Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'ai un problème pour installer un module.

J'ai fait la recherche dans ppm mais il n'est pas présent.
J'aimerais donc essayer d'entrer directement l'URL comme expliqué dans le tuto de ce forum.

Le module vient du
http://search.cpan.org/~sendu/bioper...o/Tools/HMM.pm

... je ne sais pas quelle adresse entrer. Je suis sous Windows XP.


Sinon j'ai fait autrement

Download, then unpack the tar file. For example:

>gunzip bioperl-1.5.2_100.tar.gz
>tar xvf bioperl-1.5.2_100.tar
>cd bioperl-1.5.2_100

Now issue the build commands:

>perl Build.PL
>./Build test


Merci,

Jasmine,

[Jedai]

J'ai un problème pour installer un module.

J'ai fait la recherche dans ppm mais il n'est pas présent.
J'aimerais donc essayer d'entrer directement l'URL comme expliqué dans le tuto de ce forum.

Le module vient du

En fait ce module vient de la distribution bioperl, qui est disponible sur les repository ppm d'ActiveState. Utilise donc ppm pour l'installer.

Now issue the build commands:

>perl Build.PL
>./Build test

C'est plutôt :
perl Build.PL
Build
Build test
Build install

sous Windows (je crois que Module::Build utilise pl2bat automatiquement sous Windows), et quel résultat te donne ces commandes (si tu as réussi à utiliser ppm, oublie cette méthode) ?

--
Jedaï

[djibril]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
perl Build.PL
Build
Build test
Build install

Ces commandes sont utiles pour la creation de modules à la CPAN, je te deconseil de l'utiliser. Essaye ppm, c'est la meilleure façon d'installer un module sous windows. ça evite beaucoup d'ennuis

[Jedai]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
perl Build.PL
Build
Build test
Build install

Ces commandes sont utiles pour la creation de modules à la CPAN, je te deconseil de l'utiliser. Essaye ppm, c'est la meilleure façon d'installer un module sous windows. ça evite beaucoup d'ennuis

Oui, c'est pourquoi la première partie de mon message l'encourageait à plutôt utiliser ppm.
Néanmoins si tu n'as pas le module qu'il décrit, c'est probablement que ce module n'est apparu que dans une version plus récente. Peut-être serait-il préférable d'installer le PPM de la dernière version (tu décompresse l'archive et tu fais "ppm install chemin_vers_le_ppd_qui_était_dans_l'archive").

--
Jedaï

[Jasmine80]

Merci pour vos réponses,

J'avais fait la recherche sur 7 rep pour rechercher bioperl-1.5.2_102 > Bio::Tools::HMM

ActiveState PPM2 Repository
ActiveState Package Repository
bribes
theoryx
BioPerl
Roth
CPAN

Mais aucun ne possédait 'HMM' ni 'bioperl-1.5.2' en mots clés... HMM suffisait il dans la recherche?

ce module n'est apparu que dans une version plus récente. Peut-être serait-il préférable d'installer le PPM de la dernière version

Une version plus récente de quoi? de PPM...je patauge vraiment, c'est un peu chinois pour moi tout ça .
Les repositories se mettent à jour automatiquement non?

J'ai déjà utilisé Build.pl, quels sont les ennuis qui peuvent arriver? Dois-je le désinstaller et recommencer avec un ppm> install chemin_HMM?


Merci,

Jasmine

[Jedai]

Mais aucun ne possédait 'HMM' ni 'bioperl-1.5.2' en mots clés... HMM suffisait il dans la recherche?

"bioperl" suffisait.

Une version plus récente de quoi? de PPM...je patauge vraiment, c'est un peu chinois pour moi tout ça .

Non, une version plus récente de Bioperl, les versions de Bioperl sur les repositories d'ActiveState sont assez ancienne.

Les repositories se mettent à jour automatiquement non?

Ils se mettent à jour lorsqu'on les mets à jour, ce qui selon les modules peut-être plus ou moins complexe (problème de compilation sous Windows principalement).

J'ai déjà utilisé Build.pl, quels sont les ennuis qui peuvent arriver? Dois-je le désinstaller et recommencer avec un ppm> install chemin_HMM?

Pas grand chose de grave... D'autant plus que je ne sais même pas si tu as vraiment fait l'installation : si tu n'as fait que "Build test" rien n'a été fait, ni la construction, ni l'installation de la distribution.

Je te conseille de télécharger l'archive que je t'ai indiquée, la décompresser et de faire "ppm install" sur le .ppd qui est à l'intérieur.

Bio::Tools::HMM n'est pas disponible tout seul, il fait partie de la distribution Bioperl (de toute façon, pour faire de la bioinformatique avec Perl, mieux vaut utiliser Bioperl).

--
Jedaï

[djibril]

Pour les modules bioperl, je te conseil d'installer le repository bioperl suivant :
bioperl : http://bioperl.org/DIST/package.xml

T'installe ce repository ce sera déjà un bon debut.
Mais bon malgré ça, je n'ai pas ton module HMM.
sinon voici une autre doc de bioperl, je ne sais pas si tu l'as.

Courage