Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,


J'ai dans une base MySQL, 50335 séquence dont la longueur moyenne est de 574 nucléotides et qui représentent 49241 organismes distincts.

J'aimerais y trouver une sonde un maximum conservée de 20-25 nucléotides. Quelle serait la meilleure approche. Connaissez-vous un programme pouvant m'aider?

J'ai pensé faire une DB blast de mes 50335 séquences, d'utiliser des morceaux de séquences de 20-25 nucléotides comme query et de rechercher les meilleures candidates. Dans un premier temps, je vais dégrossir le travail en utilisant des expreg afin de rechercher les motifs les plus conservés. Ensuite, je rechercherai via blast, les sondes qui ne s'appartient pas parfaitement mais suffisamment que pour espérer qu'elles se fixent et peut-être envisager de dégénérer quelques nucléotides de la sonde.


Avez-vous des conseils à me donner?

Merci beaucoup,

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Rien ne vaut un soft qui fait le boulot a partir d'un fichier fasta.
Je bosse aussi sur de la conception de sondes uniques ou generales.

Mon approche a été la suivante : recherche de toutes les sondes possibles (YODA modifié). Aligmenent de chacune de ces sondes sur tous mes genomes, en tenant compte jusqu'a 4 missmatch (seqmap).
Parsing des resultats et insertion dans une base de donnée, dans 2 tables :
une table comprenant toutes les sondes uniques avec leurs infos (%gc, Tm, séquence de la sonde), et une autre table comportant les cibles de ces sondes (accession de la cible, id de la sonde, position, nombre de missmatch).

Je me retrouve a inserer 800 000 sondes différentes dans ma bdd, pour plus de 20 000 000 cibles (donc jusqu'a 4 mismatchs).

Maintenant, je ne fais que des requetes sql pour selectionner tout ce dont j'ai besoin : unique ou generale, avec ou sans missmatch, au Tm demandé

Z.

[Jasmine80]

Merci beaucoup pour le tuyau. Je ne connais pas le software YODA, je vais y regarder cela de plus près.

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C'est en java, et c'est bien codé. Très agreable a modifier !
Il est open source ET le code est dispo.
C'est lourd ces gens qui developpent des trucs open source, mais ou il faut envoyer un mail pour demander les sources. Ils repondent jamais et on peut rien faire !!

Z.
PS : je vais essayer de venir regulierement ici. Ca serait cool un forum vivant de bioinfo

[Jasmine80]

C'est en java, et c'est bien codé. Très agreable a modifier !
Il est open source ET le code est dispo.
C'est lourd ces gens qui developpent des trucs open source, mais ou il faut envoyer un mail pour demander les sources. Ils repondent jamais et on peut rien faire !!

Oui, mais ne connaissant pas JAVA, le code source ne me serait pas utile.

PS : je vais essayer de venir regulierement ici. Ca serait cool un forum vivant de bioinfo

Génial, un membre de plus dans la bioinfo, ça serait très chouette.

[Zwiter]

je connaissais pas 'vraiment' JAVA avant de mettre la souris la dedans.
Il faut uniquement te dire que c'est de la poo. Les objets sont bien choisis, les methodes avec des noms simples, et ces dernieres sont regroupé en plusieurs fichiers pour encore plus de clareté.
Apres, il en existe d'autre. Mais pour obtenir le code source, bon courage !

Pour ma part : je voulais une liste de sonde complete, pour realiser ma propre selection en fonction des criteres, qui varient sans cesse.
A terme, nous devrions avoir une interface CGI pour specifier les critères et recuperer la ou les sondes demandées.

Tu pourras me dire le soft que tu choisiras ? Je suis interessé de savoir ton choix, et pq

Petit avis sans rapport avec ce fil de discution :
Je trouve ca tres arbitraire que la section bioinfo se retrouve dans Perl. Bien heureusement, nous avons d'autres langages et outils
Je trouve donc tout a fait normal de discuter de sql, Perl, java, linux, blast (sans perl, le prog brut)... dans cette section.

Z.

[Jasmine80]

J'ai essayé d'installer YODA. Le fichier de procédures XTENDPRC, celui des données XTENDDAT, je vais les garder par défaut. Il est indiqué dans l'aide que XTEND a besoin d'une série de paramètres 'Procedure Specifications Browse Mode' ce fichier renseigne les préfixes et noms des procédures ainsi que les variables globales ... je suppose que je ne dois y toucher que si je veux créer une nouvelle procédure, est-ce bien cela?

Ensuite, quand je veux créer l'ODBC, je n'ai pas accès au pilote M204od32.dll, est-il fourni automatiquement? Dois-je l'installer? Dois-je le télécharger? Dans l'aide, il est indiqué qu'il faut utiliser 'CCA's Connect'.

Une dernière question YODA est prévu pour Windows 95 et 98 mais j'ai XP, cela peut-il fonctionner malgré tout?


Merci pour ton aide.

[Zwiter]

YODA est en java. Je ne comprends donc pas de quoi tu me parles car il n'y a rien a installer.
Voici le site sur lequel on peut l'obtenir :
http://pathport.vbi.vt.edu/YODA/

Z.

[Jasmine80]

Je viens de terminer l'article parlant de Yoda, ça parait vraiment bien.
J'ai maintenant le fichier.jar, me suffit-il de l'extraire?


Merci pour ton aide.

[Zwiter]

c'est du java, donc faut que tu aies java d'installer sur ton pc, puis que tu executes le fichier YODA.jar.
Ton fichier est un jar donc faut ajouter l'argument -jar : java -jar YODA.jar -help

Z.

[Jasmine80]

Cela fonctionne merci pour ton aide. Fais-tu tout en ligne de commandes, sans interface graphique?