pb lecture de fichier

**P'tite Nélodie** · 12/10/2006, 16h52

Bonjour,
dans le cadre d'un projet , je dois lire un fichier texte et récupérer certaines informations.
Mon fichier à traiter possède ce format là :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>Sequence 1
cccaaaaccactcaaaccattactcaaaccccaattcccaatatcgtcaa
tcaaacaacggcaacagaactagtaacccgtttaaagataataaaacaaa
>Sequence 2
ttatgggctacacaacatagaagaagaaaaactcacccaacactgcctta
ccaacttaaattttcaggcacccgcctcaggaacccaacaggatacataa
>sequence 3
atcctaccacacatgcaacatcccttccatacataactctaaacctccaa
caaaaattccctttatcatttcttatcgatacaggatccaataactcctt
>Sequence 4
cattgacccagaatctgcaaaccaactagagtgcacaattctaccaacat
ccacttcaattacaacagcattaaatagtttcaaaattgaagaaaaggca
atattcccaatgccacccgagttcaaaaccgaaggtcaaattaccctact

Je lis une première fois mon fichier afin de compter le nombre de séquences qu'il contient ( je compte les lignes commençant par >).Puis je ferme le fichiers. Je créé un tableau de chaines de caractères ayant la taille nécessaire. Je réouvre mon fichier et je récupère que les lignes différentes de >.... et je les stocke dans mon tableau.
Le problème c'est je ne peux pas réouvrir une seconde fois mon fichier, et cela même si je l'ai bien fermé. J'ai une erreur d'exécution " segmentation fault" ou alors "bus error" ( je l'ai testé sous un autre pc).
Voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include <stdio.h>
#include <string.h>
/* Nom : lecturefasta.c */
/* Date  : 12 octobre 2006 */
/* But : lecture d'un fichier fasta et récupération des séquences */
 
main(){
FILE* fichier_entree;
char* ligne; 
char* sequence="";
/* initialisation de la séquence */
 
int nbseq=0;
/* Ouverture en lecture seulement du fichier à traiter */
fichier_entree = fopen("fasta.txt","r");
/* Parcours du fichier jusqu'à la fin */
while(!feof(fichier_entree)){
   /* lecture ligne par ligne*/
 
   ligne=fgets(ligne,1000,fichier_entree);
   /* Traitement des lignes si ce n'est pas la fin du fichier */
   if (ligne!=NULL){
   	  /* détection d'une ligne de commetaire */
  	  if(strchr(ligne,'>')!=NULL){
	      nbseq++;
          printf("Ligne de commentaire\n");	
      }else{
	      printf("Séquence\n");
      }
   }
   //printf("ligne : %s \n",ligne);
}
printf("Le fichier contient %d sequence\n",nbseq);
/* Fermeture du fichier */
fclose(fichier_entree);
  nbseq=0;
/* Ouverture en lecture seulement du fichier à traiter */
fichier_entree = fopen("fasta.txt","r");
/* Parcours du fichier jusqu'à la fin */
while(!feof(fichier_entree)){
   /* lecture ligne par ligne*/
 
   ligne=fgets(ligne,1000,fichier_entree);
   /* Traitement des lignes si ce n'est pas la fin du fichier */
   if (ligne!=NULL){
   	  /* détection d'une ligne de commetaire */
  	  if(strchr(ligne,'>')!=NULL){
	      nbseq++;
          printf("Ligne de commentaire\n");	
      }else{
	      printf("Séquence\n");
      }
   }
   //printf("ligne : %s \n",ligne);
}
printf("Le fichier contient %d sequence\n",nbseq);
/* Fermeture du fichier */
fclose(fichier_entree);	 
}

ce code ne récupère pas les séquences à la deuxième lecture, c'est juste un fichier test qui fait deux lecture à suite.
Si je fais une seule lecture tout fonctionne correctement , enfin chez moi , mais deux lecture de fichiers à la suite non ...

pouvez vous me dire pourquoi et comment résoudre ce problème?
merdi d'avance.

**Faiche** · 12/10/2006, 16h59

Si c'est le même fichier que tu lis les deux fois, plutot que de le fermer et de le réouvrir, fait un fseek a la position de départ (me souvient plus de la syntaxe exacte)

**Emmanuel Delahaye** · 12/10/2006, 18h39

Envoyé par Faiche

Si c'est le même fichier que tu lis les deux fois, plutot que de le fermer et de le réouvrir, fait un fseek a la position de départ (me souvient plus de la syntaxe exacte)

rewind(fp);

**telliam** · 12/10/2006, 17h02

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include <stdio.h>
#include <string.h>
/* Nom : lecturefasta.c */
/* Date  : 12 octobre 2006 */
/* But : lecture d'un fichier fasta et récupération des séquences */
 
main(){
FILE* fichier_entree;
char* ligne; 
char* sequence="";
/* initialisation de la séquence */
 
int nbseq=0;
/* Ouverture en lecture seulement du fichier à traiter */
fichier_entree = fopen("fasta.txt","r");
/* Parcours du fichier jusqu'à la fin */
while(!feof(fichier_entree)){
   /* lecture ligne par ligne*/
 
   ligne=fgets(ligne,1000,fichier_entree);
   /* Traitement des lignes si ce n'est pas la fin du fichier */
   if (ligne!=NULL){
   	  /* détection d'une ligne de commetaire */
  	  if(strchr(ligne,'>')!=NULL){
	      nbseq++;
          printf("Ligne de commentaire\n");	
      }else{
	      printf("Séquence\n");
      }
   }
   //printf("ligne : %s \n",ligne);
}
printf("Le fichier contient %d sequence\n",nbseq);
/* Fermeture du fichier */
fclose(fichier_entree);
  nbseq=0;
/* Ouverture en lecture seulement du fichier à traiter */
fichier_entree = fopen("fasta.txt","r");
/* Parcours du fichier jusqu'à la fin */
while(!feof(fichier_entree)){
   /* lecture ligne par ligne*/
 
   ligne=fgets(ligne,1000,fichier_entree);
   /* Traitement des lignes si ce n'est pas la fin du fichier */
   if (ligne!=NULL){
   	  /* détection d'une ligne de commetaire */
  	  if(strchr(ligne,'>')!=NULL){
	      nbseq++;
          printf("Ligne de commentaire\n");	
      }else{
	      printf("Séquence\n");
      }
   }
   //printf("ligne : %s \n",ligne);
}
printf("Le fichier contient %d sequence\n",nbseq);
/* Fermeture du fichier */
fclose(fichier_entree);	 
}

tu n'as pas alloué de mémoire pour la variable ligne, tu dois faire un

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ligne = (char*)malloc(1000);

apres sa déclaration.

**Faiche** · 12/10/2006, 17h05

ou char ligne[1000]

**theshark85** · 12/10/2006, 17h11

Oui mais vu que la variable ligne est déclarée en pointeur, il faut lui allouer de la mémoire.

ligne = (char*)malloc(1000);

**telliam** · 12/10/2006, 17h15

Envoyé par theshark85

Oui mais vu que la variable ligne est déclarée en pointeur, il faut lui allouer de la mémoire.

ligne = (char*)malloc(1000);

Et bien sur ne pas oublier de désallouer la mémoire en fin de programme !!

**theshark85** · 12/10/2006, 17h17

Oui bien sur, on fait toujours le ménage quand on part.

**homeostasie** · 12/10/2006, 17h22

Envoyé par theshark85

Oui mais vu que la variable ligne est déclarée en pointeur, il faut lui allouer de la mémoire.

ligne = (char*)malloc(1000);

Pas besoin de faire un cast en (char*) car la fonction malloc() renvoie un pointeur non typé (void *).

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ligne = malloc(1000 * sizeof(char));

**Faiche** · 12/10/2006, 17h25

En fait si on compile avec visual il faut caster. Alors je ne sais pas si c'est le c++ ou juste visual, mais voila, la syntaxe est justifiable :p

Notez qu'avec un char[1000] on alloue pas et on ne free pas.

**telliam** · 12/10/2006, 17h25

Envoyé par homeostasie

Pas besoin de faire un cast en (char*) car la fonction malloc() renvoie un pointeur non typé (void *).

void n'est pas mon ami,alors des que je peux le faire disparaitre

**Emmanuel Delahaye** · 12/10/2006, 18h41

Envoyé par P'tite Nélodie

Voici mon code :

Déjà, ce code m'inquiète :

Code :

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Project   : Forums
Compiler  : GNU GCC Compiler (called directly)
Directory : C:\dev\forums\
--------------------------------------------------------------------------------
Switching to target: default
Compiling: main.c
main.c:7: warning: return type defaults to `int'
main.c: In function `main':
main.c:10: warning: unused variable `sequence'
main.c:59: warning: control reaches end of non-void function
main.c:9: warning: 'ligne' might be used uninitialized in this function
Linking console executable: C:\dev\forums\forums.exe
Process terminated with status 0 (0 minutes, 5 seconds)
0 errors, 4 warnings

Ton code corrigé et commenté (-ed-)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include <stdio.h>
#include <string.h>
/* Nom : lecturefasta.c */
/* Date  : 12 octobre 2006 */
/* But : lecture d'un fichier fasta et récupération des séquences */
 
/* -ed-
main ()
 
En C99, le type retourne doit etre explicite. */
int main (void)
{
   /* -ed- il est preferable d'avoir une definition unique et
      separee de ce genre d'info */
#define FNAME "fasta.txt"
 
#if 0                           /* -ed- */
   FILE *fichier_entree;
 
   char *ligne;
 
   char *sequence = "";
 
/* initialisation de la séquence */
   int nbseq = 0;
 
   /* -ed- La portee de ces variable est trop grande.
      Le code est difficile a lire. */
#endif
 
 
/* Ouverture en lecture seulement du fichier à traiter */
   FILE *fichier_entree = fopen (FNAME, "r");
 
   /* -ed- fopen() peut echouer */
   if (fichier_entree != NULL)
   {
/* Parcours du fichier jusqu'à la fin */
/* -ed-
      while (!feof (fichier_entree))
      {
         ligne = fgets (ligne, 1000, fichier_entree);
Ce n'est pas du tout comme ca que l'on lit un fichier texte.
feof() ne fait pas ce que tu crois. Il faut tester la valeur
retournee par la fonction de lecture. C'est aussi ici qu'il
faut definir correctement la ligne et le compteur de sequences.
 
*/
/* initialisation de la séquence */
      int nbseq = 0;
      char ligne[1000];
 
      while (fgets (ligne, sizeof ligne, fichier_entree) != NULL)
      {
         /* Traitement des lignes si ce n'est pas la fin du fichier */
         /* -ed- inutile
            if (ligne != NULL)
            {
          */
         /* détection d'une ligne de commetaire */
         if (strchr (ligne, '>') != NULL)
         {
            nbseq++;
            printf ("Ligne de commentaire\n");
         }
         else
         {
            printf ("Séquence\n");
         }
         /* -ed- inutile
            }
          */
         //printf("ligne : %s \n",ligne);
      }
      printf ("Le fichier contient %d sequence\n", nbseq);
/* Fermeture du fichier */
/* -ed- inutile
      fclose (fichier_entree);
      */
      nbseq = 0;
/* Ouverture en lecture seulement du fichier à traiter */
/* -ed- inutile
      fichier_entree = fopen ("fasta.txt", "r");
      */
/* -ed( ajoute */
      rewind (fichier_entree);
 
/* Parcours du fichier jusqu'à la fin */
         /* lecture ligne par ligne */
      while (fgets (ligne, sizeof ligne, fichier_entree) != NULL)
      {
 
            /* détection d'une ligne de commetaire */
            if (strchr (ligne, '>') != NULL)
            {
               nbseq++;
               printf ("Ligne de commentaire\n");
            }
            else
            {
               printf ("Séquence\n");
            }
         //printf("ligne : %s \n",ligne);
      }
      printf ("Le fichier contient %d sequence\n", nbseq);
 
/* Fermeture du fichier */
      fclose (fichier_entree);
   }
   else
   {
      perror (FNAME);
   }
 
   /* -ed- parce que main() retourne un int. */
   return 0;
}

En sortie :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Ligne de commentaire
SÚquence
Ligne de commentaire
SÚquence
Ligne de commentaire
SÚquence
Ligne de commentaire
SÚquence
Le fichier contient 4 sequence
Ligne de commentaire
SÚquence
Ligne de commentaire
SÚquence
Ligne de commentaire
SÚquence
Ligne de commentaire
SÚquence
Le fichier contient 4 sequence
 
Press ENTER to continue.

pb lecture de fichier

C

Vue hybride

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