Discussion :

[sohnic]

Bonjour,
J'ai copié collé ce petit bout de code, fourni avec bioperl :

test.pl

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# one can also request that the parser NOT keep the XML data in memory
    # by using the tempfile initialization flag.
    my $searchin = new Bio::SearchIO(-tempfile => 1,
                                     -format => 'blastxml',
                                     -file   => 'plague_yeast.bls.xml');
    while(my $result = $searchin->next_result ) {
 
    }

J'ai evidemment le fichier plague_yeast.bls.xml dans le meme repertoire que test.pl

Quand je le lance (perl -w test.pl), c'est bon. Pas d'erreur.

MAIS, ce code ne montre pas comment extraire les données du blast, par exemple les query.

Dans le fichier xml, j'ai par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 <BlastOutput_query-def>gi|5763813|emb|CAB53166.1| putative replication regulatory protein [Yersinia pestis]</BlastOutput_query-def>

Pour extraire ce query j'ai mis dans mon while :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$qu=$searchin->{"BlastOutput_query-def"};
print $qu."\n";

Mais ca me retourne : $qu n'est pas initialisée....

J'ai essayé d'autres syntaxes sans succès.

J'ai fait de nombreuses recherches sur le forum et google, sans succès.
Quelqu'un connaitrait-il la méthode ou un site qui pourrait me renseigner ?

En vous remerciant,

Sohnic

[sohnic]

Finalement, je m'autoréponds !
J'ai trouvé un pdf qui lève un peu le voile : http://mig.jouy.inra.fr/mig/download...euclin2004.pdf

Le code ressemble maintenant a ca :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use Bio::SearchIO;
use strict;
my $searchio=new Bio::SearchIO(-format =>'blastxml',-file =>'mon_blast.xml');
my $result;
my $hit;
my $query;
my $length;
my $description;
my $database_name;
my $algorithm_type;
while( $result = $searchio->next_result() ) 
{
	$query=$result->query_name;
	$database_name=$result->database_name;
	$algorithm_type=$result->algorithm;
	while (my $hit=$result->next_hit())
	{
		$length=$result->query_length;
		my $accession=$hit->accession;
		my $score=$hit->score;
		$description=$hit->description;
		print $description."\n";
		while (my $hsp=$hit->next_hsp())
		{
			my $start_hit=$hsp->start('hit');
			my $end_hit=$hsp->end('hit');
			print "$database_name\t$algorithm_type\t$query\t$accession\t$start_hit\t",
			$hsp->percent_identity,"\t",$hsp->length('total'),"\t$end_hit\t$length\t$description\t
			$score\t",$hsp->evalue,"\n\n\n";
		}
	}
}

Seulement avec mon fichier (qui a été fait avec BLASTX 2.2.14, j'ai un warning à la fin

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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-------------------- WARNING ---------------------
MSG: error in parsing a report:
 
xml declaration not at start of external entity at line 217, column 224, byte 16384 at /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.6/i386-linux-thread-multi/XML/Parser.pm line 187
 
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Que je n'ai pas avec le fichier d'exemple (blastp 2.1.3).
Malgrè tout , j'ai le résultat attendu....

Si ca peut aider quelqu'un....

Sohnic