Discussion :

[pierrot2908]

bonjour a tous,
Je souhaite réaliser pour mon interface une fentre contenant un graphique
Les données sont contenues dans un fichier du style :

# BLASTN 2.2.15 [Oct-15-2006]
# Query: test
# Database: C:\Pierre\blast\banques\baseBlastn.base
# Fields: Query id, Subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap openings, q. start, q. end, s. start, s. end, e-value, bit score
test gi|123425123|ref|XM_001306731.1| 99.74 1512 4 0 1 1512 1 1512 0.0 2966
test gi|125851121|ref|XM_686393.2| 100.00 12 0 0 1108 1119 322 333 0.49 24.3
test gi|125851121|ref|XM_686393.2| 100.00 11 0 0 144 154 112 102 2.0 22.3
test gi|125851121|ref|XM_686393.2| 100.00 11 0 0 706 716 1093 1103 2.0 22.3
test gi|126428381|gb|EF446772.1| 100.00 11 0 0 808 818 291 281 2.0 22.3
test gi|125846732|ref|XM_001333997.1| 100.00 11 0 0 1092 1102 927 917 2.0 22.3

il me faut donc extraire pour chaque ligne les 4 dernieres colonnes pour en faire un graph du style

s start-------------------------------------s end
q start-----------------------------q end
qstart---------------------------q end

[AliLoU`]

ça peut se faire avec StringTokenizer ou les expressions regulieres

tu crée un bufferedReader sur ton fichier

apres le code pourrait ressembler à ça (si tu choisi la solution StringTokenizer):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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StringTokenizer st;
int cpt=0;
int valeur;
String ligne;

while((ligne=tonBufferedReader.readln())!=null){
 if(!ligne.startwith("#")){ // on touche pas aux lignes qui commencent par #
    st = new StringTokenizer(ligne," "); //on separe les lignes par le caractere espace
  while(st.hasMoreToken()){ //tant qu'on a des tokens
      
      
      if(cpt==nombreDeTokenPourArriverALaPremiereColonneAStocker){
        valeurCol1 = (int)Integer.parseInt((String)st.nextToken());
        valeurCol2 = (int)Integer.parseInt((String)st.nextToken());
        valeurCol3 = (int)Integer.parseInt((String)st.nextToken());
        valeurCol4 = (int)Integer.parseInt((String)st.nextToken());
  }
   cpt++;
   st.nextToken();
}

c'est fait vite fait, tu devra caster le token selon son type et pas qu'en int comme j'ai fais ! et peut etre que le parseInt ne marche pas ^^