Discussion :

[crochepatte]

Bonjour,

J'aimerai avoir vos conseils concernant la gestion d'images dans le domaine de la bioinformatique.
En effet, je pense que dans le monde de la bioinformatique, il arrive fréquemment de devoir représenter des séquences, avec diverses informations (genes, structures particulieres, exons...), ou encore d'autres schémas...

Comment gérer vous cette création de ces images?
Pour ma part, je travaille essentiellement sur des logiciels CGI/Perl, j'ai du parfois, à l'instart du Blast de NCBI, créer des images à partir de tableau HTML d'images...Je ne trouve desormais plus cette solution satisfaisante et aimerai avoir vos conseils...

Merci par avance...

[stoyak]

alors, je travaille sous Mac OS X, je fais de la bioinfo, et j'ai déjà dû gérer des images pour des applis que je développe!!
je te conseille d'utiliser Image::Magick

PerlMagick is an objected-oriented Perl interface to ImageMagick. Use the module to read, manipulate, or write an image or image sequence from within a Perl script. This makes it very suitable for Web CGI scripts. You must have ImageMagick 6.2.0 or above and Perl version 5.005_02 or greater installed on your system for either of these utilities to work.

module image::magick
site Image Magick

Il te faut installer ghostscript, les fonts de ghostscript, Image Magick et le module perl image::magick ... fais 1 tour sur les différents sites. y'a pas mal de choses à installer, ça peut être assez laborieux.
si t'as besoin d'autres conseils, hésite pas!

[crochepatte]

Je viens juste de l'installer, et ca a l'air de fonctionner...
Par contre je n'ai pas eu a installer gostscript...Pourquoi j'aurai du l'installer?

Merci...
PS: je travaille sous MAC OS X aussi

[stoyak]

ghostscript, c'est pour le cas où tu dois traiter des fichiers pdf .. si ce n'est pas ton cas, alors oui, inutile de l'installer!!

[crochepatte]

Ok...

Juste une autre question...Mise à part sur le site de ImageMagik
http://www.imagemagick.org/script/perl-magick.php

Existe t'il une autre doc plus complete avec de meilleurs exemples?
Par exemple, l''utilisation de la fonction 'Draw' peut tenir compte de plein de parametres différents, mais on ne sait pas a quoi il correspondent... ???
Autre exemple, le format "geometry", signifie quoi exactement... ???

Plein de details assez frustrant puisqu'on ne peut utiliser au final qu'une petite partie de ce que semble nous offrir l'interface PerlMagick !!!

[djibril]

c'est la doc la plus complete, as toi de bien lire, faire des tests. c'est peut etre pas evident, mais c'est ainsi.
sinon sur le site un un exemple.pl, tu peux t'en inspirer : http://www.imagemagick.org/script/examples.php

courage.