1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352
| #!/usr/bin/perl
#-------------------------------- ComparaisonRestrictions.pl ------------------------------------#
# Ce programme prend en entrée deux fichiers textes contenant les informations de cartes #
# de restriction générées par BioEdit et donne les enzymes coupant un nombre différent #
# de fois ces deux séquences #
#------------------------------------------------------------------------------------------------#
=h
FICHIER D ENTREE
BioEdit version 7.0.5.3 (10/28/05) Restriction Mapping Utility
(c)1998, Tom Hall
WeeTopo Restriction Map
24/05/2007 15:12:02
5220 base pairs
Translations: none
Restriction table:
Enzyme Recognition frequency Positions
__________________________________________________________________________
AatII G_ACGT'C 1 523
AccI GT'mk_AC 1 523
Acc65I G'GTAC_C 1 1391
AflIII A'CryG_T 2 882, 1021
AleI CACnn'nnGTG 1 862
AlwI GGATCnnnn'n_ 2 239, 451
ApoI r'AATT_y 1 623
AvaI C'yCGr_G 1 1687
BaeI ACnnnnGTAyCnnnnnnn_nnnnn' 1 320
BaeI GrTACnnnnGTnnnnnnnnnn_nnnnn' 1 287
BanI G'GyrC_C 2 838, 1391
BanII G_rGCy'C 1 1150
BbsI GAAGACnn'nnnn_ 4 334, 1129, 1497, 1525
BbvI GCAGCnnnnnnnn'nnnn_ 9 435, 715, 894, 962, 993, 1123
1308, 1529, 1639
BceAI ACGGCnnnnnnnnnnnn'nn_ 1 947
BfrBI ATG'CAT 1 354
=cut
use strict;
use warnings;
use FileHandle;
use Time::localtime;
use Data::Dumper;
use Restriction;
# Paramètre de temps
#---------------------
my $Depart = ctime();
# Paramètre des fichiers
#---------------------------
my $File1 = "RestrictionTest1";
my $File2 = "RestrictionTest2";
my $InFile1 = "P:/Perl/scripts/Files/$File1.txt";
my $InFile2 = "P:/Perl/scripts/Files/$File2.txt";
my $Outfile = FileHandle->new (">P:/Perl/scripts/Files/ComparaisonRestrictions.txt");
# Ouverture des fichiers
#------------------------
open (FileTxt1,"$InFile1") or die "Can't open file1\n";
open (FileTxt2,"$InFile2") or die "Can't open file2\n";
# Lecture des fichiers de restriction
#--------------------------------------
my $Ligne;
my $Plasmide1 ="";
my $Plasmide2="";
my $TaillePlasmide1 = "";
my $TaillePlasmide2 = "";
my @Pl1 ="";
my @Pl2 ="";
my $Enzyme;
my $Site;
my $Frequence;
my $Positions;
my $a=-1;
while ($Ligne =<FileTxt1>)
{
if($Ligne =~ /^(\w+)\s+Restriction Map$/)
{
$Plasmide1 = $1;
}
if($Ligne =~ /^(\d+)\s+base pairs$/)
{
$TaillePlasmide1 = $1;
}
if($Ligne =~ /^(\w+)\s+([\w\']+)\s+(\d{1,2})\s+([\,\d\s]+)$/)
{
# structure du fichier texte où on récupère les données
# 3 objets à créer : BbsI, BbvI et BceAI
# BbsI GAAGACnn'nnnn_ 4 334, 1129, 1497, 1525
# BbvI GCAGCnnnnnnnn'nnnn_ 9 435, 715, 894, 962, 993, 1123
# 1308, 1529, 1639
# BceAI ACGGCnnnnnnnnnnnn'nn_ 1 947
# nb certaines enzymes comme BbvI possèdent ses informations sur plus d'une ligne
# il faut donc attendre d'avoir récupérer toutes les lignes avant de créer l'objet
# Solution : à chaque fois que l'on rencontre une nouvelle enzyme on sait que la lecture des
# informations de l'enzyme précédente est terminée
# On peut donc créer un objet pour l'enzyme précédente
# On ne passe pas dans ce if lors de la première enzyme trouvée
# (car évidemment il n'existe pas d'enzyme précédente)
if($a>-1)
{
$Pl1[$a] = Restriction->new ($Plasmide1, $TaillePlasmide1, $Enzyme, $Site , $Frequence, $Positions);
# print $Pl1[$a]->{ENZYME}."\t".$Pl1[$a]->{FREQUENCE}."\t".$Pl1[$a]->{POSITIONS}."\n";
}
# récupération des informations
$Enzyme = $1;
$Site = $2;
$Frequence = $3;
$Positions = $4;
chomp($Positions);
# compte du nombre d'enzyme (et donc d'objets) différents
$a++;
}
# récupération des positions étant écrites sur plus d'une ligne
if(($Ligne =~ /^\s*([\,\d\s]+)$/) && ($Ligne !~ /^\s*$/))
{
$Positions = $Positions.", ".$1;
chomp($Positions);
}
# On quitte la boucle quand l'on arrive à la ligne "Enzymes that cut five or fewer times" du fichier
if ($Ligne =~ /Enzymes that cut five or fewer times/)
{
last;
}
}
# pour le dernier objet
$Pl1[$a] = Restriction->new ($Plasmide1, $TaillePlasmide1, $Enzyme, $Site , $Frequence, $Positions);
# même procédure pour le second fichier
my $b=-1;
while ($Ligne =<FileTxt2>)
{
if($Ligne =~ /^(\w+)\s+Restriction Map$/)
{
$Plasmide2 = $1;
}
if($Ligne =~ /^(\d+)\s+base pairs$/)
{
$TaillePlasmide2 = $1;
}
if($Ligne =~ /^(\w+)\s+([\w\']+)\s+(\d{1,2})\s+([\,\d\s]+)$/)
{
if($b>-1)
{
$Pl2[$b] = Restriction->new ($Plasmide2, $TaillePlasmide2, $Enzyme, $Site , $Frequence, $Positions);
#print $Pl2[$b]->{ENZYME}."\t".$Pl2[$b]->{FREQUENCE}."\t".$Pl2[$b]->{POSITIONS}."\n";
}
# récupération des informations
$Enzyme = $1;
$Site = $2;
$Frequence = $3;
$Positions = $4;
chomp($Positions);
# compte du nombre d'enzymes (et donc d'objets) différents
$b++;
}
# récupération des positions étant écrites sur plus d'une ligne
if(($Ligne =~ /^\s*([\,\d\s]+)$/) && ($Ligne !~ /^\s*$/))
{
$Positions = $Positions.", ".$1;
chomp($Positions);
}
}
# pour le dernier objet
$Pl2[$b] = Restriction->new ($Plasmide2, $TaillePlasmide2, $Enzyme, $Site , $Frequence, $Positions);
=h
foreach my $PlEnz (@Pl2)
{
print Dumper ($PlEnz);
}
=cut
# Tableau récapitulatif
#-------------------------
print $Outfile "Comparaison des produits de digestion de 2 plasmides\n";
print $Outfile "-----------------------------------------------------\n\n\n";
print $Outfile "Taille du plasmide $Plasmide1\t$TaillePlasmide1\n";
print $Outfile "Taille du plasmide $Plasmide2\t$TaillePlasmide2\n\n\n";
print $Outfile "\n\nENZYMES COMMUNES AUX DEUX PLASMIDES\n";
print $Outfile "--------------------------------------\n\n";
print $Outfile "\n-------------------------------------------------------------------------\n\n";
print $Outfile "--- Nom de l'enzyme de restriction ---\n";
print $Outfile "--- ---\n";
print $Outfile "--- Plasmide 1 (coupé x fois) tailles des fragments obtenus ---\n";
print $Outfile "--- Plasmide 2 (coupé x fois) tailles des fragments obtenus ---\n";
print $Outfile "\n-------------------------------------------------------------------------\n\n\n";
for (my $c =0; $c<$a; $c++)
{
for (my $d = 0; $d<$b; $d++)
{
my ($Switch, $E1, $E2, $Ref_Tailles1, $Ref_Tailles2) = $Pl1[$c]->COMPARE($Pl2[$d]);
if ($Switch == 1)
{
print $Outfile $E1->{ENZYME}."\n";
print $Outfile "\n".$E1->{SEQUENCE}." (".$E1->{FREQUENCE}." fois)\t";
foreach my $T1 (@{$Ref_Tailles1})
{
print $Outfile "$T1\t";
}
print $Outfile "\n".$E2->{SEQUENCE}." (".$E2->{FREQUENCE}." fois)\t";
foreach my $T2 (@{$Ref_Tailles2})
{
print $Outfile "$T2\t";
}
print $Outfile "\n-------------------------------------------------------------------------\n"
}
}
}
# Recherche des enzymes ne coupant qu'un des deux plasmides et coupant plus d'une fois le second
#---------------------------------------------------------------------------------------------------
my @Enz_Communes = substract {$_->{ENZYME}} @Pl1, @Pl2;
print $Outfile "\n\nListe des enzymes communes\n";
print $Outfile "\n----------------------------\n\n";
foreach my $Enz (@Enz_Communes)
{
print $Outfile $Enz." ";
}
=h
# ANCIEN CODE
# Recherche des enzymes ne coupant qu'un des deux plasmides et coupant plus d'une fois le second
#---------------------------------------------------------------------------------------------------
my @Enz_Communes;
for (my $c =0; $c<$a; $c++)
{
for (my $d = 0; $d<$b; $d++)
{
if ($Pl1[$c]->{ENZYME} eq $Pl2[$d]->{ENZYME})
{
push ( @Enz_Communes, $Pl1[$c]->{ENZYME});
}
}
}
print $Outfile "\n\nListe des enzymes communes\n";
print $Outfile "\n----------------------------\n\n";
foreach my $Enz (@Enz_Communes)
{
print $Outfile $Enz." ";
}
=cut
print $Outfile "\n\nENZYMES NON COMMUNES\n";
print $Outfile "-----------------------\n\n";
print $Outfile "\nEnzymes ne coupant que $Plasmide1\n";
print $Outfile "----------------------------------\n\n";
for (my $c =0; $c<$a; $c++)
{
my $OK = 0;
foreach my $Enz(@Enz_Communes)
{
if ($Enz eq $Pl1[$c]->{ENZYME}){$OK = 1;}
}
if(($OK == 0) && ($Pl1[$c]->{FREQUENCE}>1))
{
print $Outfile "$Pl1[$c]->{ENZYME}\t$Pl1[$c]->{FREQUENCE} fois (positions : $Pl1[$c]->{POSITIONS})\n";
}
}
print $Outfile "\nEnzymes ne coupant que $Plasmide2\n";
print $Outfile "----------------------------------\n\n";
for (my $d = 0; $d<$b; $d++)
{
my $OK = 0;
foreach my $Enz(@Enz_Communes)
{
if ($Enz eq $Pl2[$d]->{ENZYME}){$OK = 1;}
}
if(($OK == 0) && ($Pl2[$d]->{FREQUENCE}>1))
{
print $Outfile "$Pl2[$d]->{ENZYME}\t$Pl2[$d]->{FREQUENCE} fois (positions : $Pl2[$d]->{POSITIONS})\n";
}
}
my $Fin = ctime();
print "\nTEMPS\n---------\nDépart\t=>".$Depart."\nFin\t=>".$Fin."\n";
close;
# renvoie la liste des éléments $code (->{ENZYME}) de l'array $b (\@Pl2) n'existant pas dans $a (\@Pl2)
sub substract (&\@\@)
{
my ($code, $a, $b) = @_;
my %temp;
@temp{map {$code->()} @$b} = (); # %temp contiendra les valeurs ENZYME de l'array b
return grep { not exists $temp{$code->()} } @$a;
} |
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