Discussion :

[Dorhub]

Bonjour,

Je possède une liste

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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lig-a-20.pdb
lig-a-80.pdb
lig-a-20.txt
lig-a-80.txt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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22
 
lig-a-20.pdb:
Model 1
Model 2
 
lig-a-20.txt:
score 1 
score 2
score 3
 
lig-a-80.pdb:
Model 1
Model 2
Model 3
 
 
lig-a-80.txt:
score 1
score 2
score 3
score 4
score 5

Il n'y a plus de score que de model par fichier correspondants. L'idée ce serait de supprimer les scores en trop dans les fichiers txt. en fonction du nombre de model correspondant dans le fichier .pdb et pas " deux au hasard" mais la fin du fichier en trop dans le fichier txt.

Je fais une boucle for, mais la boucle for va travailler comme si une matrice et ce n'est pas du tout ça


Après promis c'était ma dernière question

[disedorgue]

exemple pour un couple de fichier pdb/txt (à toi de gérer la boucle) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ cat l1.pdb
Model 1
Model 2
Model 3
 
$ cat l1.txt
score 1
score 2
score 3
score 4
score 5
$ sed -n 's/Model/score/p' l1.pdb | grep -f - l1.txt
score 1
score 2
score 3

[N_BaH]

avec join.
mais il faut quand même encore faire une boucle for sur un Développement de chemins !

ou bien est-ce encore un exercice d'algorithmique à faire en 100% shell ?

[disedorgue]

peut-on considérer ce genre de ligne comme juste du bash

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

eval "$(printf "sed -n 's/Model/score/p' %s | grep -f - %s\n" l*)"

[Dorhub]

Merci

Mais si tu avais cela

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ cat l1.pdb
Model 1
Model 2
Model 3
 
$ cat l1.txt
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Juste à partir de l'indice

[disedorgue]

ça s'appelle un changement de spécifications...

D'où, l'intérêt d'être clair dans l'exposé du problème.

Donc, expose correctement le problème et les formats de tes fichiers qui ne prête pas à confusion et après on pourra éventuellement t'aider.

[Dorhub]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ cat l1.pdb
Model 1
Model 2
Model 3
 
$ cat l1.txt
text text text
text text
   1 text text text
   2 text text text
   3 text text text
   4 text text text
   5 text text text

Pour modifier l1.txt en

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ cat l1.txt
text text text
text text
   1 text text text
   2 text text text
   3 text text text

[Flodelarab]

Bonjour

Moi, je sais faire. Et toi, comment ferais-tu à la main ?

[Dorhub]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for poses in ./*.pdb ; do
	name_1=$(basename $poses .pdb)
	# capture de la valeur la plus grand pour Model
	grep 'Model' $poses | tail -n 1 > temp1
	a=($(cat temp1 ))
	# Ajout de + 1 à la valeur la plus grande, car sed plus loin, supprimera la ligne indiquée et le reste du fichier
	let "val=${a[1]} + 1"
	for texte in ./*.txt; do
		grep "  $val " $texte > temp2
		b=($(cat temp2 ))
                # le dernier élément du tableau, ici ${b[3]}, devient le motif à partir duquel on supprimera le reste du fichier
                # Suppression des lignes de scores en trop dans le fichier texte
		sed -i "/${b[3]}/,$ d" $texte 
		rm temp*
 
	done	
done

le pd de ce code c'est qu'il fait une matrice, au lieu de prendre le fichier correspondant

[Flodelarab]

Combien de lignes dans le premier fichier ? n1
Combien de lignes dans le second fichier ? n2 . Soustrayons les 2 lignes immuables.
Tu détermines le minimum de n1 et n2. Appelons-le ns.
On ajoute deux pour les deux lignes immuables. ns=min(n1,n2-2)+2.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -n '1,'$ns'p;' l1.txt

[Dorhub]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -n '1,'$ns'p;' l1.txt

le input l1.pdb on le met où ?

[N_BaH]

Combien de lignes dans le premier fichier ? n1
Combien de lignes dans le second fichier ? n2 . Soustrayons les 2 lignes immuables.
Tu détermines le minimum de n1 et n2. Appelons-le ns.
On ajoute deux pour les deux lignes immuables. ns=min(n1,n2-2)+2.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -n '1,'$ns'p;' l1.txt

comme ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ mapfile -t pdb <l1.pdb
$ mapfile -t txt <l1.txt
$ printf '%s\n' "${txt[@]::${#pdb[*]}+2}"
text text text
text text
   1 text text text
   2 text text text
   3 text text text

?

[Dorhub]

$ mapfile -t pdb <l1.pdb
$ mapfile -t txt <l1.txt
$ printf '%s\n' "${txt[@]::${#pdb[*]}+2}"
text text text
text text
1 text text text
2 text text text
3 text text text
[/code]?

Désolé mais ce le code ne marche pas si "text" contient des caractère spéciaux ou d'autres nombres. Il faudrait vraiment aller chercher le motif "Model " et se baser sur le numéro le plus haut à côté de "Model", puis allé dans le fichier texte du même basename, et aller trouver la ligne commençant par la valeur la plus haute pour "Model" ; ici une ligne qui commence par "3" et supprimer toutes les lignes en dessous, sans toucher au lignes au dessus.

[Dorhub]

Pour lig-a-20.pdb, la valeur la plus haute de Model c'est 2, donc dans lig-a-20.txt, toutes les lignes après la ligne commençant par 2 (donc la ligne commençant par 3, jusqu'à la fin) doit être supprimée.

Pour lig-a-80.pdb, la valeur la plus haute de Model c'est 3, donc dans lig-a-80.txt, toutes les lignes après la ligne commençant par 3 (donc les lignes commençant par 4 et 5, jusqu'à la fin) doivent être supprimée.

[N_BaH]

Désolé mais ce le code ne marche pas si "text" contient des caractère spéciaux ou d'autres nombres. Il faudrait vraiment aller chercher le motif "Model " et se baser sur le numéro le plus haut à côté de "Model", puis allé dans le fichier texte du même basename, et aller trouver la ligne commençant par la valeur la plus haute pour "Model" ; ici une ligne qui commence par "3" et supprimer toutes les lignes en dessous, sans toucher au lignes au dessus.

ce que contiennent les lignes n'a aucune importance : le code se base uniquement sur le nombre de lignes.

et, quand un fichier en exemple comporte des exceptions («caractère spéciaux ou d'autres nombres»), il faut montrer ce fichier !

on est déjà bien gentil de faire ton boulot (parce que ça nous amuse), on ne va pas en plus chercher à recréer des fichiers exceptionnels par rapport aux spécifications de départ !

[Dorhub]

Désamorces, c'est juste un script bash/shell (c'est pas du fortran, c'est pas le prix de l'essence, c'est pas la guerre en Ukraine), si y a pas de solutions y aura pas de solutions, je ferais à la main, c'est pas grave

Feel good

[N_BaH]

ah, mais il y a une solution !
il faut juste qu'on sache de quoi on part, et que les spécifications ne changent pas tout le temps.
mais surtout qu'on sache exactement ce qu'on doit traiter.

[Dorhub]

Ok désolé