Discussion :

[figuedi]

Bonjour,

Je récupère un fichier je le met dans un fichier texte, puis je lis le fichier texte ligne à ligne pour copier ce que je veux dans un autre fichier texte, et en fin je recopie et ordonne les informations dans un dernier fichier texte.
Que je finis par mettre dans un fichier csv pour pouvoir le traiter plus facilement.

Alors oui cela fonctionne mais en relisant mon code je me dis que je me suis surement vachement compliqué la tache.

Je me dis également que créer des fichiers tempo pour a chaque fois le lire, et copier les valeurs est surement gourmand en ressource.

Y aurait il un moyen de remplacer l'écriture dans un fichier text pour par exemple le mettre dans un fichier virtuel ou un truc du genre qui serait plus rapidement accessible par python que de lire un fichier txt ?

J'espère avoir été assez clair pour que vous puissiez me donner une piste à creuser.

Merci d'avance

Code :

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fichier_source = open(outputfile, "r")
fichier_destination = open(outputfile_mod, "w")
 
for ligne in fichier_source:
    temp = str(ligne).lstrip()
    if temp[:12] == "(0008, 0104)":
        fichier_destination.write(temp)
    elif temp[:12] == "(0008, 0100)":
        fichier_destination.write(temp)
    elif temp[:12] == "(0040, a30a)":
        fichier_destination.write(temp)
 
fichier_source.close()
fichier_destination.close()

Code :

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fichier_source = open(outputfile_mod, "r")
fichier_destination = open(outputfile_final, "w")
lines = fichier_source.readlines()
 
for i in range(1, len(lines)):
    if lines[i][:12] == "(0040, a30a)":
        # ligne -6 c'est le tagdicom du groupe de la mesure
        tmp = lines[i-6].split("'")
        if tmp[1] == '121410': # code d'une non mesure
            fichier_destination.write(',')
        else:
            fichier_destination.write(tmp[1] + ',')
        # ligne -5 c'est le nom groupe de la mesure
        tmp = lines[i-5].split("'")
        if tmp[1] == 'User chosen value': # valeur text d'une non mesure
            fichier_destination.write(',')
        else:
            fichier_destination.write(tmp[1] + ',')
        # ligne -4 le tag dicom de la mesure
        tmp = lines[i-4].split("'")
        fichier_destination.write(tmp[1] + ',')
        # ligne -3 le nom de la mesure
        tmp = lines[i-3].split("'")
        fichier_destination.write(tmp[1] + ',')
        fichier_destination.write(" ")
        # ligne i la valeur mesurée
        tmp = lines[i].split("'")
        fichier_destination.write(tmp[1] + ',')
        fichier_destination.write(" ")
        # ligne -1 l'unité de mesure
        tmp = lines[i-1].split("'")
        fichier_destination.write(tmp[1])
        fichier_destination.write("\n")
fichier_destination.close()
fichier_source.close()

Code :

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nom_fichier = nom_fichier + '.csv'
with open(outputfile_final, 'r') as in_file:
    stripped = (line.strip() for line in in_file)
    lines = (line.split(",") for line in stripped if line)
    with open(nom_fichier, 'w') as out_file:
        writer = csv.writer(out_file)
        writer.writerow(('code DICOM paramère', 'Nom paramètre',
                         'Code DICOM mesure', 'Valeur mesurée',
                         'Mesure', 'Unité mesure'))
        writer.writerows(lines)
 
# Supprime les fichiers temporaires
os.remove(outputfile)
os.remove(outputfile_mod)
os.remove(outputfile_final)

[Sve@r]

Bonjour

...mais en relisant mon code je me dis que je me suis surement vachement compliqué la tache.

Je confirme !!!

Je me dis également que créer des fichiers tempo pour a chaque fois le lire, et copier les valeurs est surement gourmand en ressource.

Et ne parlons pas des collisions (deux utilisateurs utilisant ton programme en même temps)...

Y aurait il un moyen de remplacer l'écriture dans un fichier text pour par exemple le mettre dans un fichier virtuel ou un truc du genre qui serait plus rapidement accessible par python que de lire un fichier txt ?

Déjà il existe des outils permettant de définir des filesystem en RAM. Sous Linux c'est le type "tmpfs" placé en début de ligne de "/etc/fstab" et sous Windows il y a des outils tels que "ramdisk" et autres. Donc tu écris le fichier sur disque mais en réalité il est en RAM.
Mais sinon pourquoi ne pas stocker directement tes lignes dans un tableau de lignes ? Comme ça tu as tout en RAM. Tu as la fonction readlines() qui fait ça.
Donc tu as tes lignes en RAM que tu peux modifier quand et comme tu veux.

Ou alors tu fais tes 3 étapes sur chaque ligne lue donc durant toute l'exécution tu n'en stockes qu'une seule à la fois et ton programme devient immédiatement plus fluide et plus digeste.

[papajoker]

bonjour

rien compris à tes 3 étapes, pourquoi ne pas en faire qu'une seule ?
J'ai pas forcément compris ton problème, c'est juste un code type

Code :

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block = []
with open("entree.txt", "r") as f_in, with open("sortie.csv", "w") as f_out:
    f_out.write("ton, entete, csv")
    for line in f_in:
        if line[:12] not in ("(0008, 0104)", "(0008, 0100)", "(0040, a30a)"):
            # on ne traite que ces 3 cas
            continue 
 
        block.append(line)
 
        # ps: ? si nous avons 6 lignes dans "block" alors nous pouvons les sauver commme une ligne csv ?
        if len(block) == 6:
 
            # tout ton code no 2
            # ligne -6 c'est le tagdicom du groupe de la mesure
 
            for line in block:
                tableau = line.split("'")
                if tableau[1] in ('121410', 'User chosen value'):
                    tableau[1] = ""
                f_out.write(", ".join(tableau))
            ...
            block = []  # on a traité ces 6 lignes, on attend les 6 prochaines

[wiztricks]

Salut,

J'espère avoir été assez clair pour que vous puissiez me donner une piste à creuser.

C'est vous qui avez choisi ce découpage et de passer par des fichiers texte intermédiaires.
Mais c'est quoi un fichier texte? Une suite de lignes.
Ce qui permet d'écrire:

Code :

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for ligne in fichier_source:
    ...

où les ... sont les traitements à effectuer pour chaque ligne.
Et si on doit appliquer d'autres traitements au résultat de ce premier traitement, on préférera stocker ce résultat dans une liste plutôt que dans un fichier, genre:

Code :

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resultat = []
for ligne in fichier_source:
    u = ligne.lstrip()
    v = u[:12]
    if v ==  "(0008, 0104)" or v == "(0008, 0100)" or v == "(0040, a30a)":
          resultat.append(u)

Puis vous pourriez avoir la bonne idée de faire de ces lignes une fonction qui prenne une suite lignes en paramètre et qui retourne le résultat (qui est aussi une suite de lignes).

Code :

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def f(source):
    resultat = []
    for item in source:
        u = item.lstrip()
        v = u[:12]
        if v ==  "(0008, 0104)" or v == "(0008, 0100)" or v == "(0040, a30a)":
              resultat.append(u)
    return resultat

- W

[figuedi]

En effet c'était très stupide de passer par des fichiers textes

Code :

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di = dcmread(path)
with open(outputfile, 'w') as f:
    f.write(str(di))
 
# récupére les tag dicom intéressant
with open(outputfile, "r") as f:
    temporaire = []
    for ligne in f:
        temp = str(ligne).lstrip()
        if (temp[:12] == "(0008, 0104)" or temp[:12] == "(0008, 0100)" or temp[:12] == "(0040, a30a)"): 
            temporaire.append(temp)

il ne me reste plus qu'a faire pareil pour la seconde partie ordonnancement et export en csv

MErci

[Sve@r]

Et partir directement sur un for ligne in dcmread(path) ça le ferait pas encore mieux ?
PS: inutile de mettre du str() de partout, surtout quand la data est déjà du str...

[figuedi]

si j'enlève le str j'ai une erreur

Traceback (most recent call last):
File "f:\0_Code\Dicom_SR_seul_V2.py", line 20, in <module>
f.write(di)
TypeError: write() argument must be str, not FileDataset

du coup j'ai tenté e coup avec le str et ça à marché

Je vais tenter de le mettre dans une liste comme les autres
en attendant j'ai fini l'arrangement et la conversion en CSV

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di = dcmread(path)
with open(outputfile, 'w') as f:
    f.write(di)
 
# récupére les tag dicom intéressant
with open(outputfile, "r") as f:
    temporaire = []
    for ligne in f:
        temp = str(ligne).lstrip()
        if (temp[:12] == "(0008, 0104)" or temp[:12] == "(0008, 0100)" or temp[:12] == "(0040, a30a)"): 
            temporaire.append(temp)
 
 
# ordonne les infos pour être compréhensible facilement
 
temporaire2 = []
for i in range(1, len(temporaire)):
    if temporaire[i][:12] == "(0040, a30a)":
        # ligne -6 c'est le tagdicom du groupe de la mesure
        tmp = temporaire[i-6].split("'")
        if tmp[1] == '121410': # code d'une non mesure
            temporaire2.append('')
        else:
            temporaire2.append(tmp[1])
        # ligne -5 c'est le nom groupe de la mesure
        tmp = temporaire[i-5].split("'")
        if tmp[1] == 'User chosen value': # valeur text d'une non mesure
            temporaire2.append('')
        else:
            temporaire2.append(tmp[1])
        # ligne -4 le tag dicom de la mesure
        tmp = temporaire[i-4].split("'")
        temporaire2.append(tmp[1])
        # ligne -3 le nom de la mesure
        tmp = temporaire[i-3].split("'")
        temporaire2.append(tmp[1])
        # ligne i la valeur mesurée
        tmp = temporaire[i].split("'")
        temporaire2.append(tmp[1])
        # ligne -1 l'unité de mesure
        tmp = temporaire[i-1].split("'")
        if tmp[1] == 'no units':
            temporaire2.append('')
        else:
            temporaire2.append(tmp[1])
 
# transforme le dernier fichier txt en un CSV pour une meilleur compréhension
nom_fichier = nom_fichier + '.csv'
 
with open(nom_fichier, 'w') as out_file:
    writer = csv.writer(out_file)
    writer.writerow(('code DICOM paramère', 'Nom paramètre',
                     'Code DICOM mesure', 'Valeur mesurée',
                     'Mesure', 'Unité mesure'))
    for i in range(0, len(temporaire2), 6):
        writer.writerow((temporaire2[i],
                        temporaire2[i+1],
                        temporaire2[i+2],
                        temporaire2[i+3],
                        temporaire2[i+4],
                        temporaire2[i+5]))

[figuedi]

Ok un dataset est un groupe de données liées à une clef.

J'ai donc trouvé la clef qu'il me fallait

Code :

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di = dcmread(path)
elem = di[(0x0040, 0xa730)]
with open('didier.txt', 'w') as f:
    f.write(str(elem))
#with open('didierkeys.txt','w') as fk:
#    fk.write(str(di.keys()))

je peux donc partir de là pour éviter du post traitement superflu

bon toujours obligé de le "flaguer" en str

File "f:\0_Code\Dicom_SR_seul_V2.py", line 20, in <module>
f.write(elem)
TypeError: write() argument must be str, not DataElement

mais ça avance petit à petit

[Sve@r]

bon toujours obligé de le "flaguer" en str

Ok pour FileDataSet puisque manifestement la conversion n'est pas automatique.
Mais pas pour le for ligne in f de ton post d'hier soir.

[figuedi]

ah oui mince,
merci

[figuedi]

Bon j'ai réussi à tout mettre dans une seule boucle, enfin deux vu qu'il y a une pour la mise en forme en csv.

Reste plus qu'à voir pour partir directement avec la dataset qui va bien

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from pydicom import dcmread
from tkinter import filedialog
import csv
import os
 
path = filedialog.askopenfilename(initialdir="c:\\",
                                  title="Select a File")
path1 = path.split('/')
nom_fichier = path1[len(path1)-1]
outputfile = ('temp.txt')
 
# utilise la lib pydicom pour lire et enregistrer le dcm dans un fichier txt
di = dcmread(path)
with open(outputfile, 'w') as f:
    f.write(str(di))
 
# récupére les tag dicom intéressant
with open(outputfile, "r") as f:
    temporaire = []
    temp = []
    i = 0
    for ligne in f:
        ligne = ligne.lstrip()
        if (ligne[:12] == "(0008, 0104)" or ligne[:12] == "(0008, 0100)"
           or ligne[:12] == "(0040, a30a)"):
            ligne_splited = ligne.split("'")
            temp.append(ligne_splited[1])
            if ligne[:12] == "(0040, a30a)":
                # tagdicom du groupe de la mesure             
                if temp[i-6] == '121410':
                    temporaire.append('')
                else:
                    temporaire.append(temp[i-6])
                # nom groupe de la mesure
                if temp[i-5] == 'User chosen value':
                    temporaire.append('')
                else:
                    temporaire.append(temp[i-5])
                # tag dicom de la mesure
                temporaire.append(temp[i-4])
                # nom de la mesure
                temporaire.append(temp[i-3])
                # valeur mesurée
                temporaire.append(temp[i])
                # unité de mesure
                if temp[i-1] == 'no units':
                    temporaire.append('')
                else:
                    temporaire.append(temp[i-1])
            i += 1
 
# transforme en un CSV
nom_fichier = nom_fichier + '.csv'
 
with open(nom_fichier, 'w') as out_file:
    writer = csv.writer(out_file)
    writer.writerow(('code DICOM paramètre', 'Nom paramètre',
                     'Code DICOM mesure', 'Valeur mesurée',
                     'Mesure', 'Unité mesure'))
    for i in range(0, len(temporaire), 6):
        writer.writerow((temporaire[i],
                        temporaire[i+1],
                        temporaire[i+2],
                        temporaire[i+3],
                        temporaire[i+4],
                        temporaire[i+5]))
 
os.remove(outputfile)

[Sve@r]

Code python :

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path = filedialog.askopenfilename(initialdir="c:\\",
                                  title="Select a File")
path1 = path.split('/')
nom_fichier = path1[len(path1)-1]
outputfile = ('temp.txt')

Code python :

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nom_fichier=filedialog.askopenfilename(initialdir="c:\\",
                                  title="Select a File").split("/")[-1]
 
import pathlib
nom_fichier=pathlib.Path(filedialog.askopenfilename(initialdir="c:\\",
                                  title="Select a File")).name

Et sinon tu en as vraiment besoin de ce outputfile que tu écris juste pour venir le relire derrière ? Et des parenthèses autour du nom ?

[figuedi]

merci pour pathlib
et v'la le code sans le fichier tempo
oui encore un str() mais pareil il me retourne une erreur si je ne le met pas
en tout cas merci je suis déjà passé de 85 lignes à 60. une bonne cure d'amaigrissement
et sans les fichiers text temporaires ça va plus vite aussi, quand je devrais l'automatiser sur un dossier et plus un simple fichier cela fera du bien pour sûr

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from pydicom import dcmread
from tkinter import filedialog
import csv
from pathlib import Path
path = Path(filedialog.askopenfilename(initialdir="c:\\",
                                       title="Select a File"))
new_path = path.with_suffix('.csv')
 
# utilise la lib pydicom pour lire et enregistrer le dcm dans un fichier txt
di = dcmread(path)
# récupère une suite de ligne
fv = str(di).split('\n')
# récupére les tag dicom intéressant
temporaire = []
temp = []
i = 0
for ligne in fv:
    # for ligne in f:
    ligne = ligne.lstrip()
    if (ligne[:12] == "(0008, 0104)" or ligne[:12] == "(0008, 0100)"
       or ligne[:12] == "(0040, a30a)"):
        ligne_splited = ligne.split("'")
        temp.append(ligne_splited[1])
        if ligne[:12] == "(0040, a30a)":
            # tagdicom du groupe de la mesure             
            if temp[i-6] == '121410':
                temporaire.append('')
            else:
                temporaire.append(temp[i-6])
            # nom groupe de la mesure
            if temp[i-5] == 'User chosen value':
                temporaire.append('')
            else:
                temporaire.append(temp[i-5])
            # tag dicom de la mesure
            temporaire.append(temp[i-4])
            # nom de la mesure
            temporaire.append(temp[i-3])
            # valeur mesurée
            temporaire.append(temp[i])
            # unité de mesure
            if temp[i-1] == 'no units':
                temporaire.append('')
            else:
                temporaire.append(temp[i-1])
        i += 1
 
# transforme en un CSV
with open(new_path, 'w', newline='') as out_file:
    writer = csv.writer(out_file)
    writer.writerow(('code DICOM paramètre', 'Nom paramètre',
                     'Code DICOM mesure', 'Valeur mesurée',
                     'Mesure', 'Unité mesure'))
    for i in range(0, len(temporaire), 6):
        writer.writerow((temporaire[i],
                        temporaire[i+1],
                        temporaire[i+2],
                        temporaire[i+3],
                        temporaire[i+4],
                        temporaire[i+5]))

Il ne me reste plus qu'à me creuser la tête pour voir si je peux réunir les deux boucles en une on ne sait jamais

[Sve@r]

en tout cas merci je suis déjà passé de 85 lignes à 60. une bonne cure d'amaigrissement

C'est pas toujours un but en soi (tronquer pour tronquer peut amener ensuite des difficultés de lisibilité).
Mais peut-être voir si...

Code python :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for ligne in fv:
	ligne = ligne.lstrip()

... peut devenir for ligne in map(str.lstrip, fv) sans gêner la relecture.

Ensuite toutes ces instructions du type

Code python :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if truc:
	var=valeurA
else:
	var=valeurB

peuvent s'écrire var=valeurA if truc else valeurB.

[BufferBob]

salut,

je pense que tu dois pouvoir remplacer :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if (ligne[:12] == "(0008, 0104)" or ligne[:12] == "(0008, 0100)"   \
   or ligne[:12] == "(0040, a30a)"):

par :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if ligne[:12] in ["(0008, 0104)", "(0008, 0100)", "(0040, a30a)"]:

et :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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writer.writerow((temporaire[i],
                 temporaire[i+1],
                 temporaire[i+2],
                 temporaire[i+3],
                 temporaire[i+4],
                 temporaire[i+5]))

par un truc du genre :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

writer.writerow((*temporaire[i:i+6]))

mes 2 cts,

[papajoker]

J'avais proposé un type de solution avec une seule boule (sans fichier exemple, je ne suis pas sûr de ton besoin et donc encore moins de mon algo! mais sûr de la structure)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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i = 0
for ligne in fv:
        ...
        i += 1

en python classique, c'est simplement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

for i, ligne in enumerate(fv):

Pour la (seconde) boucle, j'avais écrit (ne doit pas fonctionner tel quel) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    for line in block:
                tableau = line.split("'")
                if tableau[1] in ('121410', 'User chosen value', 'no units'):
                    tableau[1] = ""
                f_out.write(", ".join(tableau))

je pense que tu peux faire une chose de ce type : vider la "cellule" puis utiliser join()

[figuedi]

ouahahahaah,
je viens de survoler vos réponses bien trop rapidement, mais je vais m'y pencher promis juré craché

Là il fonctionne avec une seule boucle, et tout en mémoire si je puis dire (en tout cas sans fichier temporaire écrit en dur sur le disque).

je reviens après avoir lu vos posts
Merci encore en tout cas

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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from pydicom import dcmread
from tkinter import filedialog
import csv
from pathlib import Path
path = Path(filedialog.askopenfilename(initialdir="c:\\",
                                       title="Select a File"))
new_path = path.with_suffix('.csv')
 
# utilise la lib pydicom pour lire et enregistrer le dcm dans un fichier txt
di = dcmread(path)
# récupère une suite de ligne
fv = str(di).split('\n')
# récupére les tag dicom intéressant
tp = []
temp = []
i = 0
with open(new_path, 'w', newline='') as out_file:
    writer = csv.writer(out_file)
    writer.writerow(('code DICOM paramètre', 'Nom paramètre',
                     'Code DICOM mesure', 'Valeur mesurée',
                     'Mesure', 'Unité mesure'))
    for ligne in map(str.lstrip, fv):
        if (ligne[:12] == "(0008, 0104)" or ligne[:12] == "(0008, 0100)"
            or ligne[:12] == "(0040, a30a)"):
            ligne_splited = ligne.split("'")
            temp.append(ligne_splited[1])
            if ligne[:12] == "(0040, a30a)":
                tp.append('') if temp[i-6] == '121410'else tp.append(temp[i-6])
                tp.append('') if temp[i-5] == 'User chosen value' else tp.append(temp[i-5])
                tp.append(temp[i-4]), tp.append(temp[i-3]), tp.append(temp[i])
                tp.append('') if temp[i-1] == 'no units' else tp.append(temp[i-1])
                writer.writerow((tp[len(tp)-6], tp[len(tp)-5], tp[len(tp)-4],
                                tp[len(tp)-3], tp[len(tp)-2], tp[len(tp)-1]))
            i += 1

[figuedi]

Oui Papajocker c'est bien la solution que tu avais proposé, sauf que je n'y avais rien compris.
Alors que maintenant que j'ai suffisamment réfléchi sur le code je m’aperçois que je comprends ce que tu voulais me dire.

wiztricks : ben en fait j'ai suivi ce que tu préconisais si ce n'est d'avoir la bonne idée de faire une fonction pour y passer les lignes et qu'il me les retourne traitées. Je n'ai aps encore la bonne idée, mais je ne désespère pas pour autant.

bufferbob : autant ta première astuce (qui était déjà dans les exemples des autres) pas de soucis pour l'utiliser (et la comprendre)

autant là

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

writer.writerow((*temporaire[i:i+6]))

faut que je creuse un peu

mon code en étant là : je me dis que par rapport au premier jet (qui fonctionnait par ailleurs) vous m'avez tous bien aidé.

Merci donc encore une fois

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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with open(new_path, 'w', newline='') as out_file:
    writer = csv.writer(out_file)
    writer.writerow(('code DICOM paramètre', 'Nom paramètre',
                     'Code DICOM mesure', 'Valeur mesurée',
                     'Mesure', 'Unité mesure'))
    for ligne in map(str.lstrip, fv):
        if ligne[:12] in ["(0008, 0104)", "(0008, 0100)", "(0040, a30a)"]:
            temp.append(ligne.split("'")[1])
            if ligne[:12] == "(0040, a30a)":
                tp.append('') if temp[i-6] == '121410'else tp.append(temp[i-6])
                tp.append('') if temp[i-5] == 'User chosen value' else tp.append(temp[i-5])
                tp.append(temp[i-4]), tp.append(temp[i-3]), tp.append(temp[i])
                tp.append('') if temp[i-1] == 'no units' else tp.append(temp[i-1])
                writer.writerow((tp[len(tp)-6], tp[len(tp)-5], tp[len(tp)-4],
                                tp[len(tp)-3], tp[len(tp)-2], tp[len(tp)-1]))
            i += 1

[Sve@r]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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i = 0
for ligne in fv:
        ...
        i += 1

en python classique, c'est simplement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

for i, ligne in enumerate(fv):

J'y avais pensé aussi mais je crois que le i+=1 ne se fait que sous certaines conditions.

@figuedi: pour plus de lisibilité concernant les visions des structures de travail je mets l'instruction de début en fin de structure en commentaire
Exemple

Code python :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def fct():
	for ...
		if ...
			while ...
				...
				...
			# while
		else
			...
		# if
	# for
# fct()

.

[figuedi]

File "f:\0_Code\Dicom_SR_seul_V6.py", line 31
writer.writerow((*tp[j:j+6]))
^^^^^^^^^^
SyntaxError: cannot use starred expression here

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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j = len(tp)-6
                writer.writerow((*tp[j:j+6]))

là ça fonctionne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

writer.writerow((tp[j], tp[j+1], tp[j+2], tp[j+3], tp[j+4], tp[j+5]))

pas sûr que je puisse simplifier