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R Discussion :

Installation de packages R dans une image Docker


Sujet :

R

  1. #1
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    Par défaut Installation de packages R dans une image Docker
    Bonjour à toutes et à tous,

    Je tiens tout d'abord à souligner que je suis un grand novice en R. Désolé si ma question est simplette.
    Je lance des calculs avec un code R sur un serveur de calcul. Pour se faire, j'ai un script R qui est chargé dans une image docker qui est ensuite envoyée sur le serveur de calcul. Dans ce script R j'installe des packages, typiquement:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    install.packages("lme4")
    install.packages("dplyr")
    install.packages("Matrix")
    install.packages("parallel")
    install.packages("rsq")
    Et ca fonctionne très bien.

    Par contre, j'ai un soucis avec l'installation d'un autre package:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    install.packages("LongituRF")
    install.packages("caret")
    install.packages("party")
    library("dplyr")
     
    Error in library(LongituRF) : there is no package called ‘LongituRF’
    Execution halted
    A noter que le code fonctionne en local sur ma machine, et que les packages sont bien installés comme ça devrait l'être. Par contre quand j’exécute ce script R via l'image docker sur laquelle il est installé, ca me met cette erreur. Pouvez-vous m'aiguiller? Je ne sais pas trop ou chercher. J'ai essayé d'inclure une URL pour aller chercher le package, par exemple:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    install.packages('LongituRF', dependencies = TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')
    mais sans plus de succès...

    Merci!

  2. #2
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    Par défaut
    J'ai trouvé, c'était une question de dépendance à d'autres packages sous une version de R inférieure à l'actuelle. La solution pour moi a été d'utiliser ces lignes:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    urlPackage <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/randomForest/randomForest_4.6-12.tar.gz"
    install.packages(urlPackage, repos=NULL, type="source") 
    install.packages('LongituRF', dependencies = TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')
    Donc en spécifiant le chemin exact de l'archive dans urlPackage.

    Je marque comme résolu.

+ Répondre à la discussion
Cette discussion est résolue.

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