Discussion :

[Apoptose]

Bonjour,

Avant tout je tiens à préciser que j'ai commencé avec R et RStudio il y a 2 jours.

La situation: j'ai un tableau de données en csv avec 4 colonnes. L'objectif pour moi est d'utiliser R-markdown pour créer des documents avec des tableaux différents mais tous issus du même fichier.csv. En effet j'aimerais afficher une partie du tableau en fonction du contenu de la 2ème colonne. J'ai écrit alors un chunk:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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6
```{r}
df <- data.frame(read.csv("data.csv")) 
data <- df[df$Obj==1,] 
print(data)
knitr::kable(data[3:4])
```

Ligne 3 : d'après ce que j'ai compris, je crée à partir de df, une nouveau data.frame (appelé data) qui ne contient que les lignes contenant la valeur 1 dans la colonne Obj
Ligne 4 : pour voir le résultat
Ligne 5 : pour sortir mon doc, dont seul les colonnes 3 et 4 doivent être visible.

Résultat du print

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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3
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5
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7
 
##   X Obj Lettre Lettre2
## 1 1   1      a       b
## 2 2   1      c       d
## 3 3   1      a       b
## 4 4   1      c       d
## 5 5   1      a       b

Première chose étrange, cela me rajoute une colonne X. Mais le document final produit le tableau suivant :



Donc tout va bien, c'est ce que je cherche à avoir.

Là où ça devient bizarre, c'est lorsque je veux faire la même chose en changeant la condition :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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6
```{r}
df <- data.frame(read.csv("data.csv")) 
data <- df[df$Obj==2,] 
print(data)
knitr::kable(data[3:4])
```

Ligne 3 : valeur 2 à la place de 1

Résultat du print

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
 
##   X Obj Lettre Lettre2
## 6 6   2      c       d
## 7 7   2      a       b
## 8 8   2      c       d
## 9 9   2      a       b

Toujours une colonne X en plus, j'ai bien les lignes dont la valeur est 2 pour Obj. Mais le document final produit le tableau suivant :



Et la c'est bizarre, pourquoi la colonne supplémentaire s'affiche ?

Donc mes questions :
1.Est-ce que mon code est correct ou il y a un moyen plus simple d'afficher des lignes en fonction de leur contenu ?
2. Peut-on empêcher l'ajout d'une colonne X lors de la création de la data.frame "data"
3. Pourquoi cette colonne supplémentaire s'affiche dans la situation 2 et pas dans la 1 (alors que je précise bien kable(data[3:4] ?

[DianeBeldame]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

df <- data.frame(read.csv("data.csv"))

Vous pouvez retirer la fonction data.frame(), le read.csv() vous en livre un par définition

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

data <- df[df$Obj==1,]

Vous demandez de sélectionner les lignes de df dont la valeur (des lignes) vaut df$Obj==1 pour l'assigner à data (je ne connais pas vos données mais ça ne me semble pas une bonne idée de sélectionner des lignes par des valeurs de colonnes conditionnées. Vous avez l'air de chercher un filtre ou la valeur de Obj vaut 1, utilisez plutôt df %>% filter(Obj == 1) du package dplyr)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print(data)

on print l'objet dans la console

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

knitr::kable(data[3:4])

on "markdownise" les colonnes 3 et 4 de data (lancez l'instruction dans la console pour voir les | ) qui sont ensuite rendered en tableau dans le rmd

Peut-être que vous vouliez utiliser le paramètre results = "asis" dans le chunk ?

Si vous êtes en train d'explorer vos données pour la valeur 1 puis pour la valeur 2, utilisez directement le viewer (il est Excel-like) avec la commende View() à ne pas laisser dans le Rmd ou en cliquant sur l'objet dans le tab environnement.
Si vous cherchez à faire des rapports selon les valeurs de Obj, le YAML du Rmd se paramétrise

Bon courage !

[Apoptose]

Vous avez l'air de chercher un filtre ou la valeur de Obj vaut 1, utilisez plutôt df %>% filter(Obj == 1) du package dplyr)

Oui, j'ai déjà essayé avec succès la fonction filter en faisant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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```{r}
df <- read.csv("data.csv")
library(dplyr)
knitr::kable(df%>% filter(Obj == 1))
```

mais je ne sais pas comment ne pas afficher les deux premières colonnes

Si vous êtes en train d'explorer vos données pour la valeur 1 puis pour la valeur 2, utilisez directement le viewer (il est Excel-like) avec la commende View() à ne pas laisser dans le Rmd ou en cliquant sur l'objet dans le tab environnement.
Si vous cherchez à faire des rapports selon les valeurs de Obj, le YAML du Rmd se paramétrise

Je cherche à faire un rapports selon les valeurs de Obj…je vais donc concentrer mes recherches sur le YAML

Merci pour ces informations, cela me donne déjà quelques pistes à explorer.

[Apoptose]

J'ai cherché un peu plus loin et j'obtiens ce que je veux avec :

knitr::kable(df%>% filter(Obj == 2)%>%select(3:4))

Cela filtre en fonction de la valeur de Obj puis ne selectionne que les colonnes 3 à 4.


Est-ce que ce code semble propre ? Vous parliez de résultats identiques en paramétrant le YAML…je suis curieux de savoir comment est-ce possible (si ça l'est et que je n'ai pas mal compris). En attendant, je considère que mon pb est résolu.

[DianeBeldame]

C'est une mauvaise pratique de sélectionner des colonnes par leur numéro, vous pouvez les appeler par leur nom (sans guillemets dans le tidyverse).

Pour paramétriser le rapport, vous pouvez lire ceci : https://bookdown.org/yihui/rmarkdown...d-reports.html

[Apoptose]

Merci pour ces dernières infos, je vais utiliser le nommage par titre…sans doute une mauvaise habitude venant de python

[caphils]

Aec Dplyr, on selectionne les lignes avec la foction "slice"

knitr::kable(df%>% filter(Obj == 2)%>%slice(3:4))