Bonjour,
J'ai copié collé ce petit bout de code, fourni avec bioperl :

test.pl
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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# one can also request that the parser NOT keep the XML data in memory
    # by using the tempfile initialization flag.
    my $searchin = new Bio::SearchIO(-tempfile => 1,
                                     -format => 'blastxml',
                                     -file   => 'plague_yeast.bls.xml');
    while(my $result = $searchin->next_result ) {
 
    }
J'ai evidemment le fichier plague_yeast.bls.xml dans le meme repertoire que test.pl

Quand je le lance (perl -w test.pl), c'est bon. Pas d'erreur.

MAIS, ce code ne montre pas comment extraire les données du blast, par exemple les query.

Dans le fichier xml, j'ai par exemple :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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 <BlastOutput_query-def>gi|5763813|emb|CAB53166.1| putative replication regulatory protein [Yersinia pestis]</BlastOutput_query-def>
Pour extraire ce query j'ai mis dans mon while :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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$qu=$searchin->{"BlastOutput_query-def"};
print $qu."\n";
Mais ca me retourne : $qu n'est pas initialisée....

J'ai essayé d'autres syntaxes sans succès.

J'ai fait de nombreuses recherches sur le forum et google, sans succès.
Quelqu'un connaitrait-il la méthode ou un site qui pourrait me renseigner ?

En vous remerciant,

Sohnic