Discussion :

[lilybambina]

Bonjour à tous,

Je suis en M2 recherche Bioinfo, et je débute en Perl (*le contexte est posé* )

J'aimerais automatiser des requête à partir de numéro gi, pour récupérer des fiches GenPept, et d'après ce que j'ai pu lire, je dois pouvoir le faire grâce à Bioperl.

Y'a t'il besoin d'installer autre chose que la version "de base" de bioperl?

Merci pour votre aide, et désolée si la question parait bête

[stoyak]

il faut que tu cherches dans BioPerl le module qui te serait utile .... à voir aussi s'il ne sera pas plus facile pour toi d'écrire ton propre script (au vu de ce que tu écris, je pense que c'est relativement facile)

[lilybambina]

à voir aussi s'il ne sera pas plus facile pour toi d'écrire ton propre script (au vu de ce que tu écris, je pense que c'est relativement facile

J'ai bien pensé à développer un petit script mais j'ai l'impression qu'on ne peut pas lancer de requêtes dans Batch Entrez autrement que par l'interface web, je me trompe??
Encore une fois, désolée si ma question est bête, je débute en programmation

[stoyak]

regarde le module LWP ... tu peux récupérer des pages web distantes et parser les résultats pour récupérer ce qui t'intéresse.
j'ai déjà fait ce genre de scripts ... si t'as besoin je te mettrai un exemple

[Gardyen]

hum est ce que ce genre de script ne te serait pas utile ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
 
use Bio::Perl;
use Data::Dumper; # pas nécessaire, affiche juste l'objet
 
my $seq_object = get_sequence('genpept',"AAR29049");
 
print Dumper $seq_object;

récupéré dans le tutorial bioperl

[Tygrou]

et comme ça ? :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
 
use Bio::DB::GenPept;
 
@liste_id = ('id1','id2'); # ta liste d'ID
 
foreach $id(@liste_id) {
 
    $gb = new Bio::DB::GenPept;
    $seq = $gb->get_Seq_by_id($id); # Unique ID
 
}

et donc pour répondre a ta question la version de base de BioPerl devrait suffir