Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'aimerais faire des statistiques sur des séquences ADN. Je voudrais retrouver des sous-séquences (amorces) y étant les plus fréquentes tout en restant spécifiques. J'entrerais donc deux groupes de séquences celles d'intérêt et celles ne l'étant pas. Connaissez-vous des modules Perl pouvant m'être utiles? Je dois trouver énormément de sous-séquences et pas seulement deux (un peu comme une "random PCR" mais ciblée et favorisant un des groupes afin d'amplifier tout le génome).

Ca parait impossible mais vu que le pourcentage G-C varie très fort entre ces deux groupes y aurait-il moyen sans être 100% spécifique de favoriser l'amplification d'un de ces deux groupes?

L'idée: mélange de l'ADN d'un des organismes du groupe A faible en GC et d'un des organismes du groupe B riche en GC. Amplifier ces 2 génomes mais en favorisant celui du groupe B.

Voila donc pourquoi je recherche des fonctions Perl me permettant d'analyser la composition de séquences ADN afin d'y retrouver des sous-séquences spécifiques.

Peut être un HMM
http://search.cpan.org/~sendu/bioper...o/Tools/HMM.pm
ou une chaîne de Markov
http://search.cpan.org/~rclamp/Algor...MarkovChain.pm


Merci,


Jasmine,

[Leishmaniose]

Salut,

Je dois dire que je n'ai pas bien compris ce que tu cherches à faire exactement ni de point de vu bio ni de point de vu perl...

A défaut de pouvoir aider sur ce plan sauf en ayant plus d'explications, je peux tout de même te proposer de l'aide quand à la synthèse de ces oligos... Je connais une bonne adresse qui propose des oligos de très bonne qualité (je les ai testé ici au labo.) et pour pas très cher en plus du fait que c'est rapidement livré. Une idée sur les prix : pour du 100 nmol (5 OD garantie) entre 0.35 et 0.4 € selon la quantité commandée. Alors, si ça t'intéresse je te donne le contact.

Bonne chance et @+.

[Jasmine80]

Merci pour ton aide.


Je recherche à faire un peu comme une random PCR où je veux amplifier le génome complèt d'un organisme à l'aide de centaines d'amorces différentes s'appariant un peu partout dans le génome. Mais ici, je ne veux pas que ce soit totalement aléatoire, je veux qu'il y ai un biais allant vers une amplification préférentielle d'un organisme ayant un génome plus froid. Dans cette PCR contenant l'ADN de deux organismes (un riche en GC et l'autre pauvre), je sais qu'évidemment j'aurai une très mauvaise spécificité. Je cherche seulement à favoriser l'amplification de l'un des deux. Je dois donc étudier leur deux génomes et rechercher le type d'amorces qui me permettrait cela. Par exemple du genre ANNNTNNNNTTNNA, NNTNNATTNNNTTA ... qui s'apparieraient de façon privilégiée sur le génome plus riche en AT.

Est-ce plus clair? Je sais que ça parait tordu comme problème mais c'est ce que mon chef m'a demandé.

Donc voila l'idée que j'ai eu. Je crée deux automates HMM un pour chaque organisme. Ensuite je leur envoie aléatoirement des milliers de séquences d'amorces. Et je compare les probabilités que chaque amorce se retrouve dans chacun des deux organismes. En résultat je rechercherai les amorces ayant de grandes probabiltés de se retrouver chez l'organisme froid et de faibles probabilités de se retrouver chez l'organisme chaud.

Mais je me demande si cela ne sera t'il pas impossible point de vue calculs du processeur.

Merci,

Jasmine,

[Jasmine80]

Je connais une bonne adresse qui propose des oligos de très bonne qualité (je les ai testé ici au labo.) et pour pas très cher en plus du fait que c'est rapidement livré. Une idée sur les prix : pour du 100 nmol (5 OD garantie) entre 0.35 et 0.4 € selon la quantité commandée. Alors, si ça t'intéresse je te donne le contact.

Oui, cela m'intéresse, merci, je veux bien le contact.
Quelle firme est-ce?
0.35-0.4 euro par nucléotide?
Est ce uniquement pour les amorces? et pour les sondes également?
Peut-on demander des modifications, des fonctions aux extrémités des sondes (MGB, NH2...)?

Merci,


Jasmine,

[Leishmaniose]

Salut,

Oui, cela m'intéresse, merci, je veux bien le contact.
Quelle firme est-ce?

C'est une nouvelle firme qui s'appelle : CarthaGenomics Advanced Technologies ==> (CGAT)

0.35-0.4 euro par nucléotide?

Parfaitement

Est ce uniquement pour les amorces? et pour les sondes également?
Peut-on demander des modifications, des fonctions aux extrémités des sondes (MGB, NH2...)?

Il existe tout une panopolie de modifications possibles. Si tu le veux bien, indiques moi comment je peux t'envoyer le catalogue complet ainsi que les coordonnées de cette entreprise.

@+

[Jasmine80]

N'existe t'il pas un site internet? Veux-tu envoyer un catalogue papier?
Sinon, tu peux m'envoyer les références exactes par MP ou par mail.

Un grand merci,


Jasmine,