pb lecture de fichier

**P'tite Nélodie** · 12/10/2006, 16h52

Bonjour,
dans le cadre d'un projet , je dois lire un fichier texte et récupérer certaines informations.
Mon fichier à traiter possède ce format là :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>Sequence 1
cccaaaaccactcaaaccattactcaaaccccaattcccaatatcgtcaa
tcaaacaacggcaacagaactagtaacccgtttaaagataataaaacaaa
>Sequence 2
ttatgggctacacaacatagaagaagaaaaactcacccaacactgcctta
ccaacttaaattttcaggcacccgcctcaggaacccaacaggatacataa
>sequence 3
atcctaccacacatgcaacatcccttccatacataactctaaacctccaa
caaaaattccctttatcatttcttatcgatacaggatccaataactcctt
>Sequence 4
cattgacccagaatctgcaaaccaactagagtgcacaattctaccaacat
ccacttcaattacaacagcattaaatagtttcaaaattgaagaaaaggca
atattcccaatgccacccgagttcaaaaccgaaggtcaaattaccctact

Je lis une première fois mon fichier afin de compter le nombre de séquences qu'il contient ( je compte les lignes commençant par >).Puis je ferme le fichiers. Je créé un tableau de chaines de caractères ayant la taille nécessaire. Je réouvre mon fichier et je récupère que les lignes différentes de >.... et je les stocke dans mon tableau.
Le problème c'est je ne peux pas réouvrir une seconde fois mon fichier, et cela même si je l'ai bien fermé. J'ai une erreur d'exécution " segmentation fault" ou alors "bus error" ( je l'ai testé sous un autre pc).
Voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include <stdio.h>
#include <string.h>
/* Nom : lecturefasta.c */
/* Date  : 12 octobre 2006 */
/* But : lecture d'un fichier fasta et récupération des séquences */
 
main(){
FILE* fichier_entree;
char* ligne; 
char* sequence="";
/* initialisation de la séquence */
 
int nbseq=0;
/* Ouverture en lecture seulement du fichier à traiter */
fichier_entree = fopen("fasta.txt","r");
/* Parcours du fichier jusqu'à la fin */
while(!feof(fichier_entree)){
   /* lecture ligne par ligne*/
 
   ligne=fgets(ligne,1000,fichier_entree);
   /* Traitement des lignes si ce n'est pas la fin du fichier */
   if (ligne!=NULL){
   	  /* détection d'une ligne de commetaire */
  	  if(strchr(ligne,'>')!=NULL){
	      nbseq++;
          printf("Ligne de commentaire\n");	
      }else{
	      printf("Séquence\n");
      }
   }
   //printf("ligne : %s \n",ligne);
}
printf("Le fichier contient %d sequence\n",nbseq);
/* Fermeture du fichier */
fclose(fichier_entree);
  nbseq=0;
/* Ouverture en lecture seulement du fichier à traiter */
fichier_entree = fopen("fasta.txt","r");
/* Parcours du fichier jusqu'à la fin */
while(!feof(fichier_entree)){
   /* lecture ligne par ligne*/
 
   ligne=fgets(ligne,1000,fichier_entree);
   /* Traitement des lignes si ce n'est pas la fin du fichier */
   if (ligne!=NULL){
   	  /* détection d'une ligne de commetaire */
  	  if(strchr(ligne,'>')!=NULL){
	      nbseq++;
          printf("Ligne de commentaire\n");	
      }else{
	      printf("Séquence\n");
      }
   }
   //printf("ligne : %s \n",ligne);
}
printf("Le fichier contient %d sequence\n",nbseq);
/* Fermeture du fichier */
fclose(fichier_entree);	 
}

ce code ne récupère pas les séquences à la deuxième lecture, c'est juste un fichier test qui fait deux lecture à suite.
Si je fais une seule lecture tout fonctionne correctement , enfin chez moi , mais deux lecture de fichiers à la suite non ...

pouvez vous me dire pourquoi et comment résoudre ce problème?
merdi d'avance.

**Faiche** · 12/10/2006, 16h59

Si c'est le même fichier que tu lis les deux fois, plutot que de le fermer et de le réouvrir, fait un fseek a la position de départ (me souvient plus de la syntaxe exacte)

**telliam** · 12/10/2006, 17h02

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include <stdio.h>
#include <string.h>
/* Nom : lecturefasta.c */
/* Date  : 12 octobre 2006 */
/* But : lecture d'un fichier fasta et récupération des séquences */
 
main(){
FILE* fichier_entree;
char* ligne; 
char* sequence="";
/* initialisation de la séquence */
 
int nbseq=0;
/* Ouverture en lecture seulement du fichier à traiter */
fichier_entree = fopen("fasta.txt","r");
/* Parcours du fichier jusqu'à la fin */
while(!feof(fichier_entree)){
   /* lecture ligne par ligne*/
 
   ligne=fgets(ligne,1000,fichier_entree);
   /* Traitement des lignes si ce n'est pas la fin du fichier */
   if (ligne!=NULL){
   	  /* détection d'une ligne de commetaire */
  	  if(strchr(ligne,'>')!=NULL){
	      nbseq++;
          printf("Ligne de commentaire\n");	
      }else{
	      printf("Séquence\n");
      }
   }
   //printf("ligne : %s \n",ligne);
}
printf("Le fichier contient %d sequence\n",nbseq);
/* Fermeture du fichier */
fclose(fichier_entree);
  nbseq=0;
/* Ouverture en lecture seulement du fichier à traiter */
fichier_entree = fopen("fasta.txt","r");
/* Parcours du fichier jusqu'à la fin */
while(!feof(fichier_entree)){
   /* lecture ligne par ligne*/
 
   ligne=fgets(ligne,1000,fichier_entree);
   /* Traitement des lignes si ce n'est pas la fin du fichier */
   if (ligne!=NULL){
   	  /* détection d'une ligne de commetaire */
  	  if(strchr(ligne,'>')!=NULL){
	      nbseq++;
          printf("Ligne de commentaire\n");	
      }else{
	      printf("Séquence\n");
      }
   }
   //printf("ligne : %s \n",ligne);
}
printf("Le fichier contient %d sequence\n",nbseq);
/* Fermeture du fichier */
fclose(fichier_entree);	 
}

tu n'as pas alloué de mémoire pour la variable ligne, tu dois faire un

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ligne = (char*)malloc(1000);

apres sa déclaration.

**Faiche** · 12/10/2006, 17h05

ou char ligne[1000]

**theshark85** · 12/10/2006, 17h11

Oui mais vu que la variable ligne est déclarée en pointeur, il faut lui allouer de la mémoire.

ligne = (char*)malloc(1000);

**telliam** · 12/10/2006, 17h15

Envoyé par theshark85

Oui mais vu que la variable ligne est déclarée en pointeur, il faut lui allouer de la mémoire.

ligne = (char*)malloc(1000);

Et bien sur ne pas oublier de désallouer la mémoire en fin de programme !!

**theshark85** · 12/10/2006, 17h17

Oui bien sur, on fait toujours le ménage quand on part.

**homeostasie** · 12/10/2006, 17h22

Envoyé par theshark85

Oui mais vu que la variable ligne est déclarée en pointeur, il faut lui allouer de la mémoire.

ligne = (char*)malloc(1000);

Pas besoin de faire un cast en (char*) car la fonction malloc() renvoie un pointeur non typé (void *).

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ligne = malloc(1000 * sizeof(char));

**Faiche** · 12/10/2006, 17h25

En fait si on compile avec visual il faut caster. Alors je ne sais pas si c'est le c++ ou juste visual, mais voila, la syntaxe est justifiable :p

Notez qu'avec un char[1000] on alloue pas et on ne free pas.

**telliam** · 12/10/2006, 17h25

Envoyé par homeostasie

Pas besoin de faire un cast en (char*) car la fonction malloc() renvoie un pointeur non typé (void *).

void n'est pas mon ami,alors des que je peux le faire disparaitre

**P'tite Nélodie** · 12/10/2006, 17h33

Mise à part cette allocation dynamique de ma variable ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ligne =(char*)malloc(sizeof(char)*100);

, ainsi que l'utilisation d'un joli free à la fin du programme, j'ai toujours une erreur de ségmentation à la deuxième lecture du fichier et cela malgrè l'utilisation de fseek dont j'ai vérifié la syntaxe:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

fseek(fichier_entree,0,SEEK_SET);

**Faiche** · 12/10/2006, 17h42

ah, si c'est un seg fault c'est plus pareil !

Dans ces cas la, il faut utiliser un debuggeur (gdb est le plus simple) : tu compiles avec l'option -g, et tu lances gdb <ton_prog> et ensuite tu fais run <args>

Quand le programme se prends le segfault, gdb te donne la ligne, et tu peux connaitre les valeurs avec p <variable>

ps : et je sais que c'est indigne de ma part de demander un truc pareil, mais t as bien viré les fclose et fopen du milieu quand t as mis le fseek hein ?

EDIT: oui en fait c'est pas que c'est plus pareil, mais que j'avais pas vu au début qu'il y avait un segfault :p

**telliam** · 12/10/2006, 17h45

Envoyé par P'tite Nélodie

Mise à part cette allocation dynamique de ma variable ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ligne =(char*)malloc(sizeof(char)*100);

, ainsi que l'utilisation d'un joli free à la fin du programme, j'ai toujours une erreur de ségmentation à la deuxième lecture du fichier et cela malgrè l'utilisation de fseek dont j'ai vérifié la syntaxe:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

fseek(fichier_entree,0,SEEK_SET);

ajoute un test sur tes fopen pour tester si ta variable fichier_entree n'est pas null ( cela peut arriver si tu as pas le fichier fasta.txt dans le bon repertoire), et dans ce cas la tu auras une segfault avec le eof

**P'tite Nélodie** · 12/10/2006, 17h46

oui quand même je sais bien que je suis une fille mais je ne suis pas bête !!
en fait , j'ai fait plein de printf dans mon code pour savoir après quelle instruction ça plante et je sais que c'est au niveau de la fonction fgets dans la seconde lecture

**telliam** · 12/10/2006, 17h52

Envoyé par P'tite Nélodie

oui quand même je sais bien que je suis une fille mais je ne suis pas bête !!

Aucun de nous a fait preuve de sexisme, et qd tu recherches un bug, meme les trucs les plus simples doivent etre vérifiés.
D'autre part, on t'aide alors ne nous dénigre pas trop.
autre point, j'ai compilé ton prog chez moi et ca marche, le seul cas qui plante est qd le fameux pointeur n'est pas testé!!!!

**theshark85** · 12/10/2006, 17h52

Oui comme vient de le souligner telliam, tu ne test pas si ton fihcier est bien ouvert.

Sinon passe ton programme en mode debug, rien de tel quand tu as des erreurs memoire. Tu essais d'accede a des endroits ou tu n'as pas le droit.

**P'tite Nélodie** · 12/10/2006, 17h53

J'ai suivi ton conseil pour bdg mais je ne suis pas plus avancé car voilà le message que j'obtiens :
"Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
0x77f47bd2 in ntdll!RtAppendStringToString() from ntdll.dll "

Si tu sais à quoi ça correspond , je veux bien ta traduction

**telliam** · 12/10/2006, 17h54

peux-tu nous redonner ton code?

**Faiche** · 12/10/2006, 17h56

tu peux faire la commande bt (backtrace) qui te montre la liste des appels de fonctions, pour voir à quelle occasion cette fonction a été apellée

Sinon, en fonction de l edi avec lequel tu travailles, le mode debug integré te permet de voir dans ton code tous les éléments dont tu a besoin..

**theshark85** · 12/10/2006, 17h58

En gros et en moche, tu tapes pas ou il faut.
Pas tres explicite.

As tu rajouter ce qui t'a ete conseille.
La verification quand tu ouvres tes fichiers pour les fopen.
C'est une base ça, ne jamais oublié de teste.
Sinon pour moi, le code que j'ai lu, tu fais deux fois la même chose, mais pi etre voulu.

Sinon, un bon debug, vaut mieu que des printfs. Car l'erreur peut aussi bien venir d'avant le printf, que apres. Ils peuvent servir, pour localiser le probléme, mais c'est tout.

Stp, peux tu remettre ton code en sautant des lignes, car c'est pas pratique à lire là

pb lecture de fichier

C

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