin\vers\fichier.test -output=gcg -ktuple=4 -type=dna -outfile=P:/Perl/testClustal.fsa

a la main ?

pour ton 2e problème, par défaut les écritures ne sont pas effectuées a chaque appel de la fonction print. Pour activer l'auto_flush, ajoute

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$| = 1;

avant de commencer a écrire.

Enfin par curiosité, a quoi sert le exec() apres le sleep ?

[Jasmine80]

Bonjour,

Merci de m'aider.

Pour le exec, ici cela ne sert à rien, cela est utiliser afin de lancer un autre programme après la pause.

Je n'arrive pas à lancer clustalw via la console.
Je vais via le shell, dans le répertoire où se trouve clustal.exe et j'écris "clustalw.exe align -infile=D:\chemin\vers\fichier.test -output=gcg -ktuple=4 -type=dna -outfile=P:\Perl\testClustal.fsa " mais clustal.exe n'est pas reconnu en tant que programme executable. Pourtant il est bien présent dans ce répertoire .

Merci,

Jasmine,

[Gardyen]

première vérification: est ce clustalw2 ou clustalw que tu as dans ton répertoire ?

(j'ai voulu tester et je me suis heurté au message "is not recognized", avant de lister mon répertoire... )

ensuite si tu as clustalw il ne reconnaît pas align comme option (comme dans ton premier message d'erreur) mais en revanche il reconnaît /align
dans ce cas il faudra modifier un peu le fichier Clustalw.pm (la methode _run plus precisement) et ajouter un "/" devant la commande (ligne 551 normalement)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $commandstring = $self->executable." /$command"." $instring".
	" -output=$output". " $param_string";

(mais j'avoue ne pas aimer ce genre de bidouille )

si c'est clustalw2 il reconnaît les 2 formes. Dans ce cas la tout ce que tu as à faire c'est de redéfinir le chemin vers l'exécutable

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
$factory->executable("C:\Clustalw\clustalw2.exe");
my $aln = $factory->align($OutFileTXT);

Mais le package Clustalw.pm n'a été testé avec la version 2 ...

Bon courage !

[Jasmine80]

C'est clustalw mais je peux installer clustalw2 si cela est préférable.
Ce que je ne comprends pas c'est que ce programme fonctionnait il y a six mois et maintenant ça ne va plus ... la seule chose que j'ai fait c'est réinstaller le package bioperl et je ne vois pas ce qui aurait changé d'autre.
J'esssaie de comprendre à quoi cela pourrait être dû.
J'ai toujours bien : (je suis sous windows xp)

BEGIN { $ENV{CLUSTALDIR} = 'C:/Clustalw/' }
use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;

et la variable d'environnement est bien là, la preuve le programme retrouve bien ClustalW et c'est après que cela ne fonctionne plus. Le programme a bien le chemin vers clustalw.pm mais il n'arrive pas à utiliser sa sous-routine ... or il y a six mois, il le pouvait.


Pour ce qui est de l'autre problème, j'ai fait comme tu me l'as conseillé :

Code :

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        $| = 1;
        while (@row=$sth->fetchrow_array)
        {
                print "$Gn => $row[0]\n";
                if ($row[0] > 1)
                {
                        ...
                        my @row1;
                        while (@row1=$sth1->fetchrow_array)
                        {
                                my $Id = $row1[0];
                                my $Acc = $row1[1];
                                my $Seq = $row1[2];
                                my $Organisme = $row1[3];
                                print $OutFileTXT ">$Id\n$Seq\n";
                                print $OutFileAcc "$Id\t$Organisme\n$Acc\n\n";
                        }
 
                        sleep(100);
 
                        my @params = ('ktuple' => 4, 'type' => 'dna', 'outfile' => "P:/Perl/scripts/Files/Test/FungiDB/".$Gn."_align.msf");
                        my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
                        my $aln = $factory->align($OutFileTXT);
 
                }
        }

J'ai utilisé un seul petit alignement de 3 séquences pour être certaine que 100 secondes suffisent à l'écriture du fichier. Mais j'ai toujours l'erreur

------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------
MSG: Bad input data (sequences need an id ) or less than 2 sequences in FileHandle=GLOB(0x1df61bc) !
STACK: Error::throw
STACK: Bio::Root::Root::throw C:/Perl/site/lib/Bio/Root/Root.pm:359
STACK: Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::align C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm:466
STACK: P:\Perl\scripts\ClustalW\DB_CLU~1.PL:74
-----------------------------------------------------------

Si je fournis directement le fichier $OutFileTXT, je retombe sur l'erreur de "unknown option /align" et si j'ouvre le fichier avec Bioedit et que je lance ClustalW manuellement (via le net), cela fonctionne et prouve donc que mon fichier est correct.

Merci,

Jasmine,

[Gardyen]

je peux me tromper mais la méthode align attend un string avec le nom/path du fichier, et tu as l'air de passer un fileHandle...

je ne suis pas sur que la méthode puisse gérer un fileHandle. Teste avec un nom de fichier ?

[Jasmine80]

J'ai aussi essayé avec le fichier directement, j'ai la même erreur.
Je peux essayer de récupérer les données dans une array mais à mon avis cela ne changera rien au problème du align. Normalement ClusalW reconnait le align

http://search.cpan.org/~birney/biope...nt/Clustalw.pm

J'avais installé Bioperl, puis ClustalW, créé ma variable d'environnement et cela fonctionnait. J'ai réinstallé une nouvelle version de bioperl et cela ne va plus. Peut-être y aurait-il quelque chose d'autre à régler. Mais, le programme trouve bien ClustalW, le code n'a pas changé et malgré tout align n'est pas reconnu.

Code :

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foreach my $Gn (@Genus)
{
        if (-e "P:/Perl/scripts/Files/FungiDB/".$Gn."FSA.txt")
        {
                my @params = ('ktuple' => 4, 'type' => 'dna', 'outfile' => 'P:/Perl/scripts/Files/FungiDB/'.$Gn.'align.msf');
                my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
                my $aln = $factory->align("P:/Perl/scripts/Files/FungiDB/".$Gn."FSA.txt");
        }
}

Maintenant tous mes fichiers fasta à aligner son générés et je ne dois plus interroger ma base de données. J'ai donc simplifier mon code, et je ne passe plus par un FileHandle.


Un grand merci,

Jasmine,

[Jasmine80]

Bonjour,

La semaine commence bien. J'ai installé ClustalW2 et maintenant cela fonctionne très bien. Merci beaucoup pour ton aide.


Jasmine,