[Perl et R] rejet des arguments

**VinnieMc** · 21/01/2007, 15h27

Bonjour, j'ai un script dans lequel je fais une comparaison entre les éléments de deux tableaux, un à un, et stoque les indices des élements dans deux autres tableaux, jusque là tout va bien, puis je fais un appel à la fonction system() pour lancer le langage R http://www.r-project.org/avec comme arguments les deux tableaux avec les indices que j'utilise comme vecteurs avec la foncton R plot(). Le problème c'est que les arguments ne sont pas pris en compte j'obtiens ce message; puis R est lancé.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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C:\Documents and Settings\nom\Bureau>perl -w SIMR.pl
ARGUMENT 'abs <- c (0 1 2 3 4 5 6 7 8 9)' __ignored__
 
ARGUMENT 'ord <- c (0 1 2 3 4 5 6 7 8 9)' __ignored__
 
ARGUMENT 'plot(abs,ord)' __ignored__

Mon code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @tab_1=('un','deux','trois','quatre','cinq','six','sept','huit','neuf','dix');
my @tab_2=('un','deux','trois','quatre','cinq','six','sept','huit','neuf','dix');
 
my @vec_abs=();
my @vec_ord=();
 
for($i=0;$i<@tab_1;$i++){
	if ($tab_1[$i] eq $tab_2[$i]){
		push(@vec_abs,$i);
		push(@vec_ord,$i);
		}
	}
 
system("R", "abs <- c (@vec_abs)","ord <- c (@vec_ord)","plot(abs,ord)");

**pospos** · 21/01/2007, 15h56

quand un array perl est mis entre guillemet ses elements sont joints par des espaces (par defaut, si on a pas changé la valeur de la variable speciale $")

donc par exemple dans ton code cette chaine:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @vec_abs = (1, 2, 3); # par exemple;
print "abs <- c (@vec_abs)"

donnera ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

abs <- c(1 2 3)

mais je suppose que tu veux que tes elements soient separés par une virgule (je suppose, je ne connais pas la syntaxe de ligne de commande de R)

donc utilise join() (mieux vaut ne pas bidouiller avec la variable $" si l'on ne sait pas maitriser sa portée) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @vec_abs = (1, 2, 3); # par exemple;
my $arg1 = "abs <- c (". join(",", @vec_abs). ")";
print $arg1

ce qui te donnera

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

abs <- c(1,2,3)

mais bon dans tous les cas je te conseil plutot d'utilise le wrapper R pour perl qu'on peu trouver sur CPAN :
http://search.cpan.org/~gmpassos/Statistics-R/

ou alors le module RSPerl qu'on ne trouve pas sur CPAN, si tu es sou linux (mais visiblement non)

**VinnieMc** · 21/01/2007, 21h08

Merci Pospos, j'ai installé statistics-R, mais lorsque j'utilise la fonction plot() avec R il m'affiche un graphique, alors que lorsque je passe par un scrit Perl il n'affiche rien:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  use Statistics::R ;
 
  my $R = Statistics::R->new() ;
 
  $R->startR ;
 
  $R->send(q`postscript("file.ps" , horizontal=FALSE , width=500 , height=500 , pointsize=1)`) ;
  $R->send(q`plot(c(1, 5, 10), type = "l")`) ;
 
  my $ret = $R->read ;
 
  print $ret;
 
  $R->stopR() ;

**pospos** · 21/01/2007, 21h52

désolé je ne peux pas t'aider pour ca, je n'ai jamais utilisé ce module (ni R).
Mais je connais kk1 qui utilise perl et R tous les jours (je ne sais pas si il utilise ce module) donc je lui demande et je te tiens au courant dans la semaine.