Discussion :

[jbchagnollaud]

Bonjour à toutes et tous,

Je vous adresse une question de recodage conditionnel sous r car je ne trouve pas la solution.
La base de données présente des patients (plus de 5000) qui suivent un traitement.
Lorsqu'un patient prend le traitement lors d'un mois donnée, la colonne mois est renseignée "1". Lorsqu'il ne reçoit rien, la colonne est renseignée "NA".
Hors, pour certains patients, l'absence de traitement signifie simplement une pause. Le traitement reprendra après.

ID M1 M2 M3 M4 M5 M6
1 NA NA. 1 NA. NA 1
2 1 1 1 1 1 1
3 NA 1 1 1 1 1
4 NA NA 1 NA NA 1
5 NA NA NA NA NA 1

Je voudrais recoder les NA avant le premier traitement ("1) en "0" et les NA après le premier traitement comme des pauses ("p")

ID M1 M2 M3 M4 M5 M6
1 0 0 1 p p 1
2 1 1 1 1 1 1
3 0 1 1 1 1 1
4 0 0 1 p p 1
5 0 0 0 0 0 1

Avez vous une idée de la boucle r qui me permettait de le faire ?
En vous remerciant

[xavier-Pierre]

bonjour , une solution un peu "laborieuse", il doit avoir plus simple

Code :

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library(tidyverse)
 
remplacer_NA <- function(x,y){
  l=str_replace_all(x,"NA","N")
  idx1=str_locate(l,"1")[1,"start"]
  idxNA=y
   if(idx1<idxNA){return("p")}else{"0"}
}
 
 
df=read.csv2("le_df.csv") |>mutate(across(starts_with("M"),as.character)) |> 
  unite("ms",M1:M6,sep="",remove = FALSE) |>
 
pivot_longer(-c(ID,ms),names_to = "mois",values_to = "val") |> 
  group_by(ID) |> mutate(rang=row_number()) |> rowwise() |> 
  mutate(val=ifelse(is.na(val),remplacer_NA(ms,rang),val)) |> 
  select(-ms,-rang) |> 
  pivot_wider(names_from = mois,values_from = val)